Job Description P27302 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:43:48 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 629 % Identity 24% Template c2g28A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:pyruvate dehydrogenase e1 component; PDBTitle: e. coli pyruvate dehydrogenase h407a variant2 phosphonolactylthiamin diphosphate complex Resolution 1.85 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.							.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	S	S	R	K	E	L	A	N	A	I	R	A	L	S	M	D	A	V	Q	K	A	K	.	.	.	.	.	.	S	G	H	P	G	A	P	M	G	M	A	D	I	A	E	V	L	W	R	D	F	L	K	H	N	P	Q	N	P	S	W	A	D	R	D	R	F	V	L	S	N	G	H	G	S	M	L	I	Y	S	L
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.
Template Sequence		L	E	L	E	R	R	I	R	S	A	I	R	W	N	A	I	M	T	V	L	R	A	S	K	K	D	L	E	L	G	G	H	M	A	S	F	Q	S	S	A	T	I	Y	D	V	C	F	N	H	F	F	R	.	.	.	.	A	R	N	E	Q	D	G	G	D	L	V	Y	F	Q	G	H	I	S	P	G	V	Y	A	R
Template Known Secondary structure																									T	T		S						S																	T			.	.	.	.				S	S	S									G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.					.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.			.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.		.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure																					.	.																.
Query SS confidence																					.	.																.
Query Sequence		L	H	L	T	G	Y	D	L	P	M	E	E	L	K	N	F	R	Q	L	.	.	H	S	K	T	P	G	H	P	E	V	G	Y	T	A	G	.	V	E	T	T	T	G	P	L	G	Q	G	I	A	N	A	V	G	M	A	I	A	E	K	T	L	A	A	Q	F	N	R	P	G	H	D	I	V	D	H	Y	T	Y	A
Query Conservation																					.	.																.
Alig confidence								.													.	.																.																																.	.	.
Template Conservation								.																																																														.	.	.
Template Sequence		A	F	L	E	G	R	.	L	T	Q	E	Q	L	D	N	F	R	Q	E	V	H	G	N	G	L	S	S	Y	P	H	P	K	L	M	P	E	F	W	Q	F	P	T	V	S	M	G	L	G	P	I	G	A	I	Y	Q	A	K	F	L	K	Y	L	E	H	R	G	L	K	.	.	.	D	T	S	K	Q	T	V	Y	A
Template Known Secondary structure					T	T	S	.	S						T	T	B	T			T	T	S	S		B		S	S			T	T	T	S	T	T	T							S	T	T																			T	T	S		.	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure								.																																																														.	.	.
Template SS confidence
		151	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.				.	.	220	.	.	.	.	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.			.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	M	G	D	G	C	M	M	E	G	I	S	H	E	V	C	S	L	A	G	T	L	K	L	G	K	L	I	A	F	Y	D	D	N	G	I	S	I	D	G	H	V	E	G	W	F	T	.	.	D	D	T	A	M	R	F	E	A	Y	G	W	H	V	I	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	L	G	D	G	E	M	D	E	P	E	S	K	G	A	I	T	I	A	T	R	E	K	L	D	N	L	V	F	V	I	N	C	N	L	Q	R	L	D	G	P	V	T	G	N	G	K	I	I	N	E	L	E	G	I	F	E	G	A	G	W	N	V	I	K	V	M	W	G	S	R	W	D	E	L	L	R	K	D	T
Template Known Secondary structure					T	G	G	G	G	S					T	T							T	T		T	T									S	B		S	S	S	B	S	S	T	T	S													T	T								B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
																																																								216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	G	H	D	A	A	S	I	K	R	A	V	E	E	A	R	A	V	T	D	K	P	S	L	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	K	L	I	Q	L	M	N	E	T	V	D	G	D	Y	Q	T	F	K	S	K	D	G	A	Y	V	R	E	H	F	F	G	K	Y	P	E	T	A	A	L	V	A	D	W	T	D	E	Q	I	W	A	L	N	R	G	G	H	D	P	K	K	I	Y	A	A	F	K	K	A	Q	E	T	K	G	K	A	T	V	I
Template Known Secondary structure		S										S									T	T	S									T	G	G	G	S							T	T	T	S							T			B	G	G	G																	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	C	K	T	I	I	G	F	G	S	P	N	K	A	G	T	H	D	S	H	G	A	P	L	G	D	A	E	I	A	L	T	R	E	Q	L	G	W	K	Y	A	P	F	E	I	P	S	E	I	Y	A	Q	W	D	A	K	E	A	G	Q	A	K	E	S	A	W	N	E	K	F	A	A	Y	A	K	A	Y	P	Q	E
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.
Template Sequence		L	A	H	T	I	K	G	Y	G	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	A	A	M	D	G	V	R	H	I	R	D	R	F	N	V	P	V	S	D	A	D	I	E	K	L	P	Y	I	T	F	P	E	G	S	E	E	H	T	Y	L	H	A	Q	R	Q	K	L	H	G	Y	L	P	S	R	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T													T	T		S							T	T								T	T	S													T	T	S		S	S			.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.
Template SS confidence
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.												.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.				.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.
Query Sequence		A	A	E	F	T	R	R	M	K	G	E	M	P	S	D	F	D	A	K	A	K	E	F	I	A	K	L	Q	A	N	P	A	K	I	A	S	R	K	A	S	Q	N	A	I	E	A	F	.	.	.	G	P	L	L	P	E	F	L	G	G	S	A	D	L	A	P	S	N	L	T	L	W	S	G	S	K	A	I	N	E
Query Conservation																																																	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.																			.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	Q	P	N	F	T	E	K	L	E	L	P	S	L	Q	D	F	G	A	L	L	E	E	Q	S	K	E	I	S	T	T	I	A	F	V	R	A	L	N	V	M	L	K	N	K	S	I	K	D	R	L	V	P	I	I	A	D	E	A	R	T	F	.	.	.	.	.	G	M	E	G	L	F	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.		S	S			S							G	G	G	G					S			S	S		B														T	T		T	T	T	T	T	T						S	S		T	G	G	G	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.
Template SS confidence
									466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.						.	.	.	530	.	.	.
		399									400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.						.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.			.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																								.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																								.	.
Query Sequence		D	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	G	N	Y	I	H	Y	G	V	R	E	F	G	M	T	A	I	A	N	G	I	S	L	H	G	.	.	.	.	.	G	F	L	P	Y	T	S	T	F	L	M	F	V	E	Y	A	R	N	A	V	R	M	A	.	.	A	L	M	K	Q	R	Q	V	M	V	Y	T	H	D	S
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																								.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	I	G	I	Y	S	P	E	D	E	K	G	Q	I	L	Q	E	G	I	N	E	L	G	A	G	C	S	W	L	A	A	A	T	S	Y	S	T	N	N	L	P	M	I	P	F	Y	I	Y	Y	S	M	F	G	F	Q	R	I	G	D	L	C	W	A	A	G	D	Q	Q	A	R	G	F	L	I	G	G	T	S	G	R
Template Known Secondary structure					B	B				B	T	T			B					S														T					T	S											G	G	G	S														T	T									S		S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.					510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.			.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.																				.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.																				.	.
Query Sequence		I	G	L	G	E	D	G	P	T	H	Q	P	V	E	Q	V	A	S	L	R	V	T	P	N	M	S	T	W	R	P	C	D	Q	V	E	S	A	V	A	W	K	Y	G	V	E	R	.	.	.	.	Q	D	G	P	T	A	L	I	L	S	R	Q	N	L	A	Q	Q	E	R	.	.	T	E	E	Q	L	A	N	I	A
Query Conservation																																																.	.	.	.																				.	.
Alig confidence																																																.	.	.	.																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	T	L	N	G	E	G	L	Q	H	E	D	G	H	S	H	I	Q	S	L	T	I	P	N	C	I	S	Y	D	P	A	Y	A	Y	E	V	A	V	I	M	H	D	G	L	E	R	M	Y	G	E	K	Q	E	N	V	Y	Y	Y	I	T	T	L	N	E	N	Y	H	M	P	A	M	P	E	G	A	E	E	G	I	R
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T	T		T	T	T			S							T	T	S	T	T								S																	S	T	T												S			B							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		631	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710
		538	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.		.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.												.	.	.
Predicted Secondary structure											.																													.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.																													.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	G	Y	V	L	K	D	C	.	A	G	Q	P	E	L	I	F	I	A	T	G	S	E	V	E	L	A	V	A	A	Y	E	K	L	T	A	E	.	G	V	K	A	R	V	V	S	M	P	S	T	D	A	F	D	K	Q	D	A	A	Y	R	E	S	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	K	A
Query Conservation											.																													.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.																													.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	I	Y	K	L	E	T	I	E	G	S	K	G	K	V	Q	L	L	G	S	G	S	I	L	R	H	V	R	E	A	A	E	I	L	A	K	D	Y	G	V	G	S	D	V	Y	S	V	T	S	F	T	E	L	A	R	D	G	Q	D	C	E	R	W	N	M	L	H	P	L	E	T	P	R	V	P	Y	I	A	Q
Template Known Secondary structure			T										S	S									G	G	G																									S																				T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		711	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790
		605	.	.	.	.	610	.	.	.			.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.						.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.																.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.																.	.	.	.	.
Query Sequence		V	T	A	R	V	A	V	E	A	.	.	G	I	A	D	Y	W	Y	K	Y	V	G	L	N	G	A	.	.	.	.	.	I	V	G	M	T	T	F	G	E	S	A	P	A	E	L	L	F	E	E	F	G	F	T	V	D	N	V	V	A	K	A	K	E	L	L
Query Conservation											.	.																.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.																.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	M	N	D	A	P	A	V	A	S	T	D	Y	M	K	L	F	A	E	Q	V	R	T	Y	V	P	A	D	D	Y	R	V	L	G	T	D	G	F	G	R	S	D	S	R	E	N	L	R	H	H	F	E	V	D	A	S	Y	V	V	V	A	A	L	G	E	L
Template Known Secondary structure					S	S							S	S		T					T	T	G	G	G			S	S									S					S									T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		791	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.