Job Description P42591 Confidence 98.56% Date Thu Jan 5 12:01:37 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 290 % Identity 14% Template d1osma_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 3.20

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		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.						.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.
Query Sequence		S	F	R	F	Y	G	E	L	G	V	G	G	Y	M	D	L	E	G	E	N	K	H	K	Y	S	D	G	T	Y	I	E	G	G	L	E	M	K	Y	G	.	.	.	.	.	S	W	F	G	L	I	Y	G	E	G	W	T	V	Q	A	D	H	D	G	N	A	W	V	P	D	H	S	W	G	G	F	E	G	G	I	N
Query Conservation																																									.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.																.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Sequence		K	L	D	L	Y	G	K	I	D	G	L	H	Y	F	S	D	D	K	D	V	D	.	.	.	G	D	Q	T	Y	M	R	L	G	V	K	G	E	T	Q	I	N	D	Q	L	T	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	W	E	Y	N	V	Q	A	N	N	T	E	S	S	S	D	.	.	.	.	Q	A	W	T	R
Template Known Secondary structure																	S	S	T	T	T		.	.	.																	S	S	S					.	.	.	.	.	.	.										S	S		T	T				.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30				.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.								.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70					.	.	.	.	.
		122	.	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.						.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.						.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure									.																																		.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Query SS confidence									.																																		.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	Y	G	G	Y	R	.	T	N	D	G	T	E	I	M	L	S	L	R	Q	D	S	S	L	D	D	L	Q	W	W	G	D	F	T	P	D	L	G	Y	V	.	.	.	.	.	I	P	N	T	R	D	I	M	T	A	L	K	V	Q	N	.	.	.	.	.	L	S	G	N	F	R	Y	S	V	T	A	T	P	A
Query Conservation									.																																		.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Alig confidence									.						.						.																						.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Template Conservation															.						.
Template Sequence		L	A	F	A	G	L	K	F	G	D	A	G	S	.	F	D	Y	G	R	.	N	Y	G	V	V	Y	D	V	T	S	W	T	D	V	L	P	E	F	G	G	D	T	Y	G	S	D	N	F	L	Q	S	R	A	N	G	V	A	T	Y	R	N	S	D	F	F	G	L	V	D	G	L	N	F	A	L	Q	Y	Q	G	K
Template Known Secondary structure										T	T	S			.						.				T	T					G	G	G				S	S	S				S	S		T	T	S	T	T	S	S											S	S	G	G	G	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure															.						.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.		.	.	.	.	100		.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	H	H	D	E	S	K	A	W	L	H	F	G	K	Y	D	R	Y	D	D	K	Y	T	Y	P	A	M	M	N	G	Y	I	Q	Y	D	L	A	E	G	I	T	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	N	G	L	E	I	T	D	G	T	G	Q	L	Y	L	T	G	L	L	T	P	N
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.
Template Sequence		N	G	S	V	S	G	E	G	A	T	N	N	G	R	G	A	L	K	Q	N	G	D	G	F	G	T	S	V	T	Y	D	I	F	D	G	I	S	A	G	F	A	Y	A	N	S	K	R	T	D	D	Q	N	Q	L	L	L	G	E	G	D	H	A	E	T	Y	T	G	G	L	K	Y	D	A	N	N	I	.	.	.	Y
Template Known Secondary structure		B			S	S	T	T	T			T	T				G	G	G		B		S												T	T																		T	S	S	B				S														T	T		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.				.
		255	.	.	.	.	260	.			.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.			.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.																																										.	.																								.
Query SS confidence									.	.																																										.	.																								.
Query Sequence		F	A	A	R	A	W	H	.	.	H	T	G	R	A	D	G	L	D	V	P	G	S	E	S	G	M	M	V	S	A	M	Y	E	A	L	K	G	V	Y	L	S	T	A	Y	T	Y	A	K	H	R	.	.	P	D	H	A	D	D	E	T	T	S	F	M	Q	F	G	I	W	Y	E	Y	G	G	G	.	R	F	A	T
Query Conservation									.	.																																										.	.																								.
Alig confidence									.	.																																										.	.																								.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	T	Q	Y	T	Q	T	Y	N	A	T	R	A	G	S	L	G	F	A	N	K	A	Q	N	F	E	V	A	A	Q	Y	Q	F	D	F	G	L	R	P	S	V	A	Y	L	Q	S	K	G	K	D	L	N	G	Y	G	D	Q	D	I	L	K	Y	V	D	V	G	A	T	Y	Y	F	N	K	N	M	S	T	Y	V
Template Known Secondary structure											S		S			T	T	T				S														T	T	S																S	S	S		S																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
		330	.	.					.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.
Query Sequence		A	F	D	.	.	.	.	S	R	F	Y	M	K	N	A	S	H	D	P	S	D	Q	I	F	L	M	Q	Y	F	Y
Query Conservation					.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	Y	K	I	N	L	L	D	D	N	S	F	T	R	S	A	G	I	S	T	D	D	V	V	A	L	G	L	V	Y
Template Known Secondary structure																		T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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