Job Description P30015 Confidence 99.85% Date Wed Jan 25 15:20:48 GMT 2012 Rank 98 Aligned Residues 400 % Identity 25% Template c2ipcB_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:preprotein translocase seca subunit; PDBTitle: crystal structure of the translocation atpase seca from thermus2 thermophilus reveals a parallel, head-to-head dimer Resolution 2.80 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	L	L	P	D	V	F	S	P	A	T	R	D	W	F	L	R	A	F	K	Q	P	T	A	V	Q	P	Q	T	W	H	V	A	A	R	S	E	H	A	L	V	I	A	P	T	G	S	G	K	T	L	A	A	F	L	Y	A	L	D	R	L	F	R	E	G	G	E	D	T	R	E	A	H	K	R	K	T	S	R	I
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	L	P	M	A	F	A	L	T	R	E	S	A	K	R	Y	L	G	M	R	H	F	D	V	Q	L	I	G	G	A	V	L	H	E	G	K	.	.	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	V	A	T	L	A	V	A	L	N	A	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	G	V
Template Known Secondary structure		T	T																T																	T	T	S	.	.						S	T																T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.			.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.														120	.	.	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.		.	160	.	.
Predicted Secondary structure																																																																								.					.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																								.					.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Y	I	S	P	I	K	A	L	G	T	D	V	Q	R	N	L	Q	I	P	L	K	G	I	A	D	E	R	R	R	R	G	E	T	E	V	N	L	R	V	G	I	R	T	G	D	T	P	A	Q	E	R	S	K	L	T	R	N	P	P	D	I	L	I	T	T	P	E	S	L	.	Y	L	M	L	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																								.					.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.											.					.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Sequence		H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	E	W	M	G	P	V	Y	R	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	S	V	G	V	I	Q	H	A	S	T	P	A	E	R	R	K	A	Y	L	A	.	.	D	V	T	Y	V	T	N	S	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A
Template Known Secondary structure						S	S																	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								T	T											T	S	.	.	S																	T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template SS confidence
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.													.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.			170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.				.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	S	R	A	R	E	T	L	R	G	.	.	.	V	E	T	V	I	I	D	E	V	H	A	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	K	R	G	A	H	L	A	L	S	L	E	R	L	D	A	L	L	H	T	S	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	S	P	D	Q	L	V	L	R	H	D	H	P	L	H	Y	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	K	A	T	D	L	Y	Y	K	M	A	E	I	A	K	K	L	E	R	G	L	P	A	E	P	G	V	R	K	E	P	T	G	D	Y	T	V	E	E	K
Template Known Secondary structure		S	S	T	T	T			S		S	S	S	S	S						T	T					T	T	S	S	T	T	S							S		S	S															S								S	S	S				S	S						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	R	S	V	H	L	T	L	Q	G	I	A	K	A	E	K	L	L	G	I	E	G	L	F	S	P	E	N	M	E	L	A	H	M	L	I	Q	A	I	R	A	K	E	L	Y	H	R	D	R	D	Y	I	V	Q	D	G	Q	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	M	P	G	R	R	Y	G	E	G	L	H	Q
Template Known Secondary structure																				S						T	T	T																		S										S	S							T	T	T	T				T	T				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	I	G	L	S	A	T	V	R	S	A	S	D	V	A	A	F	L	G	G	D	R	P	V	T	V	V	N	P	P	A	M	R	H	P	Q	I	R	I	V	V	P	V	A	N	M	D	D	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	I	E	A	K	E	G	V	R	I	E	R	E	N	Q	T	L	A	T	I	T	Y	Q	N	F	F	R	L	Y	E	K	R	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	K	E	F	Q	E	I	Y	G	M	D	V	V	V	V	P	T	N	R	P	V	I	R	K	D	F	P	D	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T						S														T	T	S	S							S	S		G	G	G																		S	S												.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	S	V	A	S	G	T	G	E	D	S	H	A	G	R	E	G	S	I	W	P	Y	I	E	T	G	I	L	D	E	V	L	R	H	R	S	T	I	V	F	T	N	S	R	G	L	A	E	K	L	T	A	R	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	R	T	E	K	G	K	F	Y	A	V	V	E	E	I	A	E	K	Y	E	R	G	Q	P	V	L	V	G	T	I	S	I	E	K	S	E	R	L	S	Q	M	L	K	E	P	R	L	Y	L	P	R	L	E	M	R	L	E	L	F	K	K	A	S	Q	K	Q	Q	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S																			T								S	S													S	S	T	T	S																T	T			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																				314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	Y	A	A	R	L	Q	R	S	P	S	I	A	V	D	A	A	H	F	E	S	T	S	G	A	T	S	N	R	V	Q	S	S	D	V	F	I	A	R	S	H	H	G	S	V	S	K	E	Q	R	A	I	T	E	Q	A	L	K	S	G	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	W	E	R	L	R	K	L	L	E	R	P	A	Q	L	K	D	E	D	L	A	P	F	E	G	L	I	P	P	K	G	N	L	R	T	A	W	E	G	L	K	R	A	V	H	T	L	A	V	L	R	Q	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	H	H	A	R	E	A	E	I	V	A	Q	A	G	R	S	K	T
Template Known Secondary structure											T	S	S	S	T	T		S					S	G	G	G	G	G			S	S																						T									S	S	S										T	T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	C	V	V	A	T	S	S	L	E	L	G	I	D	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	G	N	P	E	Y	L	A	A	A	L	L	E	K	E	G	F	D	R	Y	E	W	K	V	E	L	F	I	K	K	M	V	A	G	K	E	E	E	A	R	A	L	A	Q	E	L	G	I	R	E	E	L	L	E	R	I	R	E	I	R	E	E
Template Known Secondary structure		.	.						S	S	T	T	T	T					S	S								T	T	T	T	S	S	S		S	T	T	T														T												T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.
														393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.				.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	D	L	V	I	Q	V	A	T	P	L	S	V	A	S	G	L	Q	R	I	G	R	A	G	H	Q	V	G	G	V	S	K	G	L	F	F	P	R	T	R	R	D	L	V	D	S	A	V	.	.	.	I	V	E	C	M	F	A	G	R	L	E	N	L	T	P	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.																									.																						.	.	.
Template Conservation																.																									.
Template Sequence		C	K	Q	D	E	E	R	V	R	A	L	G	G	L	.	F	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	A	G	R	Q	.	G	D	P	G	G	S	R	F	Y	V	S	F	D	D	D	L	M	R	L	F	A	S	D	R	V	I	A	M	L	D	R	M	G	F	D	D	S	E	P	I
Template Known Secondary structure										T	T	T				.					S	S			S	S										T	S	S		S	.	S											S	S	S						S	S		T	T								T				S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure																.																									.
Template SS confidence
		648	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.		.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.		.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.
		458	.	460	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	N	P	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	H	P	M
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		726	.	.	.