Job Description P30015 Confidence 99.82% Date Wed Jan 25 15:20:48 GMT 2012 Rank 102 Aligned Residues 351 % Identity 21% Template c3dinB_ PDB info PDB header:membrane protein, protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: crystal structure of the protein-translocation complex formed by the2 secy channel and the seca atpase Resolution 4.50 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	A	D	N	P	D	P	S	S	L	L	P	D	V	F	S	P	A	T	R	D	W	F	L	R	A	F	K	Q	P	T	A	V	Q	P	Q	T	W	H	V	A	A	R	S	E	H	A	L	V	I	A	P	T	G	S	G	K	T	L	A	A	F	L	Y	A	L	D	R	L	F	R	E	G	G	E	D	T	R	E	A
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	N	S	F	E	D	A	D	E	H	L	F	E	A	F	A	L	V	R	E	A	A	R	R	T	L	G	M	R	P	F	D	V	Q	V	M	G	G	I	A	L	H	E	G	K	.	.	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	A	A	T	M	P	I	Y	L	N	A	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	S		S																											S	T	T										S	S	.	.					S	S	S	S															T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.			.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	K	R	K	T	S	R	I	L	Y	I	S	P	I	K	A	L	G	T	D	V	Q	R	N	L	Q	I	P	L	K	G	I	A	D	E	R	R	R	R	G	E	T	E	V	N	L	R	V	G	I	R	T	G	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	K	G	V	H	L	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	L	W	M	G	P	V	Y	L	F	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	R	V	G	V	I	N	S	L	G	K	S	Y	E	V	V	W	K	N	P	D	L	A	R	K	A	I	E	E	N	W	S	V	W	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	S	S							S												T							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								S	S							S		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.													.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																											136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.		.	160	.	.						.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.					.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.					.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	Q	E	R	S	K	L	T	R	N	P	P	D	I	L	I	T	T	P	E	S	L	.	Y	L	M	L	.	.	.	.	.	T	S	R	A	R	E	T	L	R	G	V	E	T	V	I	I	D	E	V	H	A	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.					.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.											.					.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.
Template Sequence		D	G	F	N	G	E	V	L	K	E	E	S	M	N	K	E	A	V	E	A	F	Q	V	E	L	K	E	I	T	R	K	E	A	Y	L	C	.	.	D	V	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	L	V	L	D	Y	N	D	K	V	Q	R	G	H	F	Y	A	I	V	D	E	A	D	S	V
Template Known Secondary structure		S	S		S	S	S				S										G	G	G														S	.	.	S																S	S	S		S		T	T				S	S									T
Template Predicted Secondary structure																																						.	.
Template SS confidence
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.			.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
		185																	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	K	R	G	A	H	L	A	L	S	L	E	R	L	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	S	K	E	S	P	S	V	Y	R	R	F	A	Q	I	A	K	K	F	V	K	D	K	D	F	T	V	D	E	K	A	R	T	I	I	L	T	E	E	G	V	A	K	A	E	K	I	I	G	V	E	N	L	Y	D	P	G	N	V	S	L	L	Y	H	L	I	N
Template Known Secondary structure		T	T			S											T	T																	T	S		S		S				S	S	S					S										S	S				S				T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
																																																																					203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	H	T	S	A	Q	R	I	G	L	S	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	K	A	L	H	L	F	K	K	D	V	D	Y	V	V	M	N	G	E	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	L	P	G	R	R	Y	S	G	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	P	I	K	E	E	S	I	T	Y	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G
Template Known Secondary structure									S		T	T	T	S		B		T	T	T			B		B			T	T		S		B		S			S	S	S	S									S	S														T	T	T	T	T	G	G	G	S	S						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	V	R	S	A	S	D	V	A	A	F	L	G	G	D	R	P	V	T	V	V	N	P	P	A	M	R	H	P	Q	I	R	I	V	V	P	V	A	N	M	D	D	V	S	S	V	A	S	G	T	G	E	D	S	H	A	G	R	E	G	S	I	W	P	Y	I	E	T	G	I	L	D	E	V	L	R	H	R	S	T
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	K	T	E	E	S	E	F	V	Q	V	Y	G	M	E	V	V	V	I	P	T	H	K	P	M	I	R	K	D	H	D	D	L	V	F	R	T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	K	Y	E	K	I	V	E	E	I	E	K	R	Y	K	K	G	Q	P	V
Template Known Secondary structure			S										T	S										S	S	T	T		S										S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T																T	T
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	V	F	T	N	S	R	G	L	A	E	K	L	T	A	R	L	N	E	L	Y	A	A	R	L	Q	R	S	P	S	I	A	V	D	A	A	H	F	E	S	T	S	G	A	T	S	N	R	V	Q	S	S	D	V	F	I	A	R	S	H	H	G	S	V	S	K	E	Q	R	A	I	T	E	Q	A	L	K	S	G	E
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	V	G	T	T	S	I	E	K	S	E	L	L	S	S	M	L	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	Y	H	E	K	E	A	E	I	V	A	K	A	G	Q	K	G	M
Template Known Secondary structure						S	S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								S	S	S												S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.										.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	C	V	V	A	T	S	S	L	E	L	G	I	D	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	V	D	L	V	I	Q	V	A	T	P	L	S	V	A	S	G	L	Q	R	I	G	R	A	G	H	Q	V	G	G	V	S	K	G	L	F	F	P	R	T	R	R	D	L	V
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.				.																									.
Template Conservation		.	.																											.																									.
Template Sequence		.	.	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	P	G	V	A	E	L	G	G	L	.	C	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	A	G	R	Q	.	G	D	P	G	E	S	I	F	F	L	S	L	E	D	D	L	L
Template Known Secondary structure		.	.						G	G	G	S	S	S							S	S	G	G	G	S	S	S		.					S	S			S	S										T	S			T	.	T											T	T	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																											.																									.
Template SS confidence
				525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550		.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.		.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.