Job Description P10423 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:32:15 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 262 % Identity 25% Template c3iibA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:peptidase m28; PDBTitle: crystal structure of peptidase m28 precursor (yp_926796.1) from2 shewanella amazonensis sb2b at 1.70 a resolution Resolution 1.70 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.		.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure																																											.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	F	A	N	T	Q	A	R	H	I	A	T	F	F	P	G	R	M	T	G	T	P	A	E	M	L	S	A	D	Y	I	R	Q	Q	F	Q	Q	M	G	Y	R	.	S	D	I	R	T	F	N	S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																											.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	G	Y	D	I	V	E	S	L	T	V	E	V	G	P	R	L	A	G	S	E	Q	D	K	V	A	V	D	W	A	I	A	K	L	Q	S	L	G	F	D	R	V	Y	K	E	P	V	T	V	P	V	W	R	R	G	I	A	K	A	S	I	L	S	P	F	P	Q	P	L	V	V	T	A	L	G	G	S	I	A
Template Known Secondary structure															T					T	T	S																	T	T		S																								S	S										B	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	P	A	Q	G	L	S	A	T	I	V	R	F	D	T	L	Q	D	L	Q	N	A	E	A	G	S	L	N	D	K	I	A	F	I	D	A	K	T	E	R	H	R	D	G	K	G	Y	G	Q	T	A	S	G	R	S	R	G	A	V	A	A	A	E	K	G	A	V	G	I	I	I	R	S	I	G	T	D	H	D	R
Template Known Secondary structure				T	T										S	S						T	S		T	T	T	T	T	T													T	T																					T	T		S							S		S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
																																								81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.			.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	I	Y	T	A	R	D	N	R	K	S	W	H	N	V	T	G	S	T	V	I	A	A	H	E	G	K	A	.	.	P	Q	Q	I	I	I	M	A	H	L	D	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation
Template Sequence		X	A	H	T	G	X	X	R	Y	E	E	G	V	T	A	I	P	A	A	A	I	S	N	P	D	A	D	L	I	N	A	X	L	K	R	D	K	E	V	V	I	S	L	E	L	G	S	E	R	R	G	E	T	T	S	Y	N	V	I	A	E	V	K	G	S	T	K	A	D	E	I	V	L	I	G	A	H	L	D	S
Template Known Secondary structure							B					T	T	S																					T	T	T																													S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160			.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.
Query SS confidence																																										.	.
Query Sequence		Y	A	P	L	S	D	A	D	A	D	A	N	L	G	G	L	T	L	Q	G	M	D	D	N	A	A	G	L	G	V	M	L	E	L	A	E	R	L	K	N	.	.	T	P	T	E	Y	G	I	R	F	V	A	T	S	G	E	E	E	G	K	L	G	A	E	N	L	L	K	R	M	S	D	T	E	K	K	N	T	L
Query Conservation																																										.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.																																		.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.
Template Sequence		W	D	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	A	I	D	D	G	A	G	V	A	I	V	T	A	A	A	K	H	I	L	D	L	P	Q	K	P	E	R	T	I	R	V	V	L	Y	A	A	E	E	L	G	L	L	G	G	K	T	Y	A	K	E	H	E	A	E	L	.	E	K	H	Y
Template Known Secondary structure			S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T	T																T	S	S	S			S									S		G	G	G	T	S										T	G	G	G	G	.	G	G
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.
Template SS confidence
		284	.	.	.															.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.		.	.	.	.
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	I	N	L	D	N	L	I	V	G	D	K	L	Y	F	N	S	G	V	K	T	P	E	A	V	R	K	L	T	R	D	R	A	L	A	I	A	R	S	H	G	I	A	A	T	T	N	P	G	L	N	K	N	Y	P	K	G	T	G	C	C	N	D	A	E	I	F	D	K	A	G	I	A	V	L	S	V	E	A
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	A	E	S	D	F	G	A	G	P	I	Y	Q	I	D	W	R	V	A	D	T	A	.	.	.	.	H	S	P	V	I	N	A	X	K	V	A	E	P	L	G	V	A	A	G	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	S	G	G	P	D	V	S	X	L	P	A	L	G	V	P	V	A	S	L	R	Q
Template Known Secondary structure								S	T	T															.	.	.	.								G	G	G	G	G	G	G	T						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.						G	G	G	T	T	S	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.					.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.										.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	N	W	N	L	G	N	K	D	G	Y	Q	Q	R	A	K	T	P	A	F	P	A	G	N	S	W	H	D	V	R	L	D	N	H	Q	H	I	D	K	A	L	P	G	R	I	E	R	R	C	R	D	V	M	R	I	M	L	P	L	V	K	E	L	A	K	A	S
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	S	D	Y	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	H	H	T	P	N	D	T	L	D	K	I	N	P	.	.	.	.	.	.	.	E	A	L	A	Q	N	V	A	V	Y	A	Q	F	A	W	V	X	A	N	S	K
Template Known Secondary structure				T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	S	T	T			G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		416	.	.	.	420	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.								.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.