Job Description P60240 Confidence 99.96% Date Thu Jan 5 12:06:41 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 396 % Identity 20% Template c2xgjA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase dob1; PDBTitle: structure of mtr4, a dexh helicase involved in nuclear rna2 processing and surveillance Resolution 2.90 Å

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		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.		.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		S	L	I	P	H	Q	L	N	I	A	H	D	V	G	R	R	H	A	P	R	V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T	I	E	A	G	M	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	R	V	L	I	I	V	P	.	E	T	L	Q	H	Q	W	L	V	E	M	L	R	R	F	N	L	R	F	A	L	F	D
Query Conservation																																																										.
Alig confidence																				.	.																											.	.									.																	.
Template Conservation																				.	.																											.	.																										.
Template Sequence		T	L	D	P	F	Q	D	T	A	I	S	C	I	D	R	G	E	S	.	.	V	L	V	S	A	H	T	S	A	G	K	T	V	V	A	E	Y	A	I	A	Q	S	L	K	N	K	.	.	Q	R	V	I	Y	T	S	P	I	K	A	L	S	N	Q	K	Y	R	E	L	L	A	E	F	G	.	D	V	G	L	M	T
Template Known Secondary structure																	T			.	.							T	T	S																T	T	.	.								S	S																S	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.																											.	.																										.
Template SS confidence
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.			.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.			.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.		.	.	220	.	.	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	R	Y	A	E	A	Q	H	D	A	Y	N	P	F	D	T	E	Q	L	V	I	C	S	L	D	F	A	R	R	S	K	Q	R	L	E	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	R	E	Y	Q	A	I	E	Q	L	A	E	H	V	P	G	V	L	L
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																											.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																											.	.
Template Sequence		G	D	I	T	I	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	A	G	C	L	V	M	T	T	E	I	L	R	S	.	M	L	Y	R	G	S	E	V	M	R	E	V	A	W	V	I	F	D	E	V	H	Y	M	R	D	K	.	.	E	R	G	V	V	W	E	E	T	I	I	L	L	P	D	K	V	R	Y	V	F
Template Known Secondary structure		S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S												.					T		T	T	G	G	G								T	G	G	G	G	G		T	.	.	T	T											S		T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																											.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.										230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.		.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270			.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	A	T	P	E	Q	L	G	M	E	S	H	F	A	R	L	R	L	L	D	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	F	H	D	F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	R	P	V	A	D	A	V	A	M
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.																																																																			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	S	A	T	I	.	.	P	N	A	M	E	F	A	E	W	I	C	K	I	H	S	Q	P	C	H	I	V	Y	T	N	F	R	P	T	P	L	Q	H	Y	L	F	P	A	H	G	D	G	I	Y	L	V	V	D	E	K	S	T	F	R	E	E	N	F	Q	K	A	M	A	S	I	S	G	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							.	.	T	T													T	S											S	S									T	T	S	S								T	T			B											T				.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.																																																																			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		292	.	.	.	.			.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	M	L	G	E	M	I	G	E	Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A	Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	M	L	M	D	R	H	G	T	S	R	V	L	F	R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	E	L	H	T	I	K	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		439	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	P	T	Q	Y	Q	T	A	I	K	V	S	G	I	M	G	A	R	K	S	A	E	D	R	A	R	D	M	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D	P	R	V	E	W	L	M	G	Y	L	T	S	H	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	Y	K	I	V	K	M	I	W	K	K	K	Y	N	P	V	I	V	F	S	F	S	K	R	D	C	E	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T			S						S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																					393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		519	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	Q	V	L	R	E	R	E	G	I	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	V	F	H	E	G	M	S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	Q	V
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Conservation							.																																																																						.	.
Template Sequence		L	A	L	K	M	.	S	K	L	D	F	N	S	D	D	E	K	E	A	L	T	K	I	F	N	N	A	I	A	L	L	P	E	T	D	R	E	L	P	Q	I	K	H	I	L	P	L	L	R	R	G	I	G	I	H	H	S	G	L	L	P	I	L	K	E	V	I	E	I	L	F	Q	E	G	F	.	.	L	K	V
Template Known Secondary structure					T	T	.	T	T	S																				T	T	S		G	G	G	T	T														T					S	T	T	S														T	T		.	.		S
Template Predicted Secondary structure							.																																																																						.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.			.	.	.
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.										.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	C	S	E	I	G	S	E	G	R	N	F	Q	F	A	S	H	M	V	M	F	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	N	P	D	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	A	H	D	I	Q	I	H	V	P	Y	L	E	K	T	A	Q	S	V	L	V	R	W	Y	H	E	G	L	D
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.
Template Sequence		L	F	A	T	E	T	F	S	I	G	L	N	M	P	.	A	K	T	V	V	F	T	S	V	R	K	W	D	G	Q	Q	F	R	W	V	S	G	G	E	Y	I	Q	M	S	G	R	A	G	R	R	G	L	D	D	R	G	I	V	I	M	M	I	D	E	K	M	E	P	Q	V	A	K	G	M	V	K	G	Q	A	D
Template Known Secondary structure						G	G	G	G	G	S	T	T			.	B	S					S		S					S	S															T	T	B			T	T	T		S	S									S												S
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.		.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
		631					.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.
Query Sequence		A	.	.	.	.	F	E	H	T	C	P	T	G	R	T	I	Y	D	S	V	Y	N	D	L	I	N	Y	L	A	S	P	D	Q	T	E	G	F	D	D	L	I	K	N	C	R	E	Q	H	E	A	L	K	A	Q	L	E	Q	G	R	D	R	L	L	E	I	H	S	N	G	G	E	K	A	Q	A	L	A	E	S	I
Query Conservation			.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	D	S	A	F	H	L	G	Y	N	M	I	L	N	L	M	R	V	E	G	I	S	P	E	F	M	L	E	H	S	F	F	Q	F	Q	N	V	I	S	V	P	V	M	E	K	K	L	A	E	L	K	K	D	F	D	G	I	E	V	E	D	E	E	N	V	K	E	Y	H	E	I	E	Q	A	I	K	G	Y	R
Template Known Secondary structure																				S	S	S																												.								S	S				S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
		707	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	D	V
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		658	.	660