Job Description P60240 Confidence 99.40% Date Thu Jan 5 12:06:41 GMT 2012 Rank 100 Aligned Residues 256 % Identity 18% Template c1cu1B_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:protein (protease/helicase ns3); PDBTitle: crystal structure of an enzyme complex from hepatitis c2 virus Resolution 2.50 Å

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		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure																																							.
Query SS confidence																																							.
Query Sequence		V	L	L	A	D	E	V	G	L	G	K	T	I	E	A	G	M	I	L	H	Q	Q	L	L	S	G	A	A	E	R	V	L	I	I	V	P	E	.	T	L	Q	H	Q	W	L	V	E	M	L	R	R	F	N	L	R	F	A	L	F	D	D	E	R	Y	A	E	A	Q	H	D	A	Y	N	P	F	D	T	E	Q	L
Query Conservation																																							.
Alig confidence																							.	.	.	.	.												.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	H	L	H	A	P	T	G	S	G	K	S	T	K	V	P	A	A	Y	A	A	.	.	.	.	.	Q	G	Y	K	V	L	V	L	N	P	S	V	A	A	T	L	G	F	G	A	Y	M	S	K	A	H	G	I	D	P	N	I	R	T	G	V	R	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	G	A	P	V
Template Known Secondary structure								T	T	S		T	T	T									.	.	.	.	.	T	T								S																									S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.					S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220						.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.										1260	.	.	.	.	.
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.			.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.
Query SS confidence																																																											.	.
Query Sequence		V	I	C	S	L	D	F	A	R	R	S	K	Q	R	L	E	H	L	C	E	A	E	W	D	L	L	V	V	D	E	A	H	H	L	V	W	S	E	D	A	P	S	R	E	Y	Q	A	I	E	Q	L	A	E	H	V	P	G	.	.	V	L	L	L	T	A	T	P	E	Q	L	G	M	E	S	H	F	A	R	L	R
Query Conservation																																																											.	.
Alig confidence													.	.	.	.																				.	.	.																					.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.																				.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	Y	S	T	Y	G	K	F	L	A	D	.	.	.	.	G	G	C	S	G	G	A	Y	D	I	I	I	C	D	E	C	H	S	T	.	.	.	D	S	T	T	I	L	G	I	G	T	V	L	D	Q	A	E	T	A	G	A	R	L	V	V	L	A	T	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												T	.	.	.	.	T	S			T	T	S		S					T	T	T	T			.	.	.	S														T	T	T	T	T		S							S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.																				.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1266	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.					.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.				.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	D	P	N	R	F	H	D	F	A	Q	F	V	E	E	Q	K	N	Y	R	P	V	A	D	A	V	A	M	L	L	A	G	N	K	L	S	N	D	E	L	N	M	L	G	E	M	I	G	E	Q	D	I	E	P	L	L	Q	A	A	N	S	D	S	E	D	A	Q	S	A	R	Q	E	L	V	S	M	L	M	D
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	H	G	T	S	R	V	L	F	R	N	T	R	N	G	V	K	G	F	P	K	R	E	L	H	T	I	K	L	P	L	P	T	Q	Y	Q	T	A	I	K	V	S	G	I	M	G	A	R	K	S	A	E	D	R	A	R	D	M	L	Y	P	E	R	I	Y	Q	E	F	E	G	D	N	A	T	W	W	N	F	D	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	P	G	S	V	T	V	P	H	P	N	I	E	E	V	A	L	S	N	T	G	E	I	P	F	Y	G	K	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T							T	T								S		S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																					1325	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	V	E	W	L	M	G	Y	L	T	S	H	R	S	Q	K	V	L	V	I	C	A	K	A	A	T	A	L	Q	L	E	Q	V	L	R	E	R	E	G	I	R	A	A	V	F	H	E	G	M	S	I	I	E	R	D	R	A	A	A	W	F	A	E	E	D	T	G	A	Q	V	L	L	C	S	E	I	G	S	E	G
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.																															.																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.																															.																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	.	.	.	.	.	.	P	I	E	A	I	R	G	G	R	H	L	I	F	C	H	S	K	K	K	C	D	E	L	A	A	K	L	S	G	L	.	G	I	N	A	V	A	Y	Y	R	G	L	D	V	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	T	I	G	D	V	V	V	V	A	T	D	A	L	M	T	G
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.		G	G	G	T	S	S	S							S	S														T	.	T								T	T	S		G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S	S	S	S							T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.																															.																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1354							.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.		.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.										1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.
		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580									.	.	.														.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	F	Q	F	A	S	H	M	V	M	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	N	P	D	L	L	E	Q	R	I	G	R	L	D	R	I	G	Q	A	H	D	I	Q	I	H	V	P	Y	L	E
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.								.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template Conservation					.																																												.	.	.
Template Sequence		Y	T	G	.	D	F	D	S	V	I	D	C	N	T	C	V	T	Q	T	V	D	F	S	L	D	P	T	F	T	I	E	T	T	T	V	P	Q	D	A	V	S	R	S	Q	R	R	G	.	.	.	R	T	G	R	G	R	R	G	I	Y	R	F	V	T	P	G
Template Known Secondary structure					.			S																		S	S	S											B									T	.	.	.	T	S		S	S	S							S
Template Predicted Secondary structure					.																																												.	.	.
Template SS confidence
		1418	.	1420		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.				.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.