Job Description P60240 Confidence 99.05% Date Thu Jan 5 12:06:41 GMT 2012 Rank 111 Aligned Residues 408 % Identity 13% Template c2vsfA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:dna repair helicase rad3 related protein; PDBTitle: structure of xpd from thermoplasma acidophilum Resolution 2.9 Å

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		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.				.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure																																								.														.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.														.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T	I	E	A	G	M	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	R	V	L	I	I	V	P	E	.	T	L	Q	H	Q	W	L	V	E	M	L	R	R	.	.	.	F	N	L	R	F	A	L	F	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																								.														.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.																								.														.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.
Template Sequence		G	V	A	L	E	S	P	T	G	S	G	K	T	I	.	M	A	L	K	S	A	L	Q	Y	S	S	E	R	K	L	K	V	L	Y	L	V	R	T	N	S	Q	E	E	Q	V	I	K	E	L	R	S	L	S	S	T	M	K	I	R	A	I	P	M	Q	G	R	V	N	M	C	I	L	Y	R	M	V	D	D	L	H
Template Known Secondary structure									S	S	S	S	T	T		.					T	T		S	S	T	T	T	T	S								S	S																T	T	S															S	T								S
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.		.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
																																	233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	Y	A	E	A	Q	H	D	A	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	F	D	T	E	Q	L	V	I	C	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	I	N	A	E	S	L	A	K	F	C	N	M	K	K	R	E	V	M	A	G	N	E	A	A	C	P	Y	F	N	F	K	I	R	S	D	E	T	K	R	F	L	F	D	E	L	P	T	A	E	E	F	Y	D	Y	G	E	R	N	N	V	C	P	Y	E	S	M	K	A	A	L	P	D	A	D	I	V	I	A	P
Template Known Secondary structure		S																				T		G	G	G	S	T	T		S	G	G	G	G											T															T											G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.					.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.
Query Sequence		L	D	F	A	R	R	S	K	Q	R	L	E	.	.	.	.	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	R	E	Y	Q	A	I	E	Q	L	A	E	H	V	P	G	V	L	L	L	T	A	T	P	E	Q	L	G	M	E	S	H	F	A	R	L	R	L	L
Query Conservation														.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	A	Y	F	L	N	R	S	V	A	E	K	F	L	S	H	W	G	V	S	R	N	Q	I	V	I	I	L	D	E	A	H	N	L	.	.	.	.	.	.	P	D	I	G	R	S	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	R	I	S	V	E	S	L	N	R	A	D	R	E	A	Q	A	Y
Template Known Secondary structure						T	S															S	T	T						T	T	G	G	G		.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.							.	.	.	220	.	.	.	.														.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		332	.	.	.	.	.				.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.
Query SS confidence								.	.	.
Query Sequence		D	P	N	R	F	H	.	.	.	D	F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	R	P	V	A	D	A	V	A	M	L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	M	L	G	E	M	I	G	E	Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A	Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	M	L	M
Query Conservation								.	.	.
Alig confidence								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	P	E	L	S	Q	K	I	H	V	S	D	L	I	E	M	I	R	S	A	L	Q	S	M	V	S	E	R	C	G	K	G	D	V	R	I	R	F	Q	E	F	M	E	Y	M	R	I	M	N	K	R	S	E	R	E	I	R	S	L	L	N	Y	L	Y	L	F	G	E	Y	V	E	N	E	K	E	K	V	G	K
Template Known Secondary structure		T			B	S	S	S	S		B																					S	S	S																		T																												T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	R	H	G	T	S	R	V	L	F	R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	H	T	I	K	L	P	L	P	T	Q	Y	Q	T	A	I	K	V	S	G	I	M	G	A
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	F	S	Y	C	S	S	V	A	S	R	I	I	A	F	S	D	Q	D	E	E	K	Y	A	A	I	L	S	P	E	D	G	G	Y	M	Q	A	A	C	L	D	P	S	G	I	L	E	V	L	K	E	S	K	T	I	H	M	S	G	T	L	D	P	F	D	F	Y	S	D	I	T	G	F	E	I	P	F	K	K
Template Known Secondary structure																			S	S		T	T	T								S	T	T										T					G	G	G	G	G	S							S				S									T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	K	S	A	E	D	R	A	R	D	M	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D	P	R	V	E	W	L	M	G	Y	L	T	S	H	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q	L	E	Q	V	L	R	E	R	E	G	I	R	A	A	V	F	H	E
Query Conservation
Alig confidence																																		.																											.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.																											.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	E	I	F	P	P	E	N	R	Y	I	A	Y	Y	D	G	V	S	S	K	Y	D	T	L	D	E	K	E	L	D	R	.	M	A	T	V	I	E	D	I	I	L	K	V	K	K	N	T	I	V	Y	F	P	S	Y	S	L	M	.	.	.	.	.	D	R	V	E	N	R	V	S	F	E	H	M	K	E	Y	R
Template Known Secondary structure			S					G	G	G							S	S	S			S	S	S	S									.														S							S	S					.	.	.	.	.									S							T
Template Predicted Secondary structure																																		.																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.		.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.						.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.				.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	M	S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	Q	V	L	L	C	S	E	I	G	S	E	G	R	N	F	Q	F	A	S	H	M	V	M	F	D	L	P	F	.	.	.	N	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																			.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																	.	.	.											.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.																	.	.	.
Template Sequence		G	I	D	Q	K	E	L	Y	S	M	L	K	K	F	R	R	D	H	G	.	T	I	F	A	V	S	G	G	R	L	S	E	G	N	E	L	.	.	.	E	M	I	I	L	A	G	L	P	F	P	R	P	D	A	I	N	R	S	L	F	D	Y	Y	E	R	K	Y	G	K	G	W	E	Y	S	V	V	Y	P	T	A
Template Known Secondary structure		T																S			.						T	T	S	G	G	G						.	.	.						S	S						S														T	T	S							T
Template Predicted Secondary structure																					.																	.	.	.
Template SS confidence
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.				.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.
			589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	A	H	D	I	Q	I	H
Query Conservation		.
Alig confidence		.
Template Conservation
Template Sequence		I	K	I	R	Q	E	I	G	R	L	I	R	S	A	E	D	T	G	A	C	V	I
Template Known Secondary structure														S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		559	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580