Job Description P0AD65 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:07 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 521 % Identity 25% Template c1mwuA_ PDB info PDB header:biosynthetic protein Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2a; PDBTitle: structure of methicillin acyl-penicillin binding protein 2a2 from methicillin resistant staphylococcus aureus strain3 27r at 2.60 a resolution. Resolution 2.60 Å

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		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	N	L	Q	I	V	R	F	T	D	Y	Q	T	R	S	N	E	N	R	I	K	L	V	P	I	A	P	S	R	G	I	I	Y	D	R	N	G	I	P	L	A	L	N	R	T	I	Y	Q	I	E	M	M	P	E	K	V	D	N	V	Q	Q	T	L	D	A	L	R	S	V	V	D	L	T	D	D	D	I	A	A	F
Query Conservation
Alig confidence																																																														.	.
Template Conservation																																																														.	.
Template Sequence		W	K	L	D	W	D	H	S	V	I	I	P	G	M	Q	K	D	Q	S	I	H	I	E	N	L	K	S	E	R	G	K	I	L	D	R	N	N	V	E	L	A	N	T	G	T	A	Y	E	I	G	I	V	P	K	N	V	S	K	K	D	.	.	Y	K	A	I	A	K	E	L	S	I	S	E	D	Y	I	K	Q	Q
Template Known Secondary structure								G	G	G	T	S	T	T			S	S																		T	T																	T	T	T			T	T	T	.	.								T	T
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.
Template SS confidence
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.			.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200
		120	.	.	.	.		.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		R	K	E	R	A	.	R	S	H	R	F	T	S	I	P	V	K	T	N	L	T	E	V	Q	V	A	R	F	A	V	N	Q	Y	R	F	P	G	V	E	V	K	G	Y	K	R	R	Y	Y	P	Y	G	S	A	L	T	H	V	I	G	Y	V	S	K	I	N	D	K	D	V	E	R	L	N	N	D	G	K	L	A	N
Query Conservation							.
Alig confidence							.																							.	.	.	.	.																																												.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.																																												.	.	.	.
Template Sequence		M	D	Q	N	W	V	Q	D	D	T	F	V	P	L	K	T	V	K	K	M	D	E	Y	L	S	D	F	A	.	.	.	.	.	K	K	F	H	L	T	T	N	E	T	E	S	R	N	Y	P	L	E	K	A	T	S	H	L	L	G	Y	V	G	P	I	N	S	E	E	L	K	Q	K	E	Y	K	G	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	S	T	T			T	T									S	S										.	.	.	.	.		T	T	T												T	T	G	G	G	G												T	T	T	T	T	S	G	G	G	T	T	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.																																												.	.	.	.
Template SS confidence
		201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.						.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.		.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		Y	A	A	T	H	D	I	G	K	L	G	I	E	R	Y	Y	E	D	V	L	H	G	Q	T	G	Y	E	E	V	E	V	N	N	R	G	R	V	I	.	R	Q	L	K	E	V	P	P	Q	A	G	H	D	I	Y	L	T	L	D	L	K	L	Q	Q	Y	I	E	T	L	L	A	G	S	R	A	A	V	V	V	T	D
Query Conservation																																								.
Alig confidence																																								.
Template Conservation
Template Sequence		Y	K	D	D	A	V	I	G	K	K	G	L	E	K	L	Y	D	K	K	L	Q	H	E	D	G	Y	R	V	T	I	V	D	D	N	S	N	T	I	A	H	T	L	I	E	K	K	K	K	D	G	K	D	I	Q	L	T	I	D	A	K	V	Q	K	S	I	Y	N	N	M	K	N	D	Y	G	S	G	T	A	I	H
Template Known Secondary structure				S	S						S						T							B										T	T	T													B							B	S												T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	T	G	G	V	L	A	L	V	S	T	P	S	Y	D	P	N	L	F	V	D	G	I	S	S	K	D	Y	S	A	L	L	N	D	P	N	T	P	L	V	N	R	A	T	Q	G	V	Y	P	P	A	S	T	V	K	P	Y	V	A	V	S	A	L	S	A	G	V	I	T	R	N	T	T	L	F	D	P	G	W
Query Conservation
Alig confidence																																																	.					.
Template Conservation																																																	.					.
Template Sequence		P	Q	T	G	E	L	L	A	L	V	S	T	P	S	Y	D	V	Y	P	F	M	Y	G	M	S	N	E	E	Y	N	K	L	T	E	D	K	K	E	P	L	L	N	K	F	Q	I	T	.	T	S	P	G	.	T	Q	K	I	L	T	A	M	I	G	L	N	N	K	T	L	D	D	K	T	S	Y	K	I	D	G	K
Template Known Secondary structure		T	T	T		B								S				S																			T	T		T	T	S		T	T	T	S		.	B				.														T	S			T	T							S	S
Template Predicted Secondary structure																																																	.					.
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.		.	400	.	.		.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.					.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.
Query Sequence		W	Q	L	P	G	S	E	K	R	Y	R	D	W	K	.	.	.	.	K	W	G	H	G	R	L	N	V	T	R	S	L	E	E	S	A	D	T	F	F	Y	Q	V	A	Y	D	M	G	I	D	R	L	S	E	W	M	G	K	F	G	Y	G	H	Y	T	G	I	D	L	A	E	E	R	S	G	N	M	P	T	R	E
Query Conservation																.	.	.	.
Alig confidence							.	.								.	.	.	.																																																												.	.	.
Template Conservation							.	.																																																																							.	.	.
Template Sequence		G	W	Q	K	D	.	.	K	S	W	G	G	Y	N	V	T	R	Y	E	V	V	N	G	N	I	D	L	K	Q	A	I	E	S	S	D	N	I	F	F	A	R	V	A	L	E	L	G	S	K	K	F	E	K	G	M	K	K	L	G	V	G	E	D	I	P	S	D	Y	P	F	Y	N	A	Q	I	S	N	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S	.	.	G	G	G	T	T						S	S														T	T																									T	T	T	S				S	S	S						B	S			.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.																																																																							.	.	.
Template SS confidence
		431	.	.	.	.			.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	K	Q	K	R	F	K	K	P	W	Y	Q	G	D	T	I	P	V	G	I	G	Q	G	Y	W	T	A	T	P	I	Q	M	S	K	A	L	M	I	L	I	N	D	G	I	V	K	V	P	H	L	L	M	S	T	A	E	D	G	K	Q	V	P	W	V	Q	P	H	E	P	P	V	G	D	I	H	S	G	Y	W	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	N	L	D	N	E	I	L	L	A	D	S	G	Y	G	Q	G	E	I	L	I	N	P	V	Q	I	L	S	I	Y	S	A	L	E	N	N	G	N	I	N	A	P	H	L	L	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	N	K	V	W	K	K	N	I	I	S	K	E	N	I	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.		T	T	S								T	T	T		S	S		B	B											G	G	G	T	T	T						B		B	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S							S		S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									507	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.											.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	K	D	G	M	Y	G	V	A	N	R	P	N	G	T	A	H	K	Y	F	A	S	A	P	Y	K	I	A	A	K	S	G	T	A	Q	V	F	G	L	K	A	N	E	T	Y	N	A	H	K	I	A	E	R	L	R	D	H	K	L	M	T	A	F	A	P	Y	N	N	P	Q	V	A	V	A	M	I	L	E	N
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Conservation																	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Sequence		L	L	T	D	G	M	Q	Q	V	V	N	K	T	H	K	.	.	.	E	D	I	Y	R	S	Y	A	N	L	I	G	K	S	G	T	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	I	G	W	F	I	S	Y	.	D	K	D	N	P	N	M	M	M	A	I	N	V	K	D
Template Known Secondary structure													T	T	T	T	.	.	.	T	T	T			T	T	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.		T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template SS confidence
		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.				.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	610	.		.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
		594				.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.
Query SS confidence			.	.	.
Query Sequence		G	.	.	.	G	A	G	P	A	V	G	T	L	M	R	Q	I	L	D	H	I	M	L	G	D	N	N	T
Query Conservation			.	.	.
Alig confidence			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	Q	D	K	G	M	A	S	Y	N	A	K	I	S	G	K	V	Y	D	E	L	Y	E	N	G	N	K	K
Template Known Secondary structure			T	T	T	T	T																T	G	G	G	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.