Job Description P33919 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:45 GMT 2012 Rank 26 Aligned Residues 344 % Identity 19% Template c2d7dA_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: A: PDB Molecule:uvrabc system protein b; PDBTitle: structural insights into the cryptic dna dependent atp-ase2 activity of uvrb Resolution 2.10 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	F	T	L	R	P	Y	Q	Q	E	A	V	D	A	T	L	N	H	F	R	R	H	K	T	P	A	V	I	V	L	P	T	G	A	G	K	S	L	V	I	A	E	L	A	R	L	A	R	G	R	V	L	V	L	A	H	V	K	E	L	V	A	Q	N	H	A	K	Y	Q	A	L	G	L	E	A	D	I	F	A	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	Y	Q	P	Q	G	D	Q	P	K	A	I	E	K	L	V	K	G	I	Q	E	G	K	K	H	Q	T	L	L	G	A	T	G	T	G	K	T	F	T	V	S	N	L	I	K	E	V	N	K	P	T	L	V	I	A	H	N	K	T	L	A	G	Q	L	Y	S	E	F	K	E	F	F	P	N	N	A	V	E	Y	F
Template Known Secondary structure		S					T	T														T	T		S								T	T	S																						S	S																T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		82	.	.	.																																						.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.			.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Query Sequence		G	L	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	S	H	G	K	V	V	F	G	S	V	Q	S	V	A	R	N	L	.	.	D	A	F	Q	G	E	F	S	L	L	I	V	D	E	C	H	R	I
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	Q	T	D	T	F	I	E	K	D	A	S	I	N	D	E	I	D	K	L	R	H	S	A	T	S	A	L	F	E	R	R	D	V	I	I	I	A	S	V	S	C	I	Y	G	L	G	S	P	E	E	Y	R	E	M	V	V	S	L	R	T	E	M	E	I	E	R
Template Known Secondary structure															T	T	T	T																												S								G	G	G	G	S		B															T	T		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	D	E	E	S	Q	Y	Q	Q	I	L	T	H	L	T	K	V	N	P	H	L	R	L	L	G	L	T	A	T	P	F	R	L	G	K	G	W	I	Y	Q	F	H	Y	H	G	M	V	R	G	D	E	K	A	L	F	R	D	C	I	Y	E	L	P	L	R	Y	M	I	K	H	G	Y	L	T	P	P	E	R	L
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	R	K	L	V	D	I	Q	Y	A	R	N	D	I	D	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	D	V	V	E	I	F	P	A	S	R	D	E	H	C	V	R	V	E	F	F	G	D	E	I	E	R	I	R	E	V	D	A	L	T	G	E	I	L	G	D	R	D	H	V
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.								T	T					S	S	S			T	T						T	T							T	T		S	S								S	S	S	B									T	T	T								S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		170	.									.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	M	P	V	V	Q	Y	D	F	S	R	L	Q	A	Q	S	N	G	L	F	S	E	A	D	L	N	R	E	L	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	F	P	A	S	H	F	V	T	R	A	E	K	M	E	K	A	I	Q	N	I	E	K	E	L	E	E	Q	L	K	V	M	H	E	N	G	K	L	L	E	A	Q	R	L	E	Q	R	T	R	Y	D	L	E	M	M	R	E	M	G	F	C	S	G	I	E	N	Y	S	R	H	L	T	L	R	P	P	G	S	T
Template Known Secondary structure						S	S	S	S																												T	T																							S			T	T	G	G	G	G					T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Y	T	L	L	D	Y	F	P	D	D	F	M	I	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	V	R	G	M	F	N	G	D	Q	A	R	K	Q	V	L	V	D	H	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	R	F	E	E	F	E	K	H	M	H	N	I	V	Y	V	S	A	T	P	G	P	Y	E	I
Template Known Secondary structure			B		G	G	G	G	S		S	S							T																									T	T	S	S		G	G	G	G	G	S											T		S							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
																											234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.			.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Q	R	I	T	P	H	I	I	S	Q	I	M	E	F	A	A	T	R	K	G	V	M	I	F	A	A	T	V	E	H	A	K	E	I	V	G	L	L	.	.	P	A	E	D	A	A	L	I	T	G	D	T	P	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	H	T	D	E	M	V	E	Q	I	I	R	P	T	G	L	L	D	P	L	I	D	V	R	P	I	E	G	Q	I	D	D	L	I	G	E	I	Q	A	R	I	E	R	N	E	R	V	L	V	T	T	L	T	K	K	M	S	E	D	L	T	D	Y	L	K	E	I	G	I	K	V	N	Y	L	H	S	E	I	K	T
Template Known Secondary structure					S	S								T	T												S	T	T														T	T	T								S	S														T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.						330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		A	E	R	D	V	L	I	E	N	F	K	A	Q	R	F	R	Y	L	V	N	V	A	V	L	T	T	G	F	D	A	P	H	V	D	L	I	A	I	L	R	P	T	E	.	.	.	.	.	S	V	S	L	Y	Q	Q	I	V	G	R	G	L	R	L	A	P	G	K	T	D	C	L	I
Query Conservation																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	R	I	E	I	I	R	D	L	R	L	G	K	Y	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	I	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	A	E	G	R	V	I	M	Y	A
Template Known Secondary structure														T	S		S					S				S	T	T				T	T							T	T	T	T			T	T	T	T	S										T	T	T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.