Job Description P60240 Confidence 99.92% Date Thu Jan 5 12:06:41 GMT 2012 Rank 36 Aligned Residues 335 % Identity 20% Template c3i5yA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase mss116; PDBTitle: structure of mss116p bound to ssrna containing a single 5-bru and amp-2 pnp Resolution 2.49 Å

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		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.						.	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.									.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.									.
Query Sequence		S	L	I	P	H	Q	L	N	I	A	H	D	V	G	R	R	H	A	P	R	V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T	I	E	A	G	M	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	.	.	.	.	.	R	V	L	I	I	V	P	E	.	T	L	Q	H	Q	W	L	V	E	M	L	R	R	F	N	L	R
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.									.
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.									.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	T	P	V	Q	Q	K	T	I	K	P	I	L	S	S	E	D	H	D	V	I	A	R	A	K	T	G	T	G	K	T	F	A	F	L	I	P	I	F	Q	H	L	I	N	T	K	F	D	S	Q	Y	M	V	K	A	V	I	V	A	P	T	R	D	L	A	L	Q	I	E	A	E	V	K	K	I	H	D	M	N
Template Known Secondary structure		S															S	S										T	T	S																	T	T	T	S	S	T	T	S								S	S																	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
		227							.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.						.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.																																																																			.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.																																																																			.	.	.	.	.
Query Sequence		F	.	.	.	.	.	.	A	L	F	D	D	E	R	Y	A	E	A	Q	H	D	A	Y	N	P	F	D	T	E	Q	L	V	I	C	S	L	D	F	A	R	R	S	K	Q	R	L	E	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	.	.	.	.	.	R	E
Query Conservation			.	.	.	.	.	.																																																																			.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.																																																																			.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	L	K	K	Y	A	C	V	S	L	V	G	G	T	D	F	R	A	A	M	N	K	M	N	K	L	R	P	N	I	V	I	A	T	P	G	R	L	I	D	V	L	E	K	Y	S	N	K	F	F	R	F	V	D	Y	K	V	L	D	E	A	D	R	L	L	E	I	G	F	R	D	D	L	E	T	I	S	G	I
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	G	S							T	T	S															S																						T	T								T					T	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	Q	A	I	E	Q	L	A	E	H	V	P	G	V	L	L	L	T	A	T	P	E	Q	L	G	M	E	S	H	F	A	R	L	R	L	L	D	P	N	R	F	H	D	F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	R	P	V	A	D	A	V	A	M	L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	M	L	G	E
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	E	K	N	S	K	S	A	D	N	I	K	T	L	L	F	S	A	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							S	S		T	T									S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	I	G	E	Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A	Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	M	L	M	D	R	H	G	T	S	R	V	L	F	R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	E	L	H	T	I	K	L	P	L	P	T	Q	Y	Q	T	A	I	K	V	S	G	I	M	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	K	V	Q	K	L	A	N	N	I	M	N	K	K	E	C
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T						T	G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																	309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.			.	.	530	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.
Query SS confidence																																																																										.	.
Query Sequence		A	R	K	S	A	E	D	R	A	R	D	M	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D	P	R	V	E	W	L	M	G	Y	L	T	S	H	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q	L	E	Q	V	L	R	E	R	E	.	.	G	I	R	A	A	V
Query Conservation																																																																										.	.
Alig confidence																																																																										.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	F	L	D	T	V	D	K	N	E	P	E	A	H	E	R	I	D	Q	S	V	V	I	S	E	K	F	A	N	S	I	F	A	A	V	E	H	I	K	K	Q	I	K	E	R	D	S	N	Y	K	A	I	I	F	A	P	T	V	K	F	T	S	F	L	C	S	I	L	K	N	E	F	K	K	D	L	P	I	L	E
Template Known Secondary structure						S	S		S	S	S		S	S		T	T									S	S	S	T																	T	T	T									S	S																T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	H	E	G	M	S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	Q	V	L	L	C	S	E	I	G	S	E	G	R	N	F	Q	F	A	S	H	M	V	M	F	D	L	P	F	N	P	D	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	A	H	D	I	Q	I	H	V	P
Query Conservation
Alig confidence																							.	.
Template Conservation																							.	.
Template Sequence		F	H	G	K	I	T	Q	N	K	R	T	S	L	V	K	R	F	K	K	D	E	.	.	S	G	I	L	V	C	T	D	V	G	A	R	G	M	D	F	P	N	V	H	E	V	L	Q	I	G	V	P	S	E	L	A	N	Y	I	H	R	I	G	R	T	A	R	S	G	K	E	G	S	S	V	L	F	I	C
Template Known Secondary structure			S	T	T	S																S	.	.	S							G	G	G	T	S	S				T	T								S			S	S	T								T	T	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.
Template SS confidence
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.			.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.