Job Description P77730 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:32:10 GMT 2012 Rank 71 Aligned Residues 383 % Identity 15% Template d2hoxa1 SCOP info PLP-dependent transferase-like PLP-dependent transferases AAT-like Resolution 1.40

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		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	H	A	Y	Q	L	L	E	S	Q	G	Y	I	I	A	R	P	Q	S	G	Y	Y	V	A	P	Q	A	I	K	M	P	K	A	P	V	I	P	V	T	R	D	E	A	V	D	I	N	T	Y	I	F	D	M	L	Q	A	S	R	D	P	S	V	V	P	F	A	S	A	F	P	D	P	R	L	F	P	L	Q	Q	L
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.																																			.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation											.	.	.																																			.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Sequence		M	K	A	A	E	E	A	E	A	.	.	.	V	A	N	I	N	C	S	E	H	G	R	A	F	L	D	G	I	I	S	E	G	S	P	K	C	E	C	N	T	C	Y	T	G	P	.	.	.	.	.	.	D	C	S	E	K	I	Q	G	C	S	A	D	V	A	S	G	D	G	.	.	L	F	L	E	E	Y	W	K
Template Known Secondary structure											.	.	.			T	S			G	G	G					T	T	S				T	T								T	T			S	T	.	.	.	.	.	.	T	S					T	T							S				.	.	G	G	G					T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.																																			.	.	.	.	.	.																			.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.				.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.							.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.			.	.	.	70	.	.	.	.
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.					.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.																													.																									.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.																													.																									.	.	.	.	.
Query Sequence		N	R	S	L	A	Q	V	S	K	T	A	T	A	M	S	V	I	E	.	.	.	.	N	L	P	P	G	N	A	E	L	R	Q	A	I	A	R	R	Y	A	L	Q	G	I	T	I	S	P	D	E	.	I	V	I	T	A	G	A	L	E	A	L	N	L	S	L	Q	A	V	T	E	P	G	D	W	.	.	.	.	.
Query Conservation																				.	.	.	.																													.																									.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.																													.																									.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	H	K	E	A	S	A	V	L	V	S	P	W	H	R	M	S	Y	F	F	N	P	V	S	N	F	I	S	F	E	L	E	K	T	I	K	E	L	H	E	V	V	G	N	A	A	A	K	D	R	Y	I	V	F	G	V	G	V	T	Q	L	I	H	G	L	V	I	S	L	S	P	N	M	T	A	T	P	D	A	P
Template Known Secondary structure		T	S										T	T	T	T		S	S	S		S	S			T	T																	T		B			T	T							S														S			T	T	T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
					194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	V	I	V	E	N	P	C	F	Y	G	A	L	Q	A	L	E	R	L	R	L	K	A	L	S	V	A	T	D	V	K	E	G	I	D	L	Q	A	L	E	L	A	L	Q	E	Y	P	V	K	A	C	W	L	M	T	N	S	Q	N	P	L	G	F	T	L	T	P	Q	K	K	A	Q	L	V	A	L	L	N
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	S	K	V	V	A	H	A	P	F	Y	P	V	F	R	E	Q	T	K	Y	F	D	K	K	G	Y	V	W	A	G	N	A	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	N	V	S	N	P	E	Q	Y	I	E	M	V	T	S	P	N	N	P	E	G	L	L	R	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V
Template Known Secondary structure									S	S												S			T	T							G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	T		S		G	G	G							S	S		T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.									.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.											.	.
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.			.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.												.	.
Query SS confidence																																															.												.	.
Query Sequence		Q	Y	N	V	T	L	I	E	D	D	V	Y	S	E	L	Y	F	G	R	E	K	P	L	P	A	K	A	W	D	R	H	D	G	V	L	H	C	S	S	F	S	K	C	L	V	.	P	G	F	R	I	G	W	V	A	A	G	.	.	K	H	A	R	K	I	Q	R	L	Q	L	M	S	T	L	S	T	S	S	P	M
Query Conservation																																															.												.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.															.												.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	K	G	C	K	S	I	Y	D	M	V	Y	Y	W	P	H	Y	T	P	I	K	Y	K	A	.	.	.	.	.	.	.	D	E	D	I	L	L	F	T	M	S	K	F	T	G	H	S	G	S	R	F	G	W	A	L	I	K	D	E	S	V	Y	N	N	L	L	N	Y	M	T	K	N	T	E	G	T	P	R	E	T
Template Known Secondary structure		S	T	T								T	T		S	T	T	T	S				S		B	.	.	.	.	.	.	.			S										T	S		G	G	G																								T	S	S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240								.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.										.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.													.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	L	A	L	V	D	Y	L	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	Y	D	A	H	L	R	R	L	R	R	Q	L	A	E	R	K	Q	R	A	W	Q	A	L	L	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	A	E	V	K	I	H	H	N	D	S	G	Y	F	L	W	L	E	L	P
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	R	S	L	K	V	L	K	E	V	V	A	M	V	K	T	Q	K	G	T	M	R	D	L	N	T	F	G	F	K	K	L	R	E	R	W	V	N	I	T	A	L	L	D	Q	S	D	R	F	S	Y	Q	E	L	P	Q	S	E	Y	C	N	Y	F	R	R	M	R	P	P	S	P	S	Y	A	W	V	K	C	E
Template Known Secondary structure																				T	T	S	T	T	S																					T	T	S	S	S								S					T	T	T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	P	L	D	A	G	E	L	S	L	A	A	L	T	H	H	I	S	I	A	P	G	K	M	F	S	T	G	E	N	W	S	R	F	F	R	F	N	T	A	W	Q	W	G	E	R	E	E	Q	A	V	K	Q	L	G	K	L	I	Q	E	R
Query Conservation
Alig confidence				.																										.	.	.											.
Template Conservation				.																										.	.	.											.
Template Sequence		W	E	.	E	D	K	D	C	Y	Q	T	F	Q	N	G	R	I	N	T	Q	N	G	V	G	F	E	A	S	.	.	.	S	R	Y	V	R	L	S	L	I	K	.	T	Q	D	D	F	D	Q	L	M	Y	Y	L	K	D	M	V	K	A	K
Template Known Secondary structure		S	G	.	G	G		S								T	T						G	G	G	G	T	S		.	.	.	T	T							S	S	.																	T
Template Predicted Secondary structure				.																										.	.	.											.
Template SS confidence
		370	.		.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.				.	.	.	400	.	.	.	.	.	.		.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.