Job Description P60240 Confidence 99.91% Date Thu Jan 5 12:06:41 GMT 2012 Rank 42 Aligned Residues 311 % Identity 18% Template c3h1tA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:type i site-specific restriction-modification PDBTitle: the fragment structure of a putative hsdr subunit of a type2 i restriction enzyme from vibrio vulnificus yj016 Resolution 2.30 Å

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		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.				.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.								.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	G	Q	R	T	S	L	I	P	H	Q	L	N	I	A	H	D	V	.	.	.	G	R	R	H	A	P	R	V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T	I	E	A	G	M	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	.	.	.	.	.	.	.	R	V	L	I	I	V	P	E	T	L	Q	H	Q	W	L
Query Conservation																					.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	S	P	Y	H	H	V	P	R	Y	Y	Q	Q	I	A	I	N	R	A	V	Q	S	V	L	Q	G	K	K	R	S	L	I	T	X	A	T	G	T	G	K	T	V	V	A	F	Q	I	S	W	K	L	W	S	A	R	W	N	R	T	G	D	Y	R	K	P	R	I	L	F	L	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T																								T	T		S								T	T	S																T	T			S	S		S	S	S										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	M	L	R	R	F	N	L	R	F	A	L	F	D	D	E	R	Y	A	E	A	Q	H	D	A	Y	N	P	F	D	T	E	Q	L	V	I	C	S	L	D	F	A	R	R	S	K	Q	R	L	E	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	R	E	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	F	T	P	F	G	D	A	R	H	K	I	E	G	V	V	K	S	R	E	I	Y	F	A	I	Y	Q	S	I	P	G	L	.	.	.	Y	K	E	F	P	Q	D	F	F	D	L	I	I	I	D	E	C	H	W	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	I	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T		S	S									S	S		S						G	G	G				G	.	.	.	G	G	G	S		T	T	S		S					S					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.				.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.									.	.	.	.
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	A	I	E	Q	L	A	E	H	V	P	G	V	L	L	L	T	A	T	P	E	Q	L	G	M	E	S	H	F	A	R	L	R	L	L	D	P	N	R	F	H	D	F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	R	P	V	A	D	A	V	A	M	L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	M	L	G	E	M
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.																								.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.																								.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Y	F	E	P	.	.	.	.	.	A	F	Q	I	G	X	T	A	T	P	L	R	E	D	N	R	D	T	Y	R	Y	F	G	.	.	N	P	I	Y	T	Y	S	L	R	Q	G	I	D	D	G	F	L	A	P	Y	R	V	H	R	V	I	S	E	V	D	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	T	T	.	.	.	.	.	S							S	S		S		T	T	T							S		.	.	S		S												T	S	S											T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.																								.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		327	.	.	330	.						.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.			.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	E	Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A	Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	M	L	M	D	R	H	G	T	S	R	V	L	F	R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	E	L	H	T	I	K	L	P	L	P	T	Q	Y	Q	T	A	I	K	V	S	G	I	M	G	A
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.						.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Query Sequence		R	K	S	A	E	D	R	A	R	D	M	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D	P	R	V	E	W	L	M	G	Y	L	T	S	H	.	.	.	.	.	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q	L	E	Q	V	L	R	E	R	E	.	.	.	.
Query Conservation																																															.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	F	E	R	V	I	A	L	K	A	R	T	D	A	F	A	K	H	L	T	D	F	X	K	R	T	D	R	F	A	K	T	I	V	F	C	V	D	Q	E	H	A	D	E	X	R	R	A	L	N	N	L	N	S	D	L	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S										T																	T	T	S							S	S															T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																								410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
				528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.		.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																															.																																														.	.
Query SS confidence		.	.																															.																																														.	.
Query Sequence		.	.	G	I	R	A	A	V	F	H	E	G	M	S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	.	Q	V	L	L	C	S	E	I	G	S	E	G	R	N	F	Q	F	A	S	H	M	V	M	F	D	L	P	F	N	P	D	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	.	.
Query Conservation		.	.																															.																																														.	.
Alig confidence		.	.																															.																																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	K	H	P	D	Y	V	A	R	V	T	S	E	E	G	K	I	G	K	G	H	L	S	R	F	Q	E	L	E	T	S	T	P	V	I	L	T	T	S	Q	L	L	T	T	G	V	D	A	P	T	C	K	N	V	V	L	A	R	V	V	N	S	X	S	E	F	K	Q	I	V	G	R	G	T	R	L	R	E	D	Y
Template Known Secondary structure		T	T		T	T	S					S	S	T	T														T	T										S	S	T	T	T	T	T				T	T								S													T	T	S				B	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
			603	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	A	H	D	I	Q	I	H	V	P	Y
Query Conservation		.
Alig confidence		.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	L	W	F	N	I	I	D	Y	T
Template Known Secondary structure		T	B	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.