Job Description P0ABH0 Confidence 99.81% Date Thu Jan 5 11:15:29 GMT 2012 Rank 24 Aligned Residues 340 % Identity 17% Template c3qb0C_ PDB info PDB header:structural protein Chain: C: PDB Molecule:actin-related protein 4; PDBTitle: crystal structure of actin-related protein arp4 from s. cerevisiae2 complexed with atp Resolution 3.40 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	I	K	A	T	D	R	K	L	V	V	G	L	E	I	G	T	A	K	V	A	A	L	V	G	E	V	L	P	D	G	M	V	N	I	I	G	V	G	S	C	P	S	R	G	M	D	K	G	G	V	N	D	L	E	S	V	V	K	C	V	Q	R	A	I	D	Q	A	E	L	M	A	D	C	Q	I	S	S	V	Y
Query Conservation
Alig confidence													.														.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.														.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	Y	G	G	D	E	V	S	A	V	V	.	I	D	P	G	S	Y	T	T	N	I	G	Y	S	.	G	S	D	F	P	Q	S	I	L	P	S	V	Y	G	K	Y	T	A	D	E	G	N	K	K	I	F	S	E	Q	S	I	G	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S					S				.					S	S							T	.	T		S	S		S					S						S	S		S	S							T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.														.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.		.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.		.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	L	S	G	K	H	I	S	C	Q	N	E	I	G	M	V	P	I	S	E	E	E	V	T	Q	E	D	V	E	N	V	V	H	T	A	K	S	V	R	V	R	D	E	H	R	V	L	H	V	I	P	Q	E	Y	A	I	D	Y	Q	E	G	I	K	N	P	V	G	L	S	G	V	R	M	Q	A	K	V	H	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	P	R	K	D	Y	E	L	K	P	I	I	E	N	G	L	V	I	D	W	D	T	A	Q	E	Q	W	Q	W	A	L	Q	N	E	L	Y	L	N	S	N	S	G	I	P	A	L	L	T	E	P	V	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.			T	T						S			T	T			S																T	S			S			T	T									T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.		.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.			.	230	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.																																																						.	.
Query SS confidence																	.																																																						.	.
Query Sequence		I	T	C	H	N	D	M	A	K	N	I	V	K	A	V	.	E	R	C	G	L	K	V	D	Q	L	I	F	A	G	L	A	S	S	Y	S	V	L	T	E	D	E	R	E	L	G	V	C	V	V	D	I	G	G	G	T	M	D	I	A	V	Y	T	G	G	A	L	R	H	.	.	T	K	V	I	P	Y	A	G	N
Query Conservation																	.																																																						.	.
Alig confidence		.	.	.													.																								.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation		.	.	.																																					.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	S	T	E	N	R	K	K	S	L	E	V	L	L	E	G	M	Q	F	E	A	C	Y	L	A	P	T	S	T	C	V	S	F	A	A	G	R	.	.	.	.	.	P	N	C	L	V	V	D	I	G	H	D	T	C	S	V	S	P	I	V	D	G	M	T	L	S	K	S	T	R	R	N	F	I	A	G	K
Template Known Secondary structure		.	.	.														T	T	S			S																T		.	.	.	.	.	S	S								S	S									T	T				G	G	G					S		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
					117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.						.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.								.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	V	T	S	D	I	A	Y	A	F	G	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	D	A	E	A	I	K	V	R	H	.	.	.	.	.	.	.	G	C	A	L	G	S	I	V	G	K	D	E	S	V	E
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	I	N	H	L	I	K	K	A	L	E	P	K	E	I	I	P	L	F	A	I	K	Q	R	K	P	E	F	I	K	K	T	F	D	Y	E	V	D	K	S	L	Y	D	Y	A	N	N	R	G	F	F	Q	E	C	K	E	T	L	C	H	I	C	P	T	K	T	L	E	E	T	K	T	E	L	S	S	T	A	K	R
Template Known Secondary structure											T	T	T	S					S	T	T					S	S	S							S	S														T									T					S	S												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	P	S	V	G	G	R	P	P	R	S	L	Q	R	Q	T	L	A	E	V	I	E	P	R	Y	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	N	L	V	N	E	E	I	L	Q	L	Q	E	K	L
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		S	I	E	S	P	W	N	E	E	I	V	F	D	N	E	T	R	Y	G	F	A	E	E	L	F	L	P	K	E	D	D	I	P	A	N	W	P	R	S	N	S	G	V	V	K	T	W	R	N	D	Y	V	P	L	K	R	T	K	N	N	E	L	I	G	L	A	D	L	V	Y	S	S	I	M	S	S	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						S	S	S																T	T	T	S			T	T	T	S		T	T	S				S	S							S																											T	S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.						.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	Q	G	V	K	H	H	L	A	A	G	I	V	L	T	G	G	A	A	Q	I	E	G	L	A	A	C	A	Q	R	V	F	.	.	.	.	.	H	T	Q	V	R	I	G	A	P	L	N	I	T	G	L	T	D	Y	A	Q	E	P	Y	Y	S	T	A	V	G	L	L	H	Y	G	K	E	S	H	L	N	G	E
Query Conservation																																			.	.	.	.	.
Alig confidence		.																																	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	D	V	D	L	R	A	T	L	A	H	N	V	V	L	T	G	G	T	S	S	I	P	G	L	S	D	R	L	M	T	E	L	N	K	I	L	P	S	L	K	F	R	I	L	T	T	G	H	.	.	.	.	.	.	.	T	I	E	R	Q	Y	Q	S	W	L	G	G	S	I	L	T	S	L	G	T	F	H	Q	L
Template Known Secondary structure		.		T	T	T						T	T					S	G	G	G	G	S	T	T													S	T	T	S								S		.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	G	S											T		S					T
Template Predicted Secondary structure		.																																																	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.								.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	V	E	K	R	V	T	A	S	V	G	S	W	I	K	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		W	V	G	K	K	E	Y	E	E	V	G	V	E	R	L	L	N
Template Known Secondary structure		S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.