Job Description P60240 Confidence 99.58% Date Thu Jan 5 12:06:41 GMT 2012 Rank 93 Aligned Residues 387 % Identity 15% Template c3crw1_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: 1: PDB Molecule:xpd/rad3 related dna helicase; PDBTitle: "xpd_apo" Resolution 4.00 Å

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		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.
Query SS confidence																																																						.
Query Sequence		Q	L	N	I	A	H	D	V	G	R	R	H	A	P	R	V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T	I	E	A	G	M	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	R	V	L	I	I	V	P	E	.	T	L	Q	H	Q	W	L	V	E	M	L	R	R	F	N	L	R	F	A	L	F	D	D	E	R	Y	A
Query Conservation																																																						.
Alig confidence															.	.																							.	.	.	.	.											.
Template Conservation															.	.																							.	.	.	.	.
Template Sequence		K	D	K	V	I	E	G	L	R	N	N	F	L	.	.	V	A	L	N	A	P	T	G	S	G	K	T	L	F	S	L	L	V	S	L	E	V	.	.	.	.	.	K	P	K	V	L	F	V	V	R	T	H	N	E	F	Y	P	I	Y	R	D	L	T	K	I	R	E	I	T	F	S	F	L	V	G	K	P	S	S
Template Known Secondary structure											T	T			.	.							S	S	S	S										T	T	T	.	.	.	.	.		S							S	S	S	G	G	G									S												S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.																							.	.	.	.	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.			.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.						.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	Q	H	D	A	Y	N	P	F	D	T	E	Q	L	V	I	C	S	L	D	F	A	R	R	S	K	Q	R	L	E	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	R	E	Y	Q	A	I	E	Q	L	A	E	H	V	P	G	V	L	L	L	T	A	T	P
Query Conservation
Alig confidence			.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	.	.	L	E	S	E	N	S	L	Y	K	A	D	V	I	A	L	T	Y	P	Y	F	F	I	D	R	Y	R	E	F	I	D	I	D	L	R	E	Y	M	I	V	I	D	E	A	H	N	L	D	K	V	N	E	L	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			.	.						T	T	T	T		S						T										T	T	S				S	T	T							T	G	G	G	S	G	G	G						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		88			.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Q	L	G	M	E	S	H	F	A	R	L	R	L	L	D	P	N	R	F	H	D	F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	R	P	V	A	D	A	V	A	M	L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	M	L	G	E	M	I	G	E	Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	S	L	S	E	I	T	I	Q	M	A	I	K	Q	S	K	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	R	R	I	L	S	K	L	L	N	Q	L	R	E	V	V	L	P	D	E	K	Y	I	K	V	E	N	V	P	K	L	S	K	E	E
Template Known Secondary structure						T	T								S		S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T														T	T					S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	M	L	M	D	R	H	G	T	S	R	V	L	F	R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	H	T	I	K	L	P	L	P	T	Q	Y
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	I	L	A	D	D	Y	E	D	I	R	K	D	S	L	K	Q	K	I	H	I	G	S	I	L	R	F	F	S	L	L	S	I	G	S	F	I	P	F	S	Y	S	K	R	L	V	I	K	N	P	E	I	S	Y	Y	L	N	L	L	N	D	N	E	L	S	I	I	L	M	S	G	T	L	P	P	R	E	Y	M
Template Known Secondary structure							T									T	T					T	T	S												S	S							T	T									S	T	T	T	S	G	G	G	G		T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.				.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.
Query Sequence		Q	T	A	I	K	V	S	G	I	M	G	A	R	K	S	A	E	D	R	A	R	D	M	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D	P	R	V	E	W	L	M	G	Y	L	T	S	H	.	.	.	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q	L	E	Q
Query Conservation																																																											.	.	.
Alig confidence																																																											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	K	V	W	G	I	K	R	N	M	L	Y	L	D	V	E	R	E	I	Q	K	R	V	S	G	S	Y	E	C	Y	I	G	V	D	V	T	S	K	Y	D	M	R	S	D	N	M	W	K	R	Y	A	D	Y	L	L	K	I	Y	F	Q	A	K	A	N	V	L	V	V	F	P	S	Y	E	I	M	D	R	V	M	S
Template Known Secondary structure				T	T				S											S	S	S			S										S					T	T	T																			T	S	S	S							S	S									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.						.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	R	E	R	E	G	I	R	A	A	V	F	H	E	G	M	S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	Q	V	L	L	C	S	E	I	G	S	E	G	R	N	F	Q	F	.	.	.	.	.	A	S	H	M	V	M	F	D	L	P	F	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.													.	.	.																																	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.													.	.	.
Template Sequence		R	I	.	.	.	.	S	L	P	K	Y	V	E	S	E	D	S	S	.	.	.	V	E	D	L	Y	S	A	I	S	A	N	N	K	V	L	I	G	S	V	G	K	G	K	L	A	E	G	I	E	L	R	N	N	D	R	S	L	I	S	D	V	V	I	V	G	I	P	Y	P	P	P	D	D	Y	L	K	I	L	A
Template Known Secondary structure		T		.	.	.	.		S							S				.	.	.						T	T	S	S	S			S							S	S	S	S	S		S	S					S	S	S	S		S								S							S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.													.	.	.
Template SS confidence
		412	.					.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.				.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
																							588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	A	H	D	I	Q	I	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	R	V	S	L	K	M	N	R	E	N	E	E	F	L	F	K	I	P	A	L	V	T	I	K	Q	A	I	G	R	A	I	R	D	V	N	D	K	C	N	V	W	L
Template Known Secondary structure			T	T	T			S	S	S	T	T					T														T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.