Job Description P00957 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:20 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 611 % Identity 31% Template c2ztgA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:alanyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of archaeoglobus fulgidus alanyl-trna2 synthetase lacking the c-terminal dimerization domain in3 complex with ala-sa Resolution 2.20 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.		.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure																																																					.
Query SS confidence																																																					.
Query Sequence		S	K	S	T	A	E	I	R	Q	A	F	L	D	F	F	H	S	K	G	H	Q	V	V	A	S	S	S	L	V	P	H	N	D	P	T	L	L	F	T	N	A	G	M	N	Q	F	K	D	V	F	L	.	G	L	D	K	R	N	Y	S	R	A	T	T	S	Q	R	C	V	R	A	G	G	K	H	N	D	L	E	N
Query Conservation																																																					.
Alig confidence																																																					.																				.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.
Template Sequence		P	F	E	L	D	E	X	R	E	Y	Y	L	N	F	F	E	R	R	G	H	G	R	I	E	R	Y	P	V	V	A	R	W	R	T	D	I	Y	L	T	I	A	S	I	A	D	F	Q	P	F	V	T	S	G	V	A	P	P	P	A	N	P	L	T	I	S	Q	P	C	I	R	L	.	.	.	.	D	D	L	D	S
Template Known Secondary structure																		T	T	T									S	B		T	T		S	S	B	S	B			S	G	G	G	G	G	T	T	T	T	T	T	S	S	S			S	S	S	S										G	.	.	.	.	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.					130	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.						.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.
Query Sequence		V	G	Y	T	A	R	H	H	T	F	F	E	M	L	G	N	F	S	F	G	D	.	.	.	.	.	Y	F	K	H	D	A	I	Q	F	A	W	E	L	L	T	S	E	K	W	F	A	L	P	K	E	R	L	W	V	T	V	Y	E	S	D	D	E	A	Y	E	I	W	E	K	E	V	G	I	P	R	E	R	I	I
Query Conservation																							.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	G	R	T	G	R	H	L	T	L	F	E	X	X	A	H	H	A	F	N	Y	P	G	K	E	I	Y	W	K	N	E	T	V	A	Y	C	T	E	L	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	G	V	K	K	E	D	I	V
Template Known Secondary structure		T	T	T	S	S	S			S												B	T	T	B		S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.								.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	I	G	D	N	K	G	A	P	Y	A	S	D	N	F	W	Q	M	G	D	T	G	P	C	G	P	C	T	E	I	F	Y	D	H	G	D	H	I	W	G	G	P	P	G	S	P	E	E	D	G	D	R	Y	I	E	I	W	N	I	V	F	M	Q	F	N	R	Q	A	D	G	T	.	.	.	.	.	.	.	M	E
Query Conservation																																																																									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	K	E	E	P	W	A	G	G	.	.	G	N	A	G	P	C	L	E	A	I	V	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	V	A	T	L	V	F	X	N	L	E	E	H	P	E	G	D	I	E	I	K	G	A	R	Y	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	.	.	T											T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												186	.	.	.	190	.	.	.	.			.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	P	K	P	S	V	D	T	G	M	G	L	E	R	I	A	A	V	L	Q	H	V	N	S	N	Y	D	I	D	L	F	R	T	L	I	Q	A	V	A	K	V	T	G	A	T	D	L	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.
Template Sequence		K	X	D	N	Y	I	V	D	T	G	Y	G	L	E	R	F	V	W	A	S	K	G	T	P	T	V	Y	D	A	.	I	F	P	E	V	V	D	T	I	I	D	N	S	N	V	S	F	N	R	E	D	E	R	V	R	R	I	V	A	E	S	S	K	L	A	G	I	X	G	E	L	R	G	E	R	L	N	Q	L	R
Template Known Secondary structure																									S	S					.												T	S			S	S		T	T																			T	T			T
Template Predicted Secondary structure																															.
Template SS confidence
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.		.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
																							279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	L	R	V	I	A	D	H	I	R	S	C	A	F	L	I	A	D	G	V	M	P	S	N	E	N	R	G	Y	V	L	R	R	I	I	R	R	A	V	R	H	G	N	M	L	G	A	K	E	T	F	F	Y	K	L	V	G	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Conservation																																																																										.
Template Sequence		K	S	V	A	D	T	V	G	V	S	V	E	E	L	E	G	I	V	V	P	L	E	K	V	Y	S	L	A	D	H	T	R	C	I	L	F	X	L	G	D	G	L	V	P	S	N	A	G	A	G	Y	L	A	R	L	X	I	R	R	S	L	R	L	A	E	E	L	E	L	G	L	D	.	L	Y	D	L	V	E	X
Template Known Secondary structure									S	S																															T	T					S	S																				T	T		S	S		.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.		.	.	.	.	390	.	.
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	D	V	M	G	S	A	G	E	D	L	K	R	Q	Q	A	Q	V	E	Q	V	L	K	T	E	E	E	Q	F	A	R	T	L	E	R	G	L	A	L	L	D	E	E	L	A	K	L	S	G	D	T	L	D	G	E	T	A	F	R	L	Y	D	T	Y	G	F	P	V	D	L	T	A	D	V	C	R	E	R	N
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.																																								.	.
Template Conservation							.	.	.																																								.	.
Template Sequence		H	K	K	I	L	.	.	.	G	F	E	F	D	V	P	L	S	T	V	Q	E	I	L	E	L	E	K	E	R	Y	R	T	T	V	S	K	G	T	R	L	V	E	R	L	V	E	R	.	.	K	K	K	L	E	K	D	D	L	I	E	L	Y	D	S	H	G	I	P	V	E	L	A	V	G	I	A	A	E	K	G
Template Known Secondary structure							.	.	.					S	S																																		.	.		S	B																											T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.																																								.	.
Template SS confidence
		393	.	.	.	.				.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.			.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
		418	.	420	.		.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.				.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure						.																																											.	.	.
Query SS confidence						.																																											.	.	.
Query Sequence		I	K	V	D	.	E	A	G	F	E	A	A	M	E	E	Q	R	R	R	A	R	E	A	S	G	F	G	A	D	Y	N	A	M	I	R	V	D	S	A	S	E	F	K	G	Y	D	H	.	.	.	L	E	L	N	G	K	V	T	A	L	F	V	D	G	K	A	V	D	A	I	N	A	G	Q	E	A	V	V	V	L
Query Conservation						.																																											.	.	.
Alig confidence						.													.	.	.																												.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	E	V	E	X	P	K	D	I	Y	A	E	L	A	K	R	H	.	.	.	S	K	A	E	K	V	Q	E	K	K	I	T	L	Q	N	E	Y	P	A	T	E	K	L	Y	Y	D	D	P	T	L	L	E	F	E	A	E	V	I	G	V	E	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	I	L
Template Known Secondary structure			B					T	T								T	T	.	.	.	S	B												S	S									T	T	T		T	T													T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.				.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.														.	.	530	.
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Q	T	P	F	Y	A	E	S	G	G	Q	V	G	D	K	G	E	L	K	G	A	N	F	S	F	A	V	E	D	T	Q	K	Y	G	Q	A	I	G	H	I	G	K	L	A	A	G	S	L	K	V	G	D	A	V	Q	A	D	V	D	E	A	R	R	A	R	I	R	L	N	H	S	A	T	H	L	M	H	A	A
Query Conservation
Alig confidence																																											.	.
Template Conservation																																											.	.
Template Sequence		N	R	S	A	F	Y	P	E	S	G	G	Q	D	N	D	V	G	Y	L	I	A	N	G	G	K	F	E	V	V	D	V	L	E	A	D	G	V	V	L	H	V	.	.	V	K	G	A	K	P	E	V	G	T	K	V	K	G	V	I	D	S	D	V	R	W	R	H	X	R	H	H	S	A	T	H	V	L	L	Y	S
Template Known Secondary structure		S							S	B	T	T	B										T	T												T	T						.	.			S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.
Template SS confidence
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.			.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.			.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.
Query SS confidence																																																																										.	.
Query Sequence		L	R	Q	V	L	G	T	H	V	S	Q	K	G	S	L	V	N	D	K	V	L	R	F	D	F	S	H	N	E	A	M	K	P	E	E	I	R	A	V	E	D	L	V	N	T	Q	I	R	R	N	L	P	I	E	T	N	I	M	D	L	E	A	A	K	A	K	G	A	M	A	L	F	.	.	G	E	K	Y	D	E
Query Conservation																																																																										.	.
Alig confidence																																																																										.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Q	K	V	L	G	N	H	V	W	Q	A	G	A	R	K	E	F	S	K	A	R	L	D	V	T	H	F	R	R	P	S	E	E	E	I	K	E	I	E	X	L	A	N	R	E	I	L	A	N	K	P	I	K	W	E	W	X	D	R	I	E	A	E	R	K	F	G	F	R	L	Y	Q	G	G	V	P	P	G	R
Template Known Secondary structure								T	T								S			S	S								S	S																				T	T		B																	G	G	G	G	T	T					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		652	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	V	R	V	L	S	M	G	D	F	S	T	E	L	C	G	G	T	H	A	S	R	T	G	D	I	G	L	F	R	I	I	S	E	S	G	T	A	A	G	V	R	R	I	E	A	V	T	G	E	G
Query Conservation
Alig confidence											.
Template Conservation											.
Template Sequence		K	I	R	V	V	Q	V	G	D	.	D	V	Q	A	C	G	G	T	H	C	R	S	T	G	E	I	G	X	L	K	I	L	K	V	E	S	I	Q	D	G	V	I	R	F	E	F	A	A	G	E	A
Template Known Secondary structure									T	T	.							S				S	B	G	G	G	G													T	T									S
Template Predicted Secondary structure											.
Template SS confidence
		690	.	.	.	.	.	.	.	.		.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.