Job Description P0AD65 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:07 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 480 % Identity 27% Template c3pbqA_ PDB info PDB header:hydrolase/antibiotic Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 3; PDBTitle: crystal structure of pbp3 complexed with imipenem Resolution 1.70 Å

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		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	L	V	P	I	A	P	S	R	G	I	I	Y	D	R	N	G	I	P	L	A	L	N	R	T	I	Y	Q	I	E	M	M	P	E	K	V	D	N	V	Q	Q	T	L	D	A	L	R	S	V	V	D	L	T	D	D	D	I	A	A	F	R	K	E	R	A	R	S	H	R	F	T	S	I	P	V	K	T	N	L
Query Conservation
Alig confidence																																																																							.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.
Template Sequence		V	R	H	I	A	I	P	A	H	R	G	L	I	T	D	R	N	G	E	P	L	A	V	S	T	P	V	T	T	L	W	A	N	P	K	E	L	M	T	A	K	E	R	W	P	Q	L	A	A	A	L	G	Q	D	T	K	L	F	A	D	R	I	E	Q	N	A	E	R	E	.	.	.	F	I	Y	L	V	R	G	L
Template Known Secondary structure																	T	T	S																				T	T		G	G	G								T	T													T	T	T		S	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.
Template SS confidence
		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.				.	.	.	.	.	.	.	.
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	V	Q	V	A	R	F	A	V	N	Q	Y	R	F	P	G	V	E	V	K	G	Y	K	R	R	Y	Y	P	Y	G	S	A	L	T	H	V	I	G	Y	V	S	K	I	N	D	K	D	V	E	R	L	N	N	D	G	K	L	A	N	Y	A	A	T	H	D	I	G	K	L	G	I	E	R	Y	Y	E	D	V	L
Query Conservation
Alig confidence													.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	P	E	Q	G	E	G	V	I	A	L	.	.	K	V	P	G	V	Y	S	I	E	E	F	R	R	F	Y	P	A	G	E	V	V	A	H	A	V	G	F	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	D	R	G	R	E	G	I	E	L	A	F	D	E	W	L
Template Known Secondary structure											T	T	.	.			T	T												T	T	G	G	G	G							B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S		B		S						T
Template Predicted Secondary structure													.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140			.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.								.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	G	Q	T	G	Y	E	E	V	E	V	N	N	R	G	R	V	I	R	Q	L	K	E	V	P	P	Q	A	G	H	D	I	Y	L	T	L	D	L	K	L	Q	Q	Y	I	E	T	L	L	A	G	.	.	.	.	.	.	.	S	R	A	A	V	V	V	T	D	P	R	T	G	G	V	L	A	L	V	S	T	P	S
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	V	P	G	K	R	Q	V	L	K	D	R	V	Q	.	.	.	.	.	.	V	T	K	N	A	K	P	G	K	T	L	A	L	S	I	D	L	R	L	Q	Y	L	A	H	R	E	L	R	N	A	L	L	E	N	G	A	K	A	G	S	L	V	I	M	D	V	K	T	G	E	I	L	A	M	T	N	Q	P	T
Template Known Secondary structure				B													.	.	.	.	.	.			S			B							B	S																				T	T											T	T	T		B								S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.							.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.		.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure																																																																	.
Query SS confidence																																																																	.
Query Sequence		Y	D	P	N	L	F	V	D	G	I	S	S	K	D	Y	S	A	L	L	N	D	P	N	T	P	L	V	N	R	A	T	Q	G	V	Y	P	P	A	S	T	V	K	P	Y	V	A	V	S	A	L	S	A	G	V	I	T	R	N	T	T	L	F	D	.	P	G	W	W	Q	L	P	G	S	E	K	R	Y	R	D	W
Query Conservation																																																																	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.									.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.
Template Sequence		Y	N	P	N	N	R	R	N	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	A	M	R	N	R	A	M	I	D	V	F	E	P	G	S	T	V	K	P	F	S	M	S	A	A	L	A	S	G	R	W	K	P	S	D	I	V	D	V	Y	P	G	T	L	Q	I	G	R	.	.	Y	T	I	R	D	V
Template Known Secondary structure				T	T			S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T									B	B		G	G	G	G											T	T	S			T	T						T	T	S					T	T	.	.						S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.													.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.			.	.	330	.	.	.
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	K	W	G	H	G	R	L	N	V	T	R	S	L	E	E	S	A	D	T	F	F	Y	Q	V	A	Y	D	M	G	I	D	R	L	S	E	W	M	G	K	F	G	Y	G	H	Y	T	G	I	D	L	A	E	E	R	S	G	N	M	P	T	R	E	W	K	Q	K	R	F	K	K	P	W	Y	Q	G	D	T	I	P
Query Conservation
Alig confidence		.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	S	R	N	S	R	Q	L	D	L	T	G	I	L	I	K	S	S	N	V	G	I	S	K	I	A	F	D	I	G	A	E	S	I	Y	S	V	M	Q	Q	V	G	L	G	Q	D	T	G	L	G	F	P	G	E	R	V	G	N	L	P	N	H	.	.	.	.	.	.	.	.	R	K	W	P	K	A	E	T	A	T
Template Known Secondary structure		.	S				S										T	T																								T	T	T	T	S			S				T	T					B					.	.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure		.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.									.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	I	G	Q	G	Y	W	T	A	T	P	I	Q	M	S	K	A	L	M	I	L	I	N	D	G	I	V	K	V	P	H	L	L	M	S	T	A	E	D	G	K	Q	V	P	W	V	Q	P	H	E	P	P	V	G	D	I	H	S	G	Y	W	E	L	A	K	D	G	M	Y	G	V	A	N	R	P	N	G	T	A
Query Conservation
Alig confidence								.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Conservation								.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Sequence		L	A	Y	G	Y	G	.	L	S	V	T	A	I	Q	L	A	H	A	Y	A	A	L	A	N	D	G	K	S	V	P	L	S	M	T	R	V	D	R	V	P	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Q	V	I	S	P	E	V	A	S	T	V	Q	G	M	L	Q	Q	V	V	E	A	.	.	Q	G	G
Template Known Secondary structure				T	T		S	.		B	B														T	T	T						B	S	B			S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S																		S	.	.	T	T	S
Template Predicted Secondary structure								.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410		.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.												.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.			.	.	470
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.						.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		H	K	Y	F	A	S	A	P	Y	K	I	A	A	K	S	G	T	A	Q	V	F	G	L	K	A	N	E	T	Y	N	A	H	K	I	A	E	R	L	R	D	H	K	L	M	T	A	F	A	P	Y	N	N	P	Q	V	A	V	A	M	I	L	E	N	G	.	.	.	.	.	G	A	G	P	A	V	G	T	L	M	R
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	F	R	A	Q	V	P	G	Y	H	A	A	G	K	S	G	T	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	A	Y	R	S	L	F	A	G	F	A	P	A	T	D	P	R	I	A	M	V	V	V	I	D	E	P	S	K	A	G	Y	F	G	G	L	V	S	A	P	V	F	S
Template Known Secondary structure			G	G	G		B	T	T	B											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													S	T	T	S														S	S								T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
		606	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	I	L	D	H	I	M	L	G	D	N	N	T	D	L	P	A	E	N	P	A
Query Conservation
Alig confidence														.	.
Template Conservation														.	.
Template Sequence		K	V	M	A	G	A	L	R	L	M	N	V	.	.	P	P	D	N	L	P	T
Template Known Secondary structure											T	T		.	.					S
Template Predicted Secondary structure														.	.
Template SS confidence
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.			.	.	.	.	560	.	.