Job Description Q47706 Confidence 50.49% Date Thu Jan 5 12:37:07 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 273 % Identity 14% Template d2pora_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 1.80

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		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	G	L	R	I	R	L	K	N	E	L	R	R	A	D	K	P	S	A	G	A	G	R	D	I	Y	A	W	V	Q	G	G	L	L	D	F	N	S	G	Y	Y	S	N	I	I	G	V	E	G	G	A	Y	Y	V	Y	K	L	G	A	R	A	D	M	S	T	R	W	Y	L	D	G	D	K	S	F	G	F	A	L
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	V	K	L	S	G	D	A	R	M	G	V	M	Y	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	W	N	F	S	S	R	S	R	V	L	F	T	.	.	.	M	S	G	T	T	D	S	G	L	E	F	G	A	S	F	K	A	H	E	S	V	G	A	E	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																	S	.	.	.	.	.	.	.	.	S														.	.	.						T	T										G	G	G					T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.									.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30				.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.
		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	A	V	K	I	K	P	S	E	N	S	L	L	K	L	G	R	F	G	T	D	Y	S	Y	G	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Y	R	I	P	L	M	A	G	S	S	Q	R	T	L	P	T	V	S	E	G	A	L	G	Y	W	A	L	T	P	N	I
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	G	T	V	F	L	S	G	A	F	G	K	I	E	M	G	D	A	L	G	A	S	E	A	L	F	G	D	L	Y	E	V	G	Y	T	D	L	D	D	R	G	G	N	D	I	P	Y	L	T	G	D	E	R	L	T	A	E	D	N	P	V	L	L	Y	T	Y	S	A	G	A	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S							T	T							S		B										S				T	T	T	T			T	T	S		S	S				S	S	B	T	T	S	S		B	T	T	B										T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.								.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	W	G	M	W	R	S	R	V	F	L	W	T	D	S	T	T	G	I	R	D	E	G	V	Y	N	S	Q	T	G	K	Y	D	K	H	R	A	R	S	F	L	A	A	S	W	H	D	D	T	S	R	Y	S	L	G	A	S	V	Q	K	D	V	S	.	.	.	.	.	.	.	N	Q	I	Q	S	I	L	E	K
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	V	A	A	S	M	S	D	G	K	V	G	E	T	S	E	D	D	A	Q	E	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	A	A	A	Y	T	F	G	N	Y	T	V	G	L	G	Y	E	K	I	D	S	P	D	T	A	L	M	A	D	M	E	Q	L	E	L	A	A	I	A
Template Known Secondary structure										S	B	S	T	T	S	S		B						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T													S		T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	I	P	L	D	P	N	Y	T	L	K	G	E	L	L	G	F	Y	A	Q	L	E	G	L	S	R	N	T	S	Q	P	N	E	T	A	L	V	S	G	Q	L	T	W	N	A	P	W	G	S	V	F	G	S	G	G	Y	L	R	H	A	M	N	G	A	V	V	D	T	D	I	G	Y	P	F	S	L	S	L	D	R
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	F	G	.	.	.	.	.	A	T	N	V	K	A	Y	Y	A	D	G	E	L	D	R	D	F	A	R	A	V	F	D	L	T	P	V	A	A	A	A	T	A	V	D	H	K	A	Y	G	L	S	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	F	G	A	T	T	V	G	G	Y	V	Q	V	L	D	I	D
Template Known Secondary structure				T	.	.	.	.	.	T																					T	T					S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T													T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		191	.	.						.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.											.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	R	E	G	M	Q	S	W	Q	L	G	V	N	Y	R	L	T	P	Q	F	T	L	T	F	A	P	I	V	T	R	G	Y	E	S	S	K	R	D	V	R	I	E	G	T	G	I	L	G	G	M	N	Y	R	V
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	D	D	V	T	Y	Y	G	L	G	A	S	Y	D	L	G	G	G	A	S	I	V	G	G	I	A	D	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	N	S	D	M	V	A	D	L	G	V	K	F	K	F
Template Known Secondary structure		T	T																T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.									.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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