Job Description P00957 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:20 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 610 % Identity 31% Template c2zzfA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:alanyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of alanyl-trna synthetase without2 oligomerization domain Resolution 2.70 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.				20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.																															.
Query SS confidence																				.	.	.																															.
Query Sequence		S	K	S	T	A	E	I	R	Q	A	F	L	D	F	F	H	S	K	.	.	.	G	H	Q	V	V	A	S	S	S	L	V	P	H	N	D	P	T	L	L	F	T	N	A	G	M	N	Q	F	K	D	.	V	F	L	G	L	D	K	R	N	Y	S	R	A	T	T	S	Q	R	C	V	R	A	G	G	K	H	N	D
Query Conservation																				.	.	.																															.
Alig confidence																				.	.	.																															.																							.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.
Template Sequence		K	Y	T	L	D	E	M	R	E	K	F	L	R	F	F	E	K	H	E	I	Y	P	H	G	R	V	K	R	Y	P	V	L	P	R	W	R	D	D	V	L	L	V	G	A	S	I	M	D	F	Q	P	W	V	I	S	G	E	A	D	P	P	A	N	P	L	V	I	S	Q	P	S	I	R	F	.	.	.	.	T	D
Template Known Secondary structure																		T		S	S	S										S	S		T	T		S	S		S	S			S	G	G	G	G	G	T	T	T	T	T	T	T	S	S			S	S	S	S										S	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.
Template SS confidence
		56	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.					130	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.						.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	N	V	G	Y	T	A	R	H	H	T	F	F	E	M	L	G	N	F	S	F	G	D	.	.	.	.	.	Y	F	K	H	D	A	I	Q	F	A	W	E	L	L	T	S	E	K	W	F	A	L	P	K	E	R	L	W	V	T	V	Y	E	S	D	D	E	A	Y	E	I	W	E	K	E	V	G	I	P	R	E
Query Conservation																										.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.																.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	D	N	V	G	I	T	G	R	H	F	T	I	F	E	M	M	A	H	H	A	F	N	Y	P	G	K	P	I	Y	W	M	D	E	T	V	E	L	A	F	E	F	F	T	.	.	K	E	L	K	M	K	P	E	D	I	T	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	T	T	S	S	S			S												B	T	T	B																		.	.		T	S				G	G	G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.			.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	I	I	R	I	G	D	N	K	G	A	P	Y	A	S	D	N	F	W	Q	M	G	D	T	G	P	C	G	P	C	T	E	I	F	Y	D	H	G	D	H	I	W	G	G	P	P	G	S	P	E	E	D	G	D	R	Y	I	E	I	W	N	I	V	F	M	Q	F	N	R	Q	A	D	G	T	M	E	P	L	P	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	N	P	W	A	G	G	.	.	G	N	A	G	P	A	F	E	V	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	L	E	V	A	T	L	V	F	M	Q	Y	K	K	.	.	.	.	K	Y	I	P	M	E	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	.	.	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T														.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template SS confidence
																	189	190	.	.	.	.	.			.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.					.	.	.	.	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	S	V	D	T	G	M	G	L	E	R	I	A	A	V	L	Q	H	V	N	S	N	Y	D	I	D	L	F	R	T	L	I	Q	A	V	A	K	V	T	G	A	T	D	L	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.
Template Sequence		K	V	V	D	T	G	Y	G	L	E	R	L	V	W	M	S	Q	G	T	P	T	A	Y	D	A	V	L	G	.	Y	V	V	E	P	L	K	K	M	A	G	I	E	K	I	D	E	K	I	L	M	E	N	S	R	L	A	G	M	F	D	I	E	D	L	G	D	L	R	Y	L	R	E	Q	V	A	K	R	V	G	I
Template Known Secondary structure																					S	S						S		.											T																			S				S	T	T														T	S
Template Predicted Secondary structure																														.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.		.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
														279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	L	R	V	I	A	D	H	I	R	S	C	A	F	L	I	A	D	G	V	M	P	S	N	E	N	R	G	Y	V	L	R	R	I	I	R	R	A	V	R	H	G	N	M	L	G	A	K	E	T	F	F	Y	K	L	V	G	P	L	I	D	V	M	G	S	A	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Conservation																																																																	.
Template Sequence		T	V	E	E	L	E	K	A	I	R	P	Y	E	L	I	Y	A	I	A	D	H	T	K	A	L	T	F	M	L	A	D	G	V	V	P	S	N	V	K	A	G	Y	L	A	R	L	L	I	R	K	S	I	R	H	L	R	E	L	G	L	E	V	P	.	L	S	E	I	V	A	L	H	I	K	E	L	H	K	T	F
Template Known Secondary structure																																T	T				S	S	S																				T	T					.													T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																	.
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.		.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.				.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.																																				.
Query SS confidence																																											.	.	.																																				.
Query Sequence		E	D	L	K	R	Q	Q	A	Q	V	E	Q	V	L	K	T	E	E	E	Q	F	A	R	T	L	E	R	G	L	A	L	L	D	E	E	L	A	K	L	S	G	.	.	.	D	T	L	D	G	E	T	A	F	R	L	Y	D	T	Y	G	F	P	V	D	L	T	A	D	V	C	R	E	R	N	I	K	V	D	E	.
Query Conservation																																											.	.	.																																				.
Alig confidence																																											.	.	.																																				.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	F	K	E	M	E	D	I	I	L	E	M	I	E	L	E	E	K	K	Y	A	E	T	L	R	R	G	S	D	L	V	R	R	E	I	A	K	L	K	K	K	G	I	K	E	I	P	V	E	K	L	V	T	F	Y	E	S	H	G	L	T	P	E	I	V	K	E	I	A	E	K	E	G	V	K	V	N	I	P
Template Known Secondary structure		T																																								T	T	T			S																									T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.				.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.
Query Sequence		A	G	F	E	A	A	M	E	E	Q	R	R	R	A	R	E	A	S	G	F	G	A	D	Y	N	A	M	I	R	V	D	S	A	S	E	F	K	G	Y	D	H	L	.	.	.	E	L	N	G	K	V	T	A	L	F	V	D	G	K	A	V	D	A	I	N	A	G	Q	E	A	V	V	V	L	D	Q	T	P	F	Y
Query Conservation																																												.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.												.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	N	F	Y	S	M	V	A	K	E	A	E	R	T	L	V	D	F	E	L	L	K	D	L	.	.	.	.	.	.	.	P	D	T	R	R	L	Y	Y	E	D	P	F	M	K	E	F	D	A	K	V	L	R	V	I	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	V	I	L	D	A	T	A	F	Y
Template Known Secondary structure		T	T								T	T	S					S		S	T	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.											T	T													T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.								.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.														.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	S	G	G	Q	V	G	D	K	G	E	L	K	G	A	N	F	S	F	A	V	E	D	T	Q	K	Y	G	Q	A	I	G	H	I	G	K	L	A	A	G	S	L	K	V	G	D	A	V	Q	A	D	V	D	E	A	R	R	A	R	I	R	L	N	H	S	A	T	H	L	M	H	A	A	L	R	Q	V	L	G
Query Conservation
Alig confidence																																							.
Template Conservation																																							.
Template Sequence		P	E	G	G	G	Q	P	Y	D	T	G	V	L	I	V	N	G	R	E	V	K	V	T	N	V	Q	K	V	G	K	V	I	I	H	K	V	E	.	D	P	G	A	F	K	E	G	M	I	V	H	G	K	I	D	W	K	R	R	I	Q	H	M	R	H	H	T	G	T	H	V	L	M	G	A	L	V	R	V	L	G
Template Known Secondary structure			S	B	T	T	B									S	S	S												T	T							S	.		G	G	G			T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.
Template SS confidence
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.		.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.
		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.			.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Query SS confidence																																																																				.	.
Query Sequence		T	H	V	S	Q	K	G	S	L	V	N	D	K	V	L	R	F	D	F	S	H	N	E	A	M	K	P	E	E	I	R	A	V	E	D	L	V	N	T	Q	I	R	R	N	L	P	I	E	T	N	I	M	D	L	E	A	A	K	A	K	G	A	M	A	L	F	.	.	G	E	K	Y	D	E	R	V	R	V	L	S
Query Conservation																																																																				.	.
Alig confidence																																																																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	H	V	W	Q	A	G	S	Q	L	T	T	D	W	A	R	L	D	I	S	H	Y	K	R	I	S	E	E	E	L	K	E	I	E	M	L	A	N	R	I	V	M	E	D	R	K	V	T	W	E	W	L	P	R	T	T	A	E	Q	K	Y	G	F	R	L	Y	Q	G	G	V	V	P	G	R	E	I	R	V	V	K
Template Known Secondary structure		T	T										S	S									S	S																					T		B																	G	G	G		T	T	S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		629	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.
		658	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	G	D	F	S	T	E	L	C	G	G	T	H	A	S	R	T	G	D	I	G	L	F	R	I	I	S	E	S	G	T	A	A	G	V	R	R	I	E	A	V	T	G	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	E	D	W	D	V	Q	A	C	G	G	T	H	L	P	S	T	G	L	V	G	P	I	K	I	L	R	T	E	R	I	Q	D	G	V	E	R	I	I	F	A	C	G	E
Template Known Secondary structure			T	T	T							S				S	B	S	G	G	G													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		709	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.