Job Description P60240 Confidence 99.81% Date Thu Jan 5 12:06:41 GMT 2012 Rank 73 Aligned Residues 287 % Identity 21% Template c2vbcA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:dengue 4 ns3 full-length protein; PDBTitle: crystal structure of the ns3 protease-helicase from dengue2 virus Resolution 3.15 Å

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		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	R	V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T	I	E	A	G	M	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	R	V	L	I	I	V	P	E	T	L	Q	H	Q	W	L	V	E	M	L	R	R	F	N	L	R	F	A	L	F	D	D	E	R	Y	A	E	A	Q	H	D	A	Y	N	P	F	D	T	E
Query Conservation
Alig confidence																														.																	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.																	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	R	L	T	I	M	D	L	H	P	G	A	G	K	T	K	R	I	L	P	S	I	V	R	E	A	L	K	.	R	R	L	R	T	L	I	L	A	P	T	R	V	V	A	A	.	.	.	E	M	E	E	A	L	R	G	L	P	I	R	Y	Q	T	P	A	V	K	S	D	H	T	.	.	.	.	.	.	G	R	E
Template Known Secondary structure		T									T	T	T			T	T	T												.	T	T								S	S						.	.	.						T	T	T	S							T	T		S					.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																														.																	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.				230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.							.	.	.
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.		.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.
Query SS confidence																																																												.
Query Sequence		Q	L	V	I	C	S	L	D	F	A	R	R	S	K	Q	R	L	E	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	R	E	Y	Q	A	I	E	Q	L	A	E	H	V	P	.	G	V	L	L	L	T	A	T	P	E	Q	L	G	M	E	S	H	F	A	R	L
Query Conservation																																																												.
Alig confidence														.	.																							.	.	.																				.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.																							.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	D	L	M	C	H	A	T	F	T	T	.	.	R	L	L	S	S	T	R	V	P	N	Y	N	L	I	V	M	D	E	A	H	F	T	.	.	.	D	P	C	S	V	A	A	R	G	Y	I	S	T	R	V	E	M	G	E	A	A	A	I	F	M	T	A	T	P	P	G	S	T	D	P	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														.	.						S						S						S	T	T			.	.	.	S																	T	S								S	S		T	T				S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure														.	.																							.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.			.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.				290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	L	D	P	N	R	F	H	D	F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	R	P	V	A	D	A	V	A	M	L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	M	L	G	E	M	I	G	E	Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A	Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	M	L	M
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	H	G	T	S	R	V	L	F	R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	E	L	H	T	I	K	L	P	L	P	T	Q	Y	Q	T	A	I	K	V	S	G	I	M	G	A	R	K	S	A	E	D	R	A	R	D	M	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	P	Q	S	N	S	P	I	E	D	I	E	R	E	I	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S				S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
		489	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	V	E	W	L	M	G	Y	L	T	S	H	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q	L	E	Q	V	L	R	E	R	E	G	I	R	A	A	V	F	H	E	G	M	S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	Q	V	L	L	C	S	E	I	G	S	E
Query Conservation
Alig confidence																																								.												.	.	.	.													.	.
Template Conservation																																								.												.	.	.	.													.	.
Template Sequence		E	R	S	W	N	T	G	F	D	W	I	T	D	Y	Q	G	K	T	V	W	F	V	P	S	I	K	A	G	N	D	I	A	N	C	L	R	K	S	.	G	K	R	V	I	Q	L	S	R	K	T	.	.	.	.	F	D	T	E	Y	P	K	T	K	L	T	D	.	.	W	D	F	V	V	T	T	D	I	S	E	M
Template Known Secondary structure		S	S				S	S									S							S	S													T	T	.	T								T	T	T	.	.	.	.					T						S		.	.		S						G	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																								.												.	.	.	.													.	.
Template SS confidence
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.					390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.			.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
		569	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.											580	.	.	.											.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	R	N	F	Q	F	A	S	H	M	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	F	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	N	P	D	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	A	H	D	I	Q	I	H	V	P	Y	L	E	K	T	A	Q	S	V	L	V	R	W	Y	H	E	G
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.
Template Sequence		G	A	N	F	.	R	A	G	R	V	I	D	P	R	R	C	L	K	P	V	I	L	T	D	G	P	E	R	V	I	L	A	G	P	I	P	V	T	P	A	S	A	A	Q	R	R	G	R	I	G	R	N	P	A	Q	E	D	D	Q	Y	V	F	S	G	D	P	L	K	N	D	E	D	H	A	H	W	T	E	A	K
Template Known Secondary structure		T				.			S																S	S	S																						T	S	S		S			S	S								S							T	T	B
Template Predicted Secondary structure						.
Template SS confidence
		414	.	.	.		.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
		629
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		M
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		493