Job Description P76577 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:24:46 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 465 % Identity 30% Template c3udiA_ PDB info PDB header:penicillin-binding protein/antibiotic Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 1a; PDBTitle: crystal structure of acinetobacter baumannii pbp1a in complex with2 penicillin g Resolution 2.60 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		41	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	R	V	V	V	A	Q	D	G	T	P	L	W	R	F	A	D	A	D	G	I	W	R	Y	P	V	T	I	E	D	V	S	P	R	Y	L	E	A	L	I	N	Y	E	D	R	W	F	W	K	H	P	G	V	N	P	F	S	V	A	R	A	A	W	Q	D	L	T	S	G	R	V	I	S	G	G	S	T	L	T
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	P	L	Q	V	Y	T	A	D	N	Q	L	I	A	E	Y	G	G	K	L	.	.	.	S	I	P	V	E	Y	K	Q	I	P	P	N	F	I	H	A	F	L	A	A	E	D	S	S	F	F	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T	S									S	B	.	.	.						G	G	G	S											S	S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.				.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	Q	V	A	R	L	L	D	P	H	P	K	T	F	G	G	K	I	R	Q	L	W	R	A	L	Q	L	E	W	H	L	S	K	R	E	I	L	T	L	Y	L	N	R	A	P	F	G	G	T	L	Q	G	I	G	A	A	S	W	A	Y	L	G	K	S	P	A	N	L	S	Y	S	E	A	A	M	L	A	V	L	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	K	E	D	I	L	S	L	Y	V	N	K	I	F	L	G	K	N	A	Y	G	I	A	A	A	A	K	I	Y	Y	N	K	S	I	N	E	L	S	I	A	Q	M	A	M	I	A	G	L	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	T		B		S	T	T	B	B	S										S			G	G	G											T	S	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250			.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.											.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	A	P	S	R	L	R	P	D	R	W	P	E	R	A	E	A	A	R	N	K	V	L	E	R	M	A	V	Q	G	V	W	S	R	E	Q	V	K	E	S	R	E	E	P	I	W	L	A	P	R	.	.	Q	M	P	Q	L	A	P	L	F	S	R	M	M	L	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K
Query Conservation																																																				.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																				.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	P	S	K	Y	N	P	V	V	N	P	E	R	A	L	E	R	R	N	W	I	L	G	R	M	L	Q	L	G	Y	I	S	Q	A	E	Y	Q	K	A	V	A	E	P	I	N	L	N	M	P	N	R	D	L	N	N	I	H	P	Y	A	G	E	M	V	R	S	E	L	V	K	H	F	G	E	Q	A	I	D	S
Template Known Secondary structure		T		T	T	T	S		T	T	T																			T	T	S	S										T															S	S																	G	G	G	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	D	K	I	T	T	T	L	D	A	G	L	Q	R	R	L	E	E	L	A	Q	N	W	K	G	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Y	K	V	Y	T	T	I	N	A	K	R	Q	A	I	A	E	K	A	V	Q	D	G	L	E	A	Y	D	R	R	H	G	W	R	G	A	E	A	H	D	K	P	L	S	E	F	R	A	Y	A	N	T	Y	P	A	Q	V	T	K	V	N	S	S	S	F	E	A	L	M	Q	D	G	S	T	V	T	V	Q	W	S
Template Known Secondary structure																																		B				S			S			G	G	G				B	T	T	B										S	S							T	T	S							G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
																																																296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	P	R	S	S	L	A	M	I	V	V	D	H	T	D	M	R	V	R	G	W	V	G	S	V	D	L	N	D	D	S	R	F	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		G	M	S	W	A	R	P	Y	R	N	A	N	S	V	G	A	A	P	S	R	A	S	Q	I	V	K	V	K	D	I	V	R	L	R	P	N	E	A	K	T	A	W	S	L	V	Q	V	P	K	V	Q	G	Q	L	I	A	I	N	P	N	D	G	S	I	E	A	I	V	G	G	Y	N	F	Y	Q	S	K	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	T	T	T			B				T	T							S	S	G	G	G	T			T	T									S	S	S	S									S	S									T	T	T		B							S	S		T	T	T			.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	V	D	M	V	N	S	I	R	S	P	G	S	V	L	K	P	F	V	Y	G	L	A	L	D	E	G	L	I	H	P	A	S	L	L	Q	D	V	P	R	R	T	G	D	Y	R	P	G	N	F	D	S	G	F	H	G	P	I	S	M	S	E	A	L	V	R	S	L	N	L	P	A	V	Q	V	L	E	A	Y	G
Query Conservation
Alig confidence																													.
Template Conservation																													.
Template Sequence		F	N	R	A	L	Q	G	W	R	Q	P	G	S	T	I	K	P	F	L	Y	A	L	A	L	E	R	G	.	M	T	P	Y	S	M	V	N	D	S	P	I	T	I	G	K	W	T	P	K	N	S	D	G	R	Y	L	G	M	I	P	L	R	R	A	L	Y	L	S	R	N	T	V	S	V	R	L	L	Q	T	V	G
Template Known Secondary structure										B			G	G	G	G											T	T	.			T	T	S									T	T	T						T	T	S														T	T
Template Predicted Secondary structure																													.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.		.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	K	R	F	A	A	K	L	R	N	V	G	L	P	L	Y	L	P	N	G	A	A	P	N	L	S	L	I	L	G	G	A	G	A	K	L	E	D	M	A	A	A	Y	T	A	F	A	R	H	G	K	A	G	K	L	R	L	Q	P	D	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.
Template Sequence		I	E	R	T	R	Q	L	F	M	D	F	G	L	Q	E	D	Q	I	P	R	N	.	.	.	Y	T	I	A	L	G	T	P	Q	V	L	P	I	Q	M	A	T	G	Y	A	T	F	A	N	G	G	Y	R	V	Q	P	H	F	I	Q	R	I	E	D	A	Y	G	K	V	I	Y	E	A	K	P	E	Y	A	C	I	P
Template Known Secondary structure											T	T	T			G	G	G	S		S	S	.	.	.	G	G	G	G	G	T		S		B															T	S	B					B								S	S	S										B	S		S	G
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.				.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
							472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																																											.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																																																											.
Query Sequence		.	.	.	.	.	L	L	E	R	P	L	M	S	S	G	A	A	W	I	I	R	R	I	M	A	D	E	A	Q	P	L	P	D	S	A	L	P	R	V	A	P	L	A	W	K	T	G	T	S	Y	G	Y	R	D	A	W	A	I	G	V	N	A	R	Y	V	I	G	I	W	T	G	R	P	D	G	T	P	V	V	.
Query Conservation		.	.	.	.	.																																																																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																.	.																																										.
Template Conservation																																						.	.
Template Sequence		C	I	N	A	Y	R	Q	A	Q	R	I	L	K	S	S	S	A	Y	D	M	A	N	I	L	R	D	V	I	E	H	G	T	G	K	I	G	.	.	R	S	D	L	G	G	K	T	G	T	T	N	D	A	K	D	A	W	F	A	G	F	N	G	K	L	V	T	V	T	W	V	G	F	D	Q	P	T	T	L	G	R
Template Known Secondary structure		G	G					B			B		S																		T	S					S	.	.		S	S									G	G	G										T	T										S	S						T
Template Predicted Secondary structure																																						.	.
Template SS confidence
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.			.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.
		546	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Q	F	G	F	A	S	A	V	P	L	L	N	Q	V	N	N	I	L	L	S	R	S	A	N	L	P	E	D	P	R	P	N
Query Conservation
Alig confidence																										.	.
Template Conservation																										.	.
Template Sequence		R	E	Y	G	G	I	A	A	L	P	I	W	I	N	F	M	G	Q	A	L	Q	G	T	P	.	.	A	A	W	V	R	L	E
Template Known Secondary structure		T							T													T	T			.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.
Template SS confidence
		705	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.			.	730	.	.	.	.	.