Job Description P42632 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:02:00 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 664 % Identity 21% Template c2y8nC_ PDB info PDB header:lyase Chain: C: PDB Molecule:4-hydroxyphenylacetate decarboxylase large subunit; PDBTitle: crystal structure of glycyl radical enzyme Resolution 1.75 Å

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		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	T	A	H	D	A	G	Y	I	N	Q	P	L	E	K	I	V	G	L	Q	T	D	A	P	L	K	R	A	L	H	P	F	G	G	I	N	M	I	K	S	S	F	H	A	Y	G	R	E	M	D	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.
Template Sequence		S	L	S	H	M	T	P	T	I	.	L	P	Y	E	K	L	V	M	N	K	T	K	N	V	R	G	A	F	P	F	P	W	V	C	A	S	F	F	N	A	Q	A	E	A	L	M	N	E	V	D	A	P	A	E	N	E	A	D	S	V	S	V	V	G	A	G	G	G	N	V	T	E	S	Y	G	N	V	I	S	I
Template Known Secondary structure					T	S					.		T	T		S	S				S	S	S	S	T	T						T	T	T														T	T	S											T						S	T	T				S		B	T	T
Template Predicted Secondary structure											.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90		.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
														137	.	.	140	.	.	.	.	.	.		.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.						.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.													.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.													.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	E	Y	L	F	T	D	L	R	.	K	T	H	N	Q	G	V	F	D	V	Y	S	.	.	.	.	.	P	D	M	L	R	C	R	K	S	G	V	L	T	G	L	P	D	G	Y	G	R	G	R	I	I	G	D	Y	R	R	V	A	L	Y	G	I	S	Y	L	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.													.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	K	F	G	M	R	K	E	E	I	P	V	L	V	K	T	S	K	P	W	E	G	I	S	V	E	E	L	S	N	K	Y	S	K	M	T	P	G	Y	D	Q	F	K	N	I	M	E	S	V	I	C	M	F	D	S	F	A	I	P	Q	G	R	E	V	I	N	Y	Y	M	P	L	Q	Y	G	F	D	G	I	I
Template Known Secondary structure		T	T	T					G	G	G									G	G	G	T	T	T	S										T	T	S	T	T										T	T	S	B				G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		199	200	.	.	.	.	.	.	.												.	.	210	.	.	.	.	.	.												.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.				.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Query Sequence		R	E	R	E	L	Q	F	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	S	R	L	E	K	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	E	A	T	I	R	L	R	E	E	L	A	E	H	R	.	.	.	H	A	L	L	Q	I	Q	E	M	A	A	K	Y	G	F	D	I	S	R	P	A
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	C	D	E	K	I	A	E	V	M	G	E	A	G	D	D	G	D	F	G	M	S	R	G	Y	Y	Y	A	A	M	K	E	I	T	K	G	L	S	A	W	C	E	N	Y	S	K	R	A	K	Y	L	A	S	I	E	T	D	S	E	I	K	A	N	Y	E	K	I	E	E	V	M	G	N	I	A	H	K	K	P
Template Known Secondary structure												T	T			T	T		T	T	T	T	T																																																						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	N	A	Q	E	A	V	Q	W	L	Y	F	A	Y	L	A	A	V	K	S	Q	N	G	G	A	M	S	L	G	R	T	A	S	F	L	D	I	Y	I	E	R	D	F	K	A	G	V	L	N	E	Q	Q	A	Q	E	L	I	D	H	F	I	M	K	I	R	M	V	R	F	L	R	T	P	E	F	D	S	L	F	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	N	F	W	E	A	I	Q	M	T	L	C	C	H	F	G	V	V	N	E	D	P	Q	S	G	L	S	I	G	R	L	G	Q	V	L	Q	P	F	Y	E	K	D	V	E	D	G	I	M	T	D	E	E	V	I	E	L	L	E	L	Y	R	I	K	I	T	C	I	E	C	F	A	S	A	G	V	S	G	G	V	L
Template Known Secondary structure			S																	T	T	S								B						S										T	T	S																			T											T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.		.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.
Query SS confidence																																																																		.
Query Sequence		G	D	P	I	W	A	T	E	V	I	G	G	M	G	L	D	G	R	T	L	V	T	K	N	S	F	R	Y	L	H	T	L	H	T	M	G	P	A	P	E	P	N	L	T	I	L	W	S	E	E	L	P	I	A	F	K	K	Y	A	A	Q	V	S	I	.	V	T	S	S	L	Q	Y	E	N	D	D	L	M	R	T
Query Conservation																																																																		.
Alig confidence																																					.																													.
Template Conservation																																					.
Template Sequence		S	G	N	T	F	N	N	L	S	L	G	G	Q	N	Y	D	G	L	S	A	V	T	P	L	E	Y	L	I	V	E	A	G	M	R	N	.	Q	T	P	Q	P	T	L	S	V	L	Y	D	E	K	T	P	E	D	F	L	M	K	A	A	S	C	T	K	L	G	L	G	Y	P	A	W	M	N	N	Q	T	G	M	N
Template Known Secondary structure		T	T											B		T	T	S	S	B																S	.			S		S								T	T	S													T	T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure																																					.
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.		.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		413	.													.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	S	D	D	Y	A	I	A	C	C	V	S	P	M	V	I	G	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	Q	F	F	G	A	R	A	N	L	A	K	T	L	L	Y	A	I	N	G	G	V	D	E	K	L	K	I	Q
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	M	M	R	N	Y	G	P	E	G	M	D	L	H	D	A	R	A	W	C	L	G	G	C	L	E	S	A	P	G	C	F	L	P	L	E	Y	N	G	K	V	T	M	I	P	G	G	A	S	P	T	C	G	T	G	V	H	F	I	G	M	P	K	V	L	E	L	V	L	T	N	G	L	D	K	R	T	G	K	Q
Template Known Secondary structure								G	G	G	T								T					T	T	T													T	T										S	S		S	S																	T	T	T			T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.													.	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.
Query Sequence		V	G	P	K	T	A	P	L	M	D	D	V	L	D	Y	D	K	V	M	D	S	L	D	H	F	M	D	W	L	A	V	Q	Y	I	S	A	L	N	I	I	H	Y	M	H	D	K	Y	S	Y	E	A	S	L	M	A	L	H	D	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	R	T	M	.	A	C
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.
Alig confidence									.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.
Template Conservation									.	.	.
Template Sequence		V	Y	P	P	H	N	K	.	.	.	K	L	D	S	Y	E	T	M	V	N	Q	W	K	E	Y	M	E	L	T	T	D	V	V	N	R	C	N	N	I	Q	M	D	I	W	R	K	Y	N	M	P	A	V	N	S	L	L	K	P	D	C	F	K	K	G	K	H	I	G	T	M	G	A	R	Y	N	S	C	I	N	F
Template Known Secondary structure			S						.	.	.				S																																		S			S						S	T	T					T			G	G	G	T		S	S			T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.				.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.
		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.						.	.	.	.	.	.	.	560	.	.																							.	.	.	.								.	.	.	570	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	A	G	L	S	V	A	T	D	S	L	S	A	I	K	Y	A	R	V	K	P	I	.	.	.	.	.	R	D	E	N	G	L	A	V	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	D	G	.	.	.	.	.	.	.	E	Y	P	Q	Y	G	N	N	D
Query Conservation																									.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	S	C	G	T	I	T	F	V	N	S	L	S	S	I	K	K	N	V	F	D	D	S	K	F	T	I	E	E	M	T	D	A	M	L	N	N	F	G	F	K	T	A	Y	E	T	E	V	F	S	P	D	F	R	E	S	T	D	K	S	T	K	Y	E	K	I	F	A	A	C	V	N	A	P	K	Y	G	N	A	D
Template Known Secondary structure																				T	T	T	S			S											T	G	G	G	B										S	T	T				B		T	T														S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		637	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.
		576	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.		.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.
Query SS confidence																																																																.
Query Sequence		E	R	V	D	S	I	A	C	D	L	V	E	R	F	M	K	K	I	K	A	L	P	T	Y	R	N	A	V	P	T	Q	S	I	L	T	I	T	S	N	V	V	Y	G	Q	K	T	G	N	T	P	D	G	R	R	A	G	T	P	F	A	P	G	.	A	N	P	M	H	G	R	D	R	K	G	A	V	A	S	L	T
Query Conservation																																																																.
Alig confidence																																																																.
Template Conservation
Template Sequence		K	Y	A	D	E	I	F	K	A	Y	H	Y	Y	I	Y	D	M	T	H	K	F	R	S	Y	Y	G	K	P	L	Y	L	C	Q	I	S	V	S	T	H	G	P	Q	G	F	V	T	L	A	T	A	D	G	R	L	A	G	T	T	Y	S	D	G	S	V	S	A	A	A	G	T	D	K	N	G	I	Y	A	I	F	E
Template Known Secondary structure																				T	T		B		T	T	S		B								T	T	T								S				T	T	S			T	T					S	T	T	T	S			T	T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		717	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.
		655	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	V	A	K	L	P	F	T	Y	A	K	D	G	I	S	Y	T	F	S	I	V	P	A	A	L	G	K	E	D	P	V	R	K	T	N	L	V	G	L	L	D	G	Y	F	H	H	E	A	D	V	E	G	G	Q	H	L	N	V	N	V	M	N	R	E	M	L	L	D	A	I	E	H	P	E	K	Y	P	N	L	T
Query Conservation
Alig confidence															.												.	.																			.	.	.	.	.
Template Conservation															.												.	.																			.	.	.	.	.
Template Sequence		S	A	T	V	Y	D	H	S	M	H	Q	N	A	.	Q	M	N	L	K	L	H	P	T	A	V	.	.	K	G	I	N	G	T	R	K	L	L	D	L	V	R	A	Y	M	R	.	.	.	.	.	K	G	G	F	H	V	Q	F	N	V	V	D	S	K	T	L	R	D	A	Q	L	T	P	E	K	Y	R	E	L	M
Template Known Secondary structure				T	S	S		G	G	G	S	S			.								G	G	G	G	.	.																			.	.	.	.	.		T									S												G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure															.												.	.																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		797	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.		810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820			.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.						.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.
		735	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	R	V	S	G	Y	A	V	R	F	N	A	L	T	R	E	Q	Q	Q	D	V	I	S	R	T	F	T	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	R	V	A	G	F	T	Q	Y	W	C	E	I	G	K	P	I	Q	D	E	V	I	Y	R	T	E	Y	D
Template Known Secondary structure					S	S					G	G	G	S											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		869	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.