Job Description P33919 Confidence 99.96% Date Thu Jan 5 11:52:45 GMT 2012 Rank 55 Aligned Residues 356 % Identity 17% Template c3dl8B_ PDB info PDB header:protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: structure of the complex of aquifex aeolicus secyeg and2 bacillus subtilis seca Resolution 7.50 Å

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		5	.	.	.			.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.				.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.					70	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.																																									.	.	.																						.	.	.	.
Query SS confidence						.	.																																									.	.	.																						.	.	.	.
Query Sequence		L	R	P	Y	.	.	Q	Q	E	A	V	D	A	T	L	N	H	F	R	R	H	K	T	P	A	V	I	V	L	P	T	G	A	G	K	S	L	V	I	A	E	L	A	R	L	A	.	.	.	R	G	R	V	L	V	L	A	H	V	K	E	L	V	A	Q	N	H	A	K	Y	.	.	.	.	Q	A	L	G	L	E
Query Conservation						.	.																																									.	.	.																						.	.	.	.
Alig confidence						.	.											.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.																						.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	F	P	F	K	V	Q	L	M	G	G	V	A	L	H	D	.	.	.	.	.	.	.	G	N	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	S	T	L	P	V	Y	L	N	A	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	E	Y	L	A	S	R	D	A	E	Q	M	G	K	I	F	E	F	L	G	L	T
Template Known Secondary structure						S	T	T										.	.	.	.	.	.	.	S	S					S	S	S	S		T													T	T	S	S							S												T							T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.								.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.					.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.											.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	I	F	A	A	G	L	K	R	K	E	S	.	.	.	.	H	G	K	V	V	F	G	S	V	Q	S	V	A	R	N	L	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	G	E	F	S	L	L	I	V	D	E	C	H	R	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	L	N	L	N	S	M	S	K	D	E	K	R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	L	Y	K	E	Q	M	V	Q	R	P	L	H	F	A	V	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	Q	A	A	K	S	T
Template Known Secondary structure				B			S	S			S	S								S	S																T	T	T		S		S															T	T	T	T	T	T	T			S				B							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
																																																					124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	E	E	S	Q	Y	Q	Q	I	L	T	H	L	T	K	V	N	P	H	L	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	Y	V	Q	A	N	A	F	V	R	T	L	K	A	E	K	D	Y	T	Y	D	I	K	T	K	A	V	Q	L	T	E	E	G	M	T	K	A	E	K	A	F	G	I	D	N	L	F	D	V	K	H	V	A	L	N	H	H	I	N	Q	A	L	K	A	H	V	A	M	Q	K	D	V	D	Y	V	V	E	D	G
Template Known Secondary structure																	S		S	T	T				S	S	S															S	S				S				T	T	T																	S		T	T	T	S		B		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
																																																								145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	L	G	L	T	A	T	P	F	R	L	G	K	G	W	I	Y	Q	F	H	Y	H	G	M	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																																																			.
Template Sequence		Q	V	V	I	V	D	S	F	T	G	R	L	M	K	G	R	R	Y	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	L	E	I	Q	N	E	S	M	T	L	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	.	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	M	Q	V	V
Template Known Secondary structure				B		B		T	T	T		S		B		S			S		T	T										S										B										T	T	S	S						S				S		.								T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.
Template SS confidence
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.		.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	D	E	K	A	L	F	R	D	C	I	Y	E	L	P	L	R	Y	M	I	K	H	G	Y	L	T	P	P	E	R	L	D	M	P	V	V	Q	Y	D	F	S	R	L	Q	A	Q	S	N	G	L	F	S	E	A	D	L	N	R	E	L	K	K	Q	Q	R	I	T	P	H	I	I	S	Q	I	M	E	F	A	A
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	P	T	N	R	P	V	V	R	D	D	R	P	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	R	T	M	E	G	K	F	K	A	V	A	E	D	V	A	Q	R	Y	M
Template Known Secondary structure						S	S	T	T		S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.			.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.				.	.	.	320
Predicted Secondary structure																													.	.																																								.	.	.					.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.																																								.	.	.					.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	K	G	V	M	I	F	A	A	T	V	E	H	A	K	E	I	V	G	L	L	P	A	E	D	A	.	.	A	L	I	T	G	D	T	P	G	A	E	R	D	V	L	I	E	N	F	K	A	Q	R	F	R	Y	L	V	N	V	A	V	L	T	T	G	F	D	A	.	.	.	P	H	V	D	.	.	.	.	.
Query Conservation																													.	.																																								.	.	.					.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.																							.	.																.	.	.					.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.
Template Sequence		T	G	Q	P	V	L	V	G	T	V	A	V	E	T	S	E	L	I	S	K	L	L	K	N	K	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	Q	I	I	E	E	A	G	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	K	E	L	G	G	L
Template Known Secondary structure			T								S	S															T							S	S	S												S	S	S	S	S	.	.							T	T	T	S	S								S	S	G	G	G	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.
Template SS confidence
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.			.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	A	I	L	R	P	T	E	S	V	S	L	Y	Q	Q	I	V	G	R	G	L	R	L	A	P	G	K	T	D	C	L	I	L	D	Y	A	G	N	P	H	D	L	Y	A	P	E	V	G	T	P	K	G	K	S	D	N	V	P	V	Q	V	F	C	P	A	C	G	F	A	N	T	F	W	G	K	T	T	A	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	V	V	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	I	T	Q	F	Y	L	S	M	E	D	E	L	M	R	R	F	G	A	E	R	T	M	A	M	L	D	R	F	G	M	D	D	S	T	P	I	Q	S	K	M	V	S	R	A	V	E	S	S	Q	K	R	V
Template Known Secondary structure						S	S			S	S										T	S		S	S	S											T	T	S	S					S	S										T	T						S		B			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	L	I	E	H	F	G	R	R	C	Q	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	G	N	N	F	D	S	R	K	Q	L	L	Q
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		586	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.