Job Description P0AD65 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:07 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 505 % Identity 26% Template c2wadB_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: B: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2b; PDBTitle: penicillin-binding protein 2b (pbp-2b) from streptococcus2 pneumoniae (strain 5204) Resolution 2.18 Å

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		61	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.				.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	V	P	I	A	P	S	R	G	I	I	Y	D	R	N	G	I	P	L	A	L	N	R	T	I	Y	Q	I	E	M	M	P	E	K	V	.	.	.	D	N	V	Q	Q	T	L	D	A	L	R	S	V	V	D	L	T	D	D	D	I	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																					.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	V	T	T	S	S	A	R	G	E	I	Y	D	A	S	G	K	P	L	V	E	N	T	L	K	Q	V	V	S	F	T	R	S	N	K	M	T	A	T	D	L	K	E	I	A	K	K	L	L	T	Y	V	S	I	S	S	P	N	L	T	E	R	Q	L	A	D	Y	Y	L	A	D	P	E	I	Y	K	K	T	V	E
Template Known Secondary structure															T	T	S		B	S															T	T															T	T																			T	S									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
																																			119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	K	E	R	A	R	S	H	R	F	T	S	I	P	V	K	T	N	L	T	E	V	Q	V	A	R	F	A	V	N	Q	Y	R	F	P	G	V	E	V	K	G	Y	K	R	R	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	P	S	E	S	E	L	Y	N	N	A	V	D	S	V	P	T	S	Q	L	N	Y	T	E	D	E	K	K	E	I	Y	L	F	S	Q	L	N	A	V	G	N	F	A	T	G	T	I	A	T	D	P	L	N	D	S	Q	V	A	V	I	A	S	I	S	K	E	M	P	G	I	S	I	S	T	S	W	D	R	K
Template Known Secondary structure		S	S					S								T	S	S		S						T	T													T	S		T	T								S				T	T									G	G	G	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	P	Y	G	S	A	L	T	H	V	I	G	Y	V	S	K	I	N	D	K	D	V	E	R	L	N	N	D	G	K	L	A	N	Y	A	A	T	H	D	I	G	K	L	G	I	E	R	Y	Y	E	D	V	L	H	G	Q	T	G	Y	E	E	V	E	V	N	N	R	G	R	V	I	R	Q	L	K	E	V	P	P	Q
Query Conservation
Alig confidence									.
Template Conservation									.
Template Sequence		I	L	E	T	S	L	S	.	S	I	V	G	S	V	S	S	E	K	A	G	L	P	A	E	E	A	E	S	Y	L	K	K	G	Y	S	L	N	D	R	V	G	T	S	Y	L	E	K	Q	Y	E	E	V	L	Q	G	K	R	P	V	K	E	I	H	L	D	K	H	G	D	M	E	S	V	E	N	I	E	E	G	S
Template Known Secondary structure				S	S	T	T		.						B			T	T	T		S		G	G	G								T			S	S				B		S						T					S		B										S	S	S												B
Template Predicted Secondary structure									.
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.		.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.															.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	H	D	I	Y	L	T	L	D	L	K	L	Q	Q	Y	I	E	T	L	L	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	A	A	V	V	V	T	D	P	R	T	G	G	V	L	A	L	V	S	T	P	S	Y	D	P	N	L	F	V	D	G	I	S	S	K	D	Y	S	A	L	L	N
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	G	K	N	I	K	L	T	I	D	L	A	F	Q	D	S	V	D	A	L	L	K	S	Y	F	N	S	E	L	G	N	G	G	A	K	Y	S	E	G	V	Y	A	V	A	L	N	P	Q	T	G	A	V	L	S	M	S	G	L	K	H	D	L	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S																								S	T	T	T	T											T	T	T		B											T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	P	N	T	P	L	V	N	R	A	T	Q	G	V	Y	P	P	A	S	T	V	K	P	Y	V	A	V	S	A	L	S	A	G	V	I	T	R	N	T	T	L	F	D	P	G	W	W	Q	L	P	G	S	E	K	R	Y	R	D	W	K	K	W	G	H	G	R	L	N	V	T	R	S	L	E	E	S	A	D	T	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	E	L	T	P	D	S	L	G	T	V	T	N	V	F	V	P	G	S	V	V	K	A	A	T	I	S	S	G	W	E	N	G	V	L	S	G	N	Q	T	L	T	D	Q	P	I	V	F	Q	G	S	A	P	I	Y	S	W	Y	K	L	A	Y	G	S	F	P	I	T	A	V	E	A	L	E	Y	S	S	N	A	Y
Template Known Secondary structure								T	T							B			G	G	G	G											T	T	S			S	S								B		B	T	T	S			B			T	T	T	T	T	T		S												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
		392	.	.	.	.	.	.	.	400																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Y	Q	V	A	Y	D	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	R	L	S	E	W	M	G	K	F	G	Y	G	H	Y	T	G	I	D	L	A	E	E	R	S	G	N	M	P	T	R	E	W	K	Q	K	R	F	K	K	P	W	Y	Q	G	D	T	I	P	V	G	I
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	V	Q	T	A	L	G	I	M	G	Q	T	Y	Q	P	N	M	F	V	G	T	S	N	L	E	S	A	M	G	K	L	R	S	T	F	G	E	Y	G	L	G	S	A	T	G	I	D	L	P	D	E	S	T	G	L	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	Y	N	F	A	N	F	I	T	N	A	F
Template Known Secondary structure										T	T					T	T	B					T	T														T	T	T	T	T	S					S	S	S						B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S										T	T
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.											.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.							.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.																																			.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.																																			.	.
Query Sequence		G	Q	G	Y	W	T	A	T	P	I	Q	M	S	K	A	L	M	I	L	I	N	D	G	I	V	K	V	P	H	L	L	M	S	T	A	E	D	G	.	.	.	.	.	.	K	Q	V	P	W	V	Q	P	H	E	P	P	V	G	D	I	H	S	G	Y	W	E	L	A	K	D	G	M	Y	G	V	A	N	R	.	.
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.																																			.	.
Alig confidence					.																																			.	.	.	.	.	.																																			.	.
Template Conservation					.
Template Sequence		G	Q	F	.	D	N	Y	T	P	M	Q	L	A	Q	Y	V	A	T	I	A	N	N	G	V	R	L	A	P	H	I	V	E	G	I	Y	D	N	N	D	K	G	G	L	G	E	L	I	Q	A	I	D	T	K	E	I	N	K	V	N	I	S	E	S	D	M	A	I	L	H	Q	G	F	Y	Q	V	S	H	G	T	S
Template Known Secondary structure		T	S	S	.	S	B	B														T	T	T						B	S									T	T	S	S																	S	S																				S
Template Predicted Secondary structure					.
Template SS confidence
		518	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.			.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.
Query SS confidence																																																																							.	.
Query Sequence		P	N	G	T	A	H	K	Y	F	A	S	A	P	Y	K	I	A	A	K	S	G	T	A	Q	V	F	G	L	K	A	N	E	T	Y	N	A	H	K	I	A	E	R	L	R	D	H	K	L	M	T	A	F	A	P	Y	N	N	P	Q	V	A	V	A	M	I	L	E	N	G	.	.	G	A	G	P	A	V	G	T	L
Query Conservation																																																																							.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	L	T	T	G	R	A	F	S	D	G	A	T	V	S	I	S	G	K	T	G	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	N	A	V	A	Y	A	P	T	E	N	P	Q	I	A	V	A	V	V	F	P	H	N	T	N	L	T	K	N	V	G	P	A	I
Template Known Secondary structure		T	T				G	G	G	T	T	T		S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	T	T	S										T	T				S	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.
		604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	R	Q	I	L	D	H	I	M	L	G	D	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	R	D	I	I	N	L	Y	N	Q	H	H	P
Template Known Secondary structure													S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		666	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.