Job Description P10423 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:32:15 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 277 % Identity 20% Template c1cx8F_ PDB info PDB header:metal transport Chain: F: PDB Molecule:transferrin receptor protein; PDBTitle: crytal structure of the ectodomain of human transferrin receptor Resolution 3.20 Å

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		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.		.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.		.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.																													.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.																													.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	F	A	N	T	Q	A	R	H	I	A	T	F	.	F	P	G	R	M	T	G	T	P	A	E	M	L	S	A	D	Y	I	R	Q	Q	F	Q	Q	M	G	Y	R	.	S	D	I	R	T	F	N	S	R	Y	I	Y	T	A	R	D	N	R	K	S	W	H	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																.																													.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.																													.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	T	D	F	T	S	T	I	K	L	L	N	E	N	S	Y	V	P	R	E	A	G	S	Q	K	D	E	N	L	A	L	Y	V	E	N	E	F	R	E	F	K	L	S	K	V	W	R	D	Q	H	F	V	K	I	Q	V	K	D	S	A	Q	N	S	V	I	I	V	D	K	N	G	R	L	V	Y	L	V	E	N	P
Template Known Secondary structure		T										T	T	S	G	G	G	S	S			T	T	S																	T	T		S																S	S									S	S	S			S				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	G	Y	V	A	Y	S	K	A	A	T	V	T	G	K	L	V	H	A	N	F	G	T	K	K	D	F	E	D	L	Y	T	P	V	N	G	S	I	V	I	V	R	A	G	K	I	T	F	A	E	K	V	A	N	A	E	S	L	N	A	I	G	V	L	I	Y	M	D	Q	T	K	F	P	I	V	N	A	E	L	S
Template Known Secondary structure		S	S		B	T	T														T	T	T		T	T	T	T	T	S	S	S	S			T	T	S						S		S	S												T	T										T	T	T	S			S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	F	G	H	A	H	L	G	T	G	D	P	Y	T	P	G	F	P	S	F	N	H	T	Q	F	P	P	S	R	S	S	G	L	P	N	I	P	V	Q	T	I	S	R	A	A	A	E	K	L	F	G	N	M	E	G	D	C	P	S	D	W	K	T	D	S	T	C	R	M	V	T	S	E	S	K	N	V	K	L	T
Template Known Secondary structure		B		B				S	S	S	S		T	T		S	S	S					S	S	S	S				S		S	S			S	S																T	B		S				S	S	S	S	S		T	T			S	B	B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
										96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.			.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	S	T	V	I	A	A	H	E	G	K	A	.	.	P	Q	Q	I	I	I	M	A	H	L	D	T	Y	A	P	L	S	D	A	D	A	D	A	N	L	G	G	L	T	L	Q	G	M	D	D	N	A	A	G	L	G	V	M	L	E	L	A	E	R	L	K	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.														.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	S	N	V	L	K	E	I	K	I	L	N	I	F	G	V	I	K	G	F	V	E	P	D	H	Y	V	V	V	G	A	Q	R	D	A	W	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	A	A	K	S	G	V	G	T	A	L	L	L	K	L	A	Q	M	F	S	D	M	V	L	K	D
Template Known Secondary structure																					S	S															S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T	T																				T	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	T	P	T	E	Y	G	I	R	F	V	A	T	S	G	E	E	E	G	K	L	G	A	E	N	L	L	K	R	M	S	D	T	E	K	K	N	T	L	L	V	I	N	L	D	N	L	I	V	G	D	K	L	Y	F	N	S	G	V	K	T	P	E	A	V	R	K	L	T	R	D	R	A	L	A	I	A	R	S	H
Query Conservation
Alig confidence																																																															.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.
Template Sequence		G	F	Q	P	S	R	S	I	I	F	A	S	W	S	A	G	D	F	G	S	V	G	A	T	E	W	L	E	G	Y	L	S	S	L	H	L	K	A	F	T	Y	I	N	L	D	K	A	V	L	G	T	S	N	F	K	V	S	A	S	P	L	.	.	.	L	Y	T	L	I	E	K	T	M	Q	N	V	K	H	P	V
Template Known Secondary structure						S							B			S	G	G	G	T	S								G	G	G	T	T	T												T	T		B	S		S	S								G	G	.	.	.	G									T	T		B		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.
Template SS confidence
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.				.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.		.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.
Query SS confidence																															.
Query Sequence		G	I	A	A	T	T	N	P	G	L	N	K	N	Y	P	K	G	T	G	C	C	N	D	A	E	I	F	D	K	.	A	G	I	A	V	L	S	V	E	A	T	N	W	N	L	G	N	K	D	G	Y	Q	Q	R	A	K	T	P	A	F	P	A	G	N	S	W	H	D	V	R	L	D	N	H	Q	H	I	D	K	A
Query Conservation																															.
Alig confidence																															.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Sequence		T	G	Q	F	L	Y	Q	D	S	N	W	A	S	K	V	E	K	L	T	L	D	N	A	A	F	P	F	L	A	Y	S	G	I	P	A	V	S	F	C	F	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	T	D	Y	P	Y	L	G	T	T	M	D	T	Y	K	E	L	I	E	.
Template Known Secondary structure		S	S	S	B	S	S		T	T		S	S				B				T	T	S	T							T	S				B					B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S			S	G	G	G	B	T	T								T	.
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template SS confidence
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	G	R	I	E	R	R	C	R	D	V	M	R	I	M	L	P	L	V	K	E	L	A	K	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	I	P	E	L	N	K	V	A	R	A	A	A	E	V	A	G	Q	F	V	I	K	L	T	H	D
Template Known Secondary structure		S		T	T																						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		579	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.