Job Description P15288 Confidence 98.29% Date Thu Jan 5 11:34:45 GMT 2012 Rank 77 Aligned Residues 187 % Identity 24% Template c2gljR_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: R: PDB Molecule: PDBTitle: crystal structure of aminopeptidase i from clostridium2 acetobutylicum Resolution 3.20 Å

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		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		L	D	M	V	P	Q	K	N	N	D	T	V	H	D	F	T	K	D	P	I	Q	P	Y	I	D	G	E	W	V	K	A	R	G	T	T	L	G	A	D	N	G	I	G	M	A	S	A	L	A	V	L	A	D	E	N	V	V	H	G	P	L	E	V	L	L	T	M	T	E	E	A	G	M	D	G	A	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.																																							.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Template Sequence		V	P	A	G	K	A	R	D	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	R	S	M	V	M	G	Y	G	Q	.	.	.	.	D	D	R	I	C	A	Y	T	S	F	E	A	M	L	E	M	K	N	A	K	K	T	C	I	T	I	L	V	D	K	E	E	V	G	S	I	G	A	T	G	M	Q
Template Known Secondary structure					S						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T							T	T		.	.	.	.															T			S		S	S										G	G	G	T			T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.														.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.					.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
																						153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	L	Q	G	N	W	L	Q	A	D	I	L	I	N	T	D	S	E	E	E	G	E	I	Y	M	G	C	A	G	G	I	D	F	T	S	N	L	H	L	D	R	E	A	V	P	A	G	F	E	T	F	K	L	T	L	K	G	L	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	K	F	F	E	N	T	V	A	D	I	M	S	D	E	L	K	L	R	K	A	L	Y	N	S	E	M	L	S	S	D	V	S	A	A	F	D	P	N	Y	P	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M
Template Known Secondary structure		S	T	T									T				S								T						B					B			T	T			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					350
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	H	S	G	G	E	I	H	V	G	L	G	N	A	N	K	L	L	V	R	F	L	A	G	H	A	E	E	L	D	L	R	L	I	D	F	N	G	G	T	L	R	N	A	I	P	R	E	A	F	A	T	I	A	V	A	A	D	K	V	D	V	L	K	S	L	V	N	T	Y	Q	E	I	L	K	N	E	L	A
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	K	R	N	S	A	Y	L	G	K	G	I	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	T	T	S	B		T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	E	K	N	L	A	L	L	L	D	S	V	A	N	D	K	A	A	L	I	A	K	S	R	D	T	F	I	R	L	L	N	A	T	P	N	G	V	I	R	N	S	D	V	A	K	G	V	V	E	T	S	L	N	V	G	V	V	T	M	T	D	N	N	V	E	I	H	C	L	I	R	S	L	I	D	S	G	K
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.							.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	Y	V	V	S	M	L	D	S	L	G	K	L	A	G	A	K	T	E	A	K	G	A	Y	P	G	W	Q	P	D	A	N	S	P	V	M	H	L	V	R	E	T	Y	Q	R	L	F	N	K	T	P	N	I	Q	I	I	.	.	.	.	.	.	H	A	G	L	E	C	G	L	F	K	K	P	Y	P	E	M	D	M
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.										.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.																												.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	N	K	Y	T	G	S	R	G	K	S	G	C	N	D	A	N	P	E	Y	I	A	E	L	R	R	I	L	S	K	E	.	S	V	N	W	Q	T	A	E	L	G	K	V	D	Q	G	G	G	G	T	I	A	Y	I	L	A	E	Y	.	.	G	M	Q	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		B	S				S	T	T	S		S	S																		T	.									S	S	S	S	S	S	S					T						T	T	.	.	T		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.																												.	.
Template SS confidence
																	369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.			.	.	.	430
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	I	G	P	T	I	T	G	P	H	S	P	D	E	Q	V	H	I	E	S	V	G	H	Y	W	T	L	L	T	E	L	L	K	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	D	C	G	V	A	L	L	N	X	H	A	P	W	E	I	S	S	K	A	D	I	Y	E	T	K	N	G	Y	S	A	F	L	N	N
Template Known Secondary structure			B	B						S	T	T	S	S	S																	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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