Job Description P42591 Confidence 63.15% Date Thu Jan 5 12:01:37 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 313 % Identity 16% Template c2o4vA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:porin p; PDBTitle: an arginine ladder in oprp mediates phosphate specific transfer across2 the outer membrane Resolution 1.94 Å

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		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.		.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.		.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.				.	.	80	.	.	.		.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.												.																					.	.	.							.
Query SS confidence																							.												.																					.	.	.							.
Query Sequence		E	A	R	P	A	E	H	D	D	T	K	T	P	A	I	T	S	T	S	S	P	.	S	F	R	F	Y	G	E	L	G	V	G	.	G	Y	M	D	L	E	G	E	N	K	H	K	Y	S	D	G	T	Y	I	E	.	.	.	G	G	L	E	M	K	.	Y	G	S	W	F	G	L	I	Y	G	E	G	W	T	V	Q
Query Conservation																							.												.																					.	.	.							.
Alig confidence																							.												.																					.	.	.							.						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	A	D	I	V	I	K	T	K	G	G	L	E	V	A	T	T	D	K	E	F	S	F	K	L	G	G	R	L	Q	A	D	Y	G	R	F	D	G	Y	Y	T	N	N	G	N	T	A	D	A	A	Y	F	R	R	A	Y	L	E	F	G	G	T	A	Y	R	D	W	K	.	.	.	.	.	.	.	Y	Q	I	N
Template Known Secondary structure		S	S	S							S	S	S						T	T	S	S																			T	T	B	S	S	S	S																			T	T	T			.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.								.	.	.	.
		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	H	D	G	N	A	W	V	P	D	H	S	W	G	G	F	E	G	G	I	N	R	F	Y	G	G	Y	R	T	N	D	G	T	E	I	M	L	S	L	R	Q	D	S	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	L	Q	W	W	G	D	F	T	P	D	L	G	Y	V	I
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.																											.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.																											.
Template Sequence		Y	D	L	S	R	N	V	G	.	.	.	.	.	.	N	D	S	A	G	Y	F	D	E	A	S	V	T	Y	T	G	F	N	P	V	N	L	K	F	G	R	.	F	Y	T	D	F	G	L	E	K	A	T	S	S	K	W	V	T	A	L	E	R	N	L	T	Y	D	I	A	D	W	V	N	D	N	V	G	T	G	I
Template Known Secondary structure				T	T			S	S	.	.	.	.	.	.	B	T	T	T	B											T	T	T	T	S							.											S		T	T	T		S	S	S	S			G	G	G	G	G	S	G	G	G	G			S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.																											.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.							.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.		.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		163																					.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.														.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	T	R	D	I	M	T	A	L	K	V	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	G	N	F	R	Y	S	V	T	A	T	P	A	G	H	H	D	E	S	K	A	W	L	H	F	G	K	Y	D	R	Y	D
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	A	S	S	V	V	G	G	M	A	F	L	S	G	S	V	F	S	E	N	N	N	D	T	D	G	D	S	V	K	R	Y	N	L	R	G	V	F	A	P	L	H	E	P	G	N	V	V	H	L	G	L	Q	Y	A	Y	R	D	L	E	D	S	A	V	D	T	R	I	R	P	R	M	G	M	R	G	V	S	T	N
Template Known Secondary structure								T	T	T														B	T	T	S																		T	T															T	T	B						B				T	T		G	G	G	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	K	Y	T	Y	P	A	M	M	N	G	Y	I	Q	Y	D	L	A	E	G	I	T	W	M	N	G	L	E	I	T	D	G	T	G	Q	L	Y	L	T	G	L	L	T	P	N	F	A	A	R	A	W	H	H	T	G	R	A	D	G	L	D	V	P	G	S	E	S	G	M	M	V	S	A	M	Y	E	A	L	K	G
Query Conservation
Alig confidence																																											.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.
Template Sequence		G	G	N	D	A	G	S	N	G	N	R	G	L	F	G	G	S	S	A	V	E	G	L	W	K	D	D	S	V	W	G	L	E	G	A	W	A	L	G	A	F	.	.	.	S	A	Q	A	E	Y	L	R	R	T	V	K	A	E	R	D	R	E	D	L	K	A	S	G	Y	Y	A	Q	L	A	Y	T	L	T	G	E
Template Known Secondary structure		S	B				G	G	G	B						B						T	T	S																T	T		.	.	.															T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.
Template SS confidence
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.				.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
																									290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.										.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.		.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	L	S	T	A	Y	T	Y	A	K	H	R	P	D	H	A	D	D	E	T	T	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	Q	F	G	I	W	Y	E	Y	G	G	G	.	R	F	A	T	A	F	D	S	R	F	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation
Template Sequence		P	R	L	Y	K	L	D	G	A	K	F	D	T	I	K	P	E	N	K	E	I	G	A	W	E	L	F	Y	R	Y	D	S	I	K	V	E	D	D	N	I	V	V	D	S	A	T	R	E	V	G	D	A	K	G	K	T	H	T	L	G	V	N	W	Y	A	N	E	A	V	K	V	S	A	N	Y	V	K	A	K	T
Template Known Secondary structure							T	T	T	T								S		T	T	T																	T	T			S			S	S	B		S	S																S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		337	.			.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.
Query SS confidence				.	.
Query Sequence		M	K	.	.	N	A	S	H	D	P	S	D	Q	I	F	L	M	Q	Y	F	Y
Query Conservation				.	.
Alig confidence				.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	K	I	S	N	A	N	G	D	D	S	G	D	G	L	V	M	R	L	Q	Y
Template Known Secondary structure			S	B			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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