Job Description P0AD65 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:07 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 412 % Identity 29% Template c3equB_ PDB info PDB header:biosynthetic protein Chain: B: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2; PDBTitle: crystal structure of penicillin-binding protein 2 from neisseria2 gonorrhoeae Resolution 2.40 Å

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		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	L	V	P	I	A	P	S	R	G	I	I	Y	D	R	N	G	I	P	L	A	L	N	R	T	I	Y	Q	I	E	M	M	P	E	K	V	D	N	V	Q	Q	T	L	D	A	L	R	S	V	V	D	L	T	D	D	D	I	A	A	F	R	K	E	R	A	R	S	H	R	F	T	S	I	P	V	K	T	N	L
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	R	T	Q	A	L	P	A	T	R	G	T	V	S	D	R	N	G	A	V	L	A	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																	T	T	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	V	Q	V	A	R	F	A	V	N	Q	Y	R	F	P	G	V	E	V	K	G	Y	K	R	R	Y	Y	P	Y	G	S	A	L	T	H	V	I	G	Y	V	S	K	I	N	D	K	D	V	E	R	L	N	N	D	G	K	L	A	N	Y	A	A	T	H	D	I	G	K	L	G	I	E	R	Y	Y	E	D	V	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	E	L	K	R	H	Y	P	X	G	N	L	F	A	H	V	I	G	F	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	G	K	G	Q	E	G	L	E	L	S	L	E	D	S	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	G	G	G	G									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S										T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.								.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	G	Q	T	G	Y	E	E	V	E	V	N	N	R	G	R	V	I	R	Q	L	K	E	V	P	P	Q	A	G	H	D	I	Y	L	T	L	D	L	K	L	Q	Q	Y	I	E	T	L	L	.	.	.	.	.	.	.	A	G	S	R	A	A	V	V	V	T	D	P	R	T	G	G	V	L	A	L	V	S	T	P	S
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	E	D	G	A	E	V	V	L	R	D	N	I	V	D	S	L	D	S	P	R	N	K	A	P	Q	N	G	K	D	I	I	L	S	L	D	Q	R	I	Q	T	L	A	Y	E	E	L	N	K	A	V	E	Y	H	Q	A	K	A	G	T	V	V	V	L	D	A	R	T	G	E	I	L	A	L	A	N	T	P	A
Template Known Secondary structure				B																		T	T		B			B							B	S																				T	T		S									T	T	T		B								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	D	P	N	L	F	V	D	G	I	S	S	K	D	Y	S	A	L	L	N	D	P	N	T	P	L	V	N	R	A	T	Q	G	V	Y	P	P	A	S	T	V	K	P	Y	V	A	V	S	A	L	S	A	G	V	I	T	R	N	T	T	L	F	D	P	G	W	W	Q	L	P	G	S	E	K	R	Y	R	D	W	K
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.						.	.							.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.						.	.							.
Template Sequence		Y	D	P	N	R	P	G	R	A	D	S	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	N	R	A	V	T	D	X	I	E	P	G	S	A	I	K	P	F	V	I	A	K	A	L	D	A	G	K	T	D	L	N	E	R	L	N	T	Q	P	.	Y	K	I	G	P	.	.	S	P	V	R	D	T	.
Template Known Secondary structure				T	T	S		T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										B			G	G	G	G												T	S	S		S	S						S		.				T	T	.	.						S	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.						.	.							.
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.													.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.		.	.	.	340	.			.	.	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	W	G	H	G	R	L	N	V	T	R	S	L	E	E	S	A	D	T	F	F	Y	Q	V	A	Y	D	M	G	I	D	R	L	S	E	W	M	G	K	F	G	Y	G	H	Y	T	G	I	D	L	A	E	E	R	S	G	N	M	P	T	R	E	W	K	Q	K	R	F	K	K	P	W	Y	Q	G	D	T	I	P	V
Query Conservation
Alig confidence		.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	H	V	Y	P	S	L	D	V	R	G	I	X	Q	K	S	S	N	V	G	T	S	K	L	S	A	R	F	G	A	E	E	X	Y	D	F	Y	H	E	L	G	I	G	V	R	X	H	S	G	F	P	G	E	T	A	G	L	L	R	N	W	R	.	.	.	.	.	.	.	.	R	W	R	P	I	E	Q	A	T	X
Template Known Secondary structure		.	S			S											T										T	T	S												T	T	T	T	S					S		T	T									G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Predicted Secondary structure		.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.									.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	G	Q	G	Y	W	T	A	T	P	I	Q	M	S	K	A	L	M	I	L	I	N	D	G	I	V	K	V	P	H	L	L	M	S	T	A	E	D	G	K	Q	V	P	W	V	Q	P	H	E	P	P	V	G	D	I	H	S	G	Y	W	E	L	A	K	D	G	M	Y	G	V	A	N	R	P	N	G	T	A	H
Query Conservation
Alig confidence							.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.					.
Template Conservation							.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.					.
Template Sequence		S	F	G	Y	G	.	L	Q	L	S	L	L	Q	L	A	R	A	Y	T	A	L	T	H	D	G	V	L	L	P	L	S	F	E	K	Q	A	V	A	P	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	I	F	K	E	T	A	R	E	V	R	N	L	X	V	S	V	T	E	P	.	G	G	T	G	.
Template Known Secondary structure			T	T		S	.			B														T	T	T						B	S	B			S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S													T	T	T	S	T	.	T	S	S		.
Template Predicted Secondary structure							.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.					.
Template SS confidence
		419	420	.	.	.		.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.													.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.		480	.	.	.
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.						.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	Y	F	A	S	A	P	Y	K	I	A	A	K	S	G	T	A	Q	V	F	G	L	K	A	N	E	T	Y	N	A	H	K	I	A	E	R	L	R	D	H	K	L	M	T	A	F	A	P	Y	N	N	P	Q	V	A	V	A	M	I	L	E	N	G	.	.	.	.	.	G	A	G	P	A	V	G	T	L	M	R	Q
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	G	A	V	D	G	F	D	V	G	A	K	T	G	T	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	K	H	V	A	T	F	I	G	F	A	P	A	K	N	P	R	V	I	V	A	V	T	I	D	E	P	T	A	H	G	Y	Y	G	G	V	V	A	G	P	P	F	K	K
Template Known Secondary structure		G	G	G			T	T	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													S	T	T	S														S	S								T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
		607	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	D	H	I	M	L	G	D	N	N	T	D	L	P	A	E	N	P	A	V
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.
Template Conservation												.	.	.
Template Sequence		I	X	G	G	S	L	N	I	L	G	.	.	.	I	S	P	T	K	P	L	T
Template Known Secondary structure										T	T	.	.	.				S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.
Template SS confidence
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.				.	.	.	.	570	.	.	.