Job Description P0AD65 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:07 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 449 % Identity 21% Template c3udiA_ PDB info PDB header:penicillin-binding protein/antibiotic Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 1a; PDBTitle: crystal structure of acinetobacter baumannii pbp1a in complex with2 penicillin g Resolution 2.60 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	I	Y	D	R	N	G	I	P	L	A	L	N	R	T	I	Y	Q	I	E	M	M	P	E	K	V	D	N	V	Q	Q	T	L	D	A	L	R	S	V	V	D	L	T	D	D	D	I	A	A	F	R	K	E	R	A	R	S	H	R	F	T	S	I	P	V	K	T	N	L	T	E	V	Q	V	A	R	F	A	V	N
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	V	Y	T	A	D	N	Q	L	I	A	E	Y	G	G	K	L	S	I	P	V	E	Y	K	Q	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	N	F	I	H	A	F	L	A	A	E	D	S	S	F	F	Q	N	.	.	.	.	.	.	L	S	K	E	D	I	L	S	L	Y	V	N
Template Known Secondary structure						T	T	S									S	B						G	G	G	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S	S							.	.	.	.	.	.											T	T
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.							.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
		150	.	.	.	.	.		.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.								.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.																	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence								.																	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		Q	Y	R	F	P	G	.	V	E	V	K	G	Y	K	R	R	Y	Y	P	Y	G	S	A	.	.	.	.	.	.	.	L	T	H	V	I	G	Y	V	S	K	I	N	D	K	D	V	E	R	L	N	N	D	G	K	L	A	N	Y	A	A	T	H	D	I	G	K	L	G	I	.	.	E	R	Y	Y	E	D	V	L	H
Query Conservation								.																	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence								.																	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	I	F	L	G	K	N	A	Y	G	I	A	A	A	A	K	I	Y	Y	N	K	S	I	N	E	L	S	I	A	Q	M	A	M	I	A	G	L	P	K	A	P	S	K	Y	N	P	V	V	N	P	E	R	A	L	E	R	R	N	W	I	L	G	R	M	L	Q	L	G	Y	I	S	Q	A	E	Y	Q	K	A	V	A
Template Known Secondary structure		T		B		S	T	T	B	B	S										S			G	G	G											T	S	T	T		T	T	T	S		T	T	T																			T	T	S	S										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.												.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	Q	T	G	Y	E	E	V	E	V	N	N	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	I	R	Q	L	K	E	V	P	P	Q	A	G	H	D	I	Y	L	T	L	D	L	K	L	Q	Q	Y	I	E	T	L	L	A	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	P	I	N	L	N	M	P	N	R	D	L	N	N	I	H	P	Y	A	G	E	M	V	R	S	E	L	V	K	H	F	G	E	Q	A	I	D	S	G	Y	K	V	Y	T	T	I	N	A	K	R	Q	A	I	A	E	K	A	V	Q	D	G	L	E	A	Y	D	R	R	H	G	W	R	G	A	E	A	H	D	K	P
Template Known Secondary structure																S	S																	G	G	G	T	T	T																																	B				S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	S	E	F	R	A	Y	A	N	T	Y	P	A	Q	V	T	K	V	N	S	S	S	F	E	A	L	M	Q	D	G	S	T	V	T	V	Q	W	S	G	M	S	W	A	R	P	Y	R	N	A	N	S	V	G	A	A	P	S	R	A	S	Q	I	V	K	V	K	D	I	V	R	L	R	P	N	E	A	K	T	A	W
Template Known Secondary structure		G	G	G				B	T	T	B										S	S							T	T	S							G	G	G	T	T	T			B				T	T							S	S	G	G	G	T			T	T									S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
										270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	A	V	V	V	T	D	P	R	T	G	G	V	L	A	L	V	S	T	P	S	Y	D	P	N	L	F	V	D	G	I	S	S	K	D	Y	S	A	L	L	N	D	P	N	T	P	L	V	N	R	A	T	Q	G	V	Y	P	P	A	S	T	V	K	P	Y	V	A	V	S	A	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	V	Q	V	P	K	V	Q	G	Q	L	I	A	I	N	P	N	D	G	S	I	E	A	I	V	G	G	Y	N	F	Y	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	F	N	R	A	L	Q	G	W	R	Q	P	G	S	T	I	K	P	F	L	Y	A	L	A	L
Template Known Secondary structure								S	S									T	T	T		B							S	S		T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										B			G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	A	G	V	I	T	R	N	T	T	L	F	D	P	G	W	W	Q	L	P	G	S	E	K	R	Y	R	D	W	K	K	W	G	H	G	R	L	N	V	T	R	S	L	E	E	S	A	D	T	F	F	Y	Q	V	A	Y	D	M	G	I	D	R	L	S	E	W	M	G	K	F	G	Y	G	H	Y	T	G	I	D	L
Query Conservation
Alig confidence					.												.						.	.
Template Conservation					.												.						.	.
Template Sequence		E	R	G	.	M	T	P	Y	S	M	V	N	D	S	P	.	I	T	I	G	K	.	.	W	T	P	K	N	S	D	G	R	Y	L	G	M	I	P	L	R	R	A	L	Y	L	S	R	N	T	V	S	V	R	L	L	Q	T	V	G	I	E	R	T	R	Q	L	F	M	D	F	G	L	Q	E	D	Q	I	P	R	N
Template Known Secondary structure			T	T	.			T	T	S							.			T	T	T	.	.						T	T	S														T	T																							T	T	T			G	G	G	S		S	S
Template Predicted Secondary structure					.												.						.	.
Template SS confidence
		446	.	.		.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.		460	.	.	.	.			.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		A	E	E	R	S	G	N	M	P	T	R	E	W	K	Q	K	R	F	K	K	P	W	Y	Q	G	D	T	I	P	V	G	I	G	Q	G	Y	W	T	A	T	P	I	Q	M	S	K	A	L	M	I	L	I	N	D	G	I	V	K	V	P	H	L	L	M	S	T	A	E	D	G	K	Q	V	P	W	V	Q	P	H	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	A	L	G	T	P	Q	V	L	P	I	Q	M	A	T	G	Y	A	T	F	A	N	G	G	Y	R	V	Q	P	H	F	I	Q	R	I	E	D	A	Y	G	K	V	I	Y	E	A	K	P	E
Template Known Secondary structure		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	T		S		B															T	S	B					B								S	S	S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		522																														.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
												501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	P	P	V	G	D	I	H	S	G	Y	W	E	L	A	K	D	G	M	Y	G	V	A	N	R	P	N	G	T	A	H	K	Y	F	A	S	A	P	Y	K	I	A	A	K	S	G	T	A	Q	V	F	G	L	K	A	N	E	T	Y	N	A	H	K	I	A	E	R	L	R	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	A	C	I	P	C	I	N	A	Y	R	Q	A	Q	R	I	L	K	S	S	S	A	Y	D	M	A	N	I	L	R	D	V	I	E	H	G	T	G	.	.	.	.	.	.	K	I	G	R	S	D	L	G	G	K	T	G	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	A	K
Template Known Secondary structure		B	S		S	G	G	G					B			B		S																		T	S			.	.	.	.	.	.			S		S	S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610							.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.																			.	.	.	.
		571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.										.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	K	L	M	T	A	F	A	P	Y	N	N	P	Q	V	A	V	A	M	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	N	G	G	A	G	P	A	V	G	T	L	M	R	Q	I	L	D	H	I	M	L	G	D	N	N	T	D	L	P	A	E
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.
Template Sequence		D	A	W	F	A	G	F	N	.	.	.	.	G	K	L	V	T	V	T	W	V	G	F	D	Q	P	T	T	L	G	R	R	E	Y	G	G	I	A	A	L	P	I	W	I	N	F	M	G	Q	A	L	Q	G	T	P	A	A	W	V	R	L	E
Template Known Secondary structure										.	.	.	.	T	T										S	S						T	T							T													T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.
Template SS confidence
		678	.	680	.	.	.	.	.					.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.