Job Description P60240 Confidence 99.97% Date Thu Jan 5 12:06:41 GMT 2012 Rank 20 Aligned Residues 517 % Identity 19% Template c2eyqA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:transcription-repair coupling factor; PDBTitle: crystal structure of escherichia coli transcription-repair2 coupling factor Resolution 3.20 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.				.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.		.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
Predicted Secondary structure													.	.	.																			.
Query SS confidence													.	.	.																			.
Query Sequence		F	N	P	G	D	T	I	T	S	H	D	.	.	.	G	W	Q	M	Q	V	E	E	V	K	E	E	N	G	L	L	T	Y	.	I	G	T	R	L	D	T	E	E	S	G	V	A	L	R	E	V	F	L	D	S	K	L	V	F	S	K	P	Q	D	R	L	F	A	G	Q	I	D	R	M	D	R	F	A	L	R	Y
Query Conservation													.	.	.																			.
Alig confidence													.	.	.																			.																													.
Template Conservation																																																															.
Template Sequence		L	H	I	G	Q	P	V	V	H	L	E	H	G	V	G	R	Y	A	G	M	T	T	L	E	A	G	G	I	T	G	E	Y	L	M	L	T	Y	A	N	D	A	K	L	Y	V	P	V	S	S	L	H	L	I	S	R	Y	A	G	G	A	E	.	E	N	A	P	L	H	K	L	G	G	D	A	W	S	R	A	R	Q
Template Known Secondary structure				T	T						T	T	T													S	S	S											G	G	G							G	G	G	G	G	G							S		S	.	S	S						T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																															.
Template SS confidence
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.		.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
		131	.	.	.	.															.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.									.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.				.	.	.	.	170	.		.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.							.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.							.
Query Sequence		R	A	R	K	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	E	Q	F	R	M	P	Y	S	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	Q	R	T	S	L	I	P	H	Q	L	N	I	A	H	D	V	.	.	.	G	R	R	H	A	P	.	R	V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.							.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.							.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	A	E	K	V	R	D	V	A	A	E	L	L	D	I	Y	A	Q	R	A	A	K	E	G	F	A	F	K	H	D	R	E	Q	Y	Q	L	F	C	D	S	F	P	F	E	T	T	P	D	Q	A	Q	A	I	N	A	V	L	S	D	M	C	Q	P	L	A	M	D	R	L	V	C	G	D	V	G	F	G	K	T
Template Known Secondary structure																							T	S																		T			S																			S	S	S												T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210		.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.				.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.			.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.																.	.	.																							.	.
Query SS confidence																												.																.	.	.																							.	.
Query Sequence		I	E	A	G	M	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	R	V	L	I	I	V	P	E	T	.	L	Q	H	Q	W	L	V	E	M	L	R	R	F	N	L	.	.	.	R	F	A	L	F	D	D	E	R	Y	A	E	A	Q	H	D	A	Y	N	P	F	D	.	.	T	E	Q	L	V	I	C	S	L	D	F
Query Conservation																												.																.	.	.																							.	.
Alig confidence																.	.											.																.	.	.																							.	.
Template Conservation																.	.
Template Sequence		E	V	A	M	R	A	A	F	L	A	V	D	N	H	.	.	K	Q	V	A	V	L	V	P	T	T	L	L	A	Q	Q	H	Y	D	N	F	R	D	R	F	A	N	W	P	V	R	I	E	M	I	S	R	F	R	S	A	K	E	Q	T	Q	I	L	A	E	V	A	E	G	K	I	D	I	L	I	G	T	H	K	L
Template Known Secondary structure													T	T	T	.	.								S	S															S	T	T	T	T							S	T	T	S														T	T			S						T
Template Predicted Secondary structure																.	.
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.			650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	R	S	K	Q	R	L	E	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	R	E	Y	Q	A	I	E	Q	L	A	E	H	V	P	G	V	L	L	L	T	A	T	P	E	Q	L	G	M	E	S	H	F	A	R	L	R	L	L	D	P	N	R	F	H	D
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.																		.	.	.														.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.																		.	.	.														.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Q	S	D	.	.	.	.	.	.	V	K	F	K	D	L	G	L	L	I	V	D	E	E	H	R	F	.	.	.	G	V	R	H	K	E	R	I	K	A	M	R	A	.	.	.	.	N	V	D	I	L	T	L	T	A	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S		.	.	.	.	.	.				S	S								S	G	G	G	S	.	.	.													T	.	.	.	.	T	S							S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.																		.	.	.														.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		714	.	.	.							.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.				.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.					.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	R	P	V	A	D	A	V	A	M	L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	M	L	G	E	M	I	G	E	Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A	Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	M	L	M	D	R	H	G	T	S	R	V	L	F
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	E	L	H	T	I	K	L	P	L	P	T	Q	Y	Q	T	A	I	K	V	S	G	I	M	G	A	R	K	S	A	E	D	R	A	R	D	M	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D	P	R	V	E	W	L	M	G	Y	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	R	T	L	N	M	A	M	S	G	M	R	D	L	S	I	I	A	T	P	P	A	R	R	L	A	V	K	T	F	V	R	E	Y	D	S	M	V	V	R	E	A	I	L	R	E	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	T	S											B		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																		759	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.		.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.
Query SS confidence																															.
Query Sequence		T	S	H	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q	L	E	Q	V	L	R	E	R	E	.	G	I	R	A	A	V	F	H	E	G	M	S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	Q	V	L	L	C	S	E	I	G	S	E	G	R	N	F	Q	F	A	S	H
Query Conservation																															.
Alig confidence				.	.																										.																												.	.
Template Conservation				.	.																																																						.	.
Template Sequence		L	R	.	.	G	G	Q	V	Y	Y	L	Y	N	D	V	E	N	I	Q	K	A	A	E	R	L	A	E	L	V	P	E	A	R	I	A	I	G	H	G	Q	M	R	E	R	E	L	E	R	V	M	N	D	F	H	H	Q	R	.	.	F	N	V	L	V	C	T	T	I	I	E	T	G	I	D	I	P	T	A	N	T
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	T										S	S														T	T	S							S	S															T	T	S	.	.							S	S	T	T	G	G	G	S			T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.																																																						.	.
Template SS confidence
		807	.			.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.			.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.
		578	.	580	.	.	.	.	.		.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.						.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure										.																																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence										.																																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		M	V	M	F	D	L	P	F	.	N	P	D	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	A	H	D	I	Q	I	H	V	P	Y	L	E	K	T	A	Q	S	V	L	V	R	W	Y	H	E	G	L	D	A	F	E	H	.	.	.	.	.	T	C	P	T	G	R	T	I	Y	D	S	V	Y	N	D	L	I
Query Conservation										.																																																		.	.	.	.	.
Alig confidence										.															.	.																																		.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.
Template Sequence		I	I	I	E	R	A	D	H	F	G	L	A	Q	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	.	.	S	H	H	Q	A	Y	A	W	L	L	T	P	H	P	K	A	M	T	T	D	A	Q	K	R	L	E	A	I	A	S	L	E	D	L	G	A	G	F	A	L	A	T	H	D	L	E	I	R	G	A	G	E	L	L	G
Template Known Secondary structure					T	T	T	T	S	S										T	T			B	.	.	T	T	B											G	G	G	S												T	T			S	B	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.
Template SS confidence
		883	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.			.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960
		652	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.																.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Y	L	A	S	P	D	Q	T	E	G	F	D	D	L	I	K	N	C	R	E	Q	H	E	A	L	K	A	Q	L	E	Q	G	R	D	R	L	L	E	I	H	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	E	K	A	Q	A	L	A	E	S	I	E	E	Q	D	D	D	T	N	L	I
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	Q	S	G	S	M	E	T	I	G	F	S	L	Y	M	E	L	L	E	N	A	V	D	A	L	K	A	G	R	E	P	S	L	E	D	L	T	S	Q	Q	T	E	V	E	L	R	M	P	S	L	L	P	D	D	F	I	P	D	V	N	T	R	L	S	F	Y	K	R	I	A	S	A	K	T	E	N	E	L	E
Template Known Secondary structure																														T			S			G	G	G	S									S	S			S			T	T	T	S																		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		961	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040
		717	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	F	A	M	N	L	F	D	I	I	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	I	K	V	E	L	I	D	R	F	G
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1041	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.