Job Description P0AD65 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:07 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 374 % Identity 28% Template c3lo7A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein a; PDBTitle: crystal structure of pbpa from mycobacterium tuberculosis Resolution 2.05 Å

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		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	K	R	R	Y	Y	P	Y	G	S	A	L	T	H	V	I	G	Y	V	S	K	I	N	D	K	D	V	E	R	L	N	N	D	G	K	L	A	N	Y	A	A	T	H	D	I	G	K	L	G	I	E	R	Y	Y	E	D	V	L	H	G	Q	T	G	Y	E	E	V	E	V	N	N	R	G	R	V	I	R	Q	L	K
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	F	L	R	V	Y	P	N	P	E	V	Y	A	P	V	T	G	F	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	R	Y	S	S	T	A	L	E	R	A	E	D	P	I	L	N	G	S	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T									T						T			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.						.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300				.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.																																			.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.																																			.	.	.
Query Sequence		E	V	P	P	Q	A	G	H	D	I	Y	L	T	L	D	L	K	L	Q	Q	Y	I	E	T	L	L	.	.	.	.	.	A	G	S	R	A	A	V	V	V	T	D	P	R	T	G	G	V	L	A	L	V	S	T	P	S	Y	D	P	N	L	F	V	D	G	.	.	.	I	S	S	K	D	Y	S	A	L	L	N	D
Query Conservation																												.	.	.	.	.																																			.	.	.
Alig confidence		.	.	.																								.	.	.	.	.																																			.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	R	L	R	G	G	N	V	D	T	T	I	N	P	R	I	Q	Q	A	G	W	D	A	M	Q	Q	G	C	Y	G	P	C	K	G	A	V	V	A	L	E	P	S	T	G	K	I	L	A	L	V	S	S	P	S	Y	D	P	N	L	L	A	S	H	N	P	E	V	Q	A	Q	A	W	Q	R	L	G	D	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	T																									B	T	T	B											T	T	T		B								S								T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	N	T	P	L	V	N	R	A	T	Q	G	V	Y	P	P	A	S	T	V	K	P	Y	V	A	V	S	A	L	S	A	G	V	I	T	R	N	T	T	L	F	D	P	G	W	W	Q	L	P	G	S	E	K	R	Y	R	D	W	K	K	W	G	H	G	R	L	N	V	T	R	S	L	E	E	S	A	D	T	F	F
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	A	S	P	L	T	N	R	A	I	S	E	T	Y	P	P	G	S	T	F	K	V	I	T	T	A	A	A	L	A	A	G	A	T	E	T	E	Q	L	T	A	A	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	L	E	N	Y	P	C	G	D	E	P	T	V	S	L	R	E	A	F	V	K	S	C	N	T	A	F
Template Known Secondary structure		T	T		T	T	S		T	T	T	S			B			G	G	G	G											T	T			T	T							S	B	.	.	.	.	.	.	.	.				B					S	S	S	S										T	T
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.									.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.				.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.
Query Sequence		Y	Q	V	A	Y	D	M	G	I	D	R	L	S	E	W	M	G	K	F	G	Y	G	.	.	.	H	Y	T	G	I	D	L	A	E	E	R	S	G	N	M	P	T	R	E	W	K	Q	K	R	F	K	K	P	W	Y	Q	G	D	T	I	P	V	G	I	G	Q	G	Y	W	T	A	T	P	I	Q	M	S	K	A	L
Query Conservation																								.	.	.
Alig confidence																								.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	Q	L	G	I	R	T	G	A	D	A	L	R	S	M	A	R	A	F	G	L	D	S	P	P	R	P	T	P	L	Q	V	A	E	S	T	V	G	P	I	P	D	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	G	M	T	S	I	G	Q	K	D	V	A	L	T	P	L	A	N	A	E	I	A
Template Known Secondary structure																				T	T	T	T	S					S	S	S						B						S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	T		T	T		B	B
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330														.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	I	L	I	N	D	G	I	V	K	V	P	H	L	L	M	S	T	A	E	D	G	K	Q	V	P	W	V	Q	P	H	E	P	P	V	G	D	I	H	S	G	Y	W	E	L	A	K	D	G	M	Y	G	V	A	N	R	P	N	G	T	A	H	K	Y	F	A	S	A	P	Y	K	I	A	A	K	S	G	T	A	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																									.	.	.							.
Template Conservation																																																									.	.	.							.
Template Sequence		A	T	I	A	N	G	G	I	T	M	R	P	Y	L	V	G	S	L	K	G	P	D	L	A	N	I	S	T	T	V	G	Y	Q	Q	R	R	A	V	S	P	Q	V	A	A	K	L	T	E	L	M	V	G	A	E	K	.	.	.	V	A	Q	Q	K	G	.	A	I	P	G	V	Q	I	A	S	K	T	G	T	A	E
Template Known Secondary structure						T	T	T						B	S							T	T																S																		.	.	.		S			T	T	.			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.							.
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.				.	410	.	.	.	.		.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.							.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	F	G	L	K	A	N	E	T	Y	N	A	H	K	I	A	E	R	L	R	D	H	K	L	M	T	A	F	A	P	Y	N	N	P	Q	V	A	V	A	M	I	L	E	N	G	G	.	.	.	.	.	.	A	G	P	A	V	G	T	L	M	R	Q	I	L	D	H	I	M
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	G	T	D	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	T	P	P	H	A	W	Y	I	A	F	A	P	A	Q	A	P	K	V	A	V	A	V	L	V	E	N	G	A	D	R	L	S	A	T	G	G	A	L	A	A	P	I	G	R	A	V	I	E	A	A	L
Template Known Secondary structure			S	S		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S											S	T	T	S										T	T				S	S	S	S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.												.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.