Job Description P76577 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:24:46 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 436 % Identity 18% Template c3pbqA_ PDB info PDB header:hydrolase/antibiotic Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 3; PDBTitle: crystal structure of pbp3 complexed with imipenem Resolution 1.70 Å

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		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	N	P	A	R	V	V	V	A	Q	D	G	T	P	L	W	R	F	A	D	A	D	G	I	W	R	Y	P	V	T	I	E	D	V	S	P	R	Y	L	E	A	L	I	N	Y	E	D	R	W	F	W	K	H	P	G	V	N	P	F	S	V	A	R	A	A	W	Q	D	L	T	S	G	R	V	I	S	G	G	S	T
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	A	H	R	G	L	I	T	D	R	N	G	E	P	L	A	V	S	T	P	V	T	.	.	.	T	L	W	A	N	P	K	E	L	M	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	E
Template Known Secondary structure											T	T	S											.	.	.										T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80				.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.																																										.	.	.
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	M	Q	V	A	R	L	L	D	P	H	P	K	T	F	G	G	K	I	R	Q	L	W	R	A	L	Q	L	E	W	H	L	S	K	R	E	I	L	T	L	Y	L	N	R	A	P	F	G	G	T	L	Q	G	I	G	A	A	S	W	A	Y	L	G	K	S	P	A	N	L	S	Y	S	E	A	A	M	L	A	V
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	W	P	Q	L	A	A	A	L	G	Q	D	T	K	L	F	A	D	R	I	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	E	R	E	F	I	Y	L	V	R	G	L	T	P	E	Q	G	E	G	V	I	A
Template Known Secondary structure		G								T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T		S																		T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		199								200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.										.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	A	P	S	R	L	R	P	D	R	W	P	E	R	A	E	A	A	R	N	K	V	L	E	R	M	A	V	Q	G	V	W	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	Q	V	K	E	S	R	E	E	P	I	W	L	A	P	R	Q	M	P	Q	L	A	P	L	F	S	R	M
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.
Template Sequence		L	K	V	P	G	V	Y	S	I	E	E	F	R	R	F	Y	P	A	G	E	V	V	A	H	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	T	D	V	D	D	R	G	R	E	G	I	E	L	A	F	D	E	W	L	A	G	V	P	G	K	R	Q	V	L	K	D	R	V	Q	.	.	.	.	.	V
Template Known Secondary structure		T			T	T												T	T	G	G	G	G					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B		T	T	S		B		S						T							B													.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.													.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.						.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.							.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	L	G	K	S	K	S	D	K	I	T	T	T	L	D	A	G	L	Q	R	R	L	E	E	L	A	Q	N	W	K	G	R	L	P	P	R	S	S	L	A	M	I	V	V	D	H	T	D	M	R	V	R	G	W	V	G	S	V	D	L	N	D	D	S	R	F	G	H	V	D	.	.	.	.	.	.	M	V	N	S
Query Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.																																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.
Template Sequence		T	K	N	A	K	P	G	K	T	L	A	L	S	I	D	L	R	L	Q	Y	L	A	H	R	E	L	R	N	A	L	L	E	N	G	A	K	A	.	G	S	L	V	I	M	D	V	K	T	G	E	I	L	A	M	T	N	Q	P	T	Y	N	P	N	N	R	R	N	L	Q	P	A	A	M	R	N	R	A	M	I	D
Template Known Secondary structure			S			B							B	S																				T	T				.								T	T	T		B								S				T	T			S	S			T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																							.
Template SS confidence
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.		.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.			.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.
Query SS confidence																																		.	.
Query Sequence		I	R	S	P	G	S	V	L	K	P	F	V	Y	G	L	A	L	D	E	G	L	I	H	P	A	S	L	L	Q	D	V	P	.	.	R	R	T	G	D	Y	R	P	G	N	F	D	S	G	F	H	G	P	I	S	M	S	E	A	L	V	R	S	L	N	L	P	A	V	Q	V	L	E	A	Y	G	P	K	R	F	A
Query Conservation																																		.	.
Alig confidence																																		.	.													.
Template Conservation																																																.
Template Sequence		V	F	E	P	G	S	T	V	K	P	F	S	M	S	A	A	L	A	S	G	R	W	K	P	S	D	I	V	D	V	Y	P	G	T	L	Q	I	G	R	Y	T	I	R	D	V	S	.	R	N	S	R	Q	L	D	L	T	G	I	L	I	K	S	S	N	V	G	I	S	K	I	A	F	D	I	G	A	E	S	I	Y
Template Known Secondary structure			B	B		G	G	G	G											T	T	S			T	T						T	T	S					T	T						S	S	.				S										T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.
Template SS confidence
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.		.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.
Query Sequence		A	K	L	R	N	V	G	L	P	L	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	N	G	A	A	P	N	L	S	L	I	L	G	G	A	G	A	K	L	E	D	M	A	A	A	Y	T	A	F	A	R	H	G	K	A	G	K	L	R	L	Q	P	D	D	P	L	L	E	.	R
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.																																			.
Template Conservation																																													.
Template Sequence		S	V	M	Q	Q	V	G	L	G	Q	D	T	G	L	G	F	P	G	E	R	V	G	N	L	P	N	H	R	K	W	P	K	A	E	T	A	T	L	A	Y	G	Y	G	.	L	S	V	T	A	I	Q	L	A	H	A	Y	A	A	L	A	N	D	G	K	S	V	P	L	S	M	T	R	V	D	R	V	P	D	G	V
Template Known Secondary structure							T	T	T	T	S			S				T	T					B					S	S											T	T		S	.		B	B														T	T	T						B	S	B			S	S
Template Predicted Secondary structure																																													.
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410		.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.		.	.	.	.	500	.	.	.		.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.					.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.									.																		.							.	.	.	.
Query SS confidence																						.									.																		.							.	.	.	.
Query Sequence		P	L	M	S	S	G	A	A	W	I	I	R	R	I	M	A	D	E	A	Q	.	P	L	P	D	S	A	L	P	.	R	V	A	P	L	A	W	K	T	G	T	S	Y	G	Y	R	D	.	A	W	A	I	G	V	.	.	.	.	N	A	R	Y	V	I	G	I	W	T	G	R	P	D	G	T	P	V	V	G	Q	F
Query Conservation																						.									.																		.							.	.	.	.
Alig confidence																						.									.																		.							.	.	.	.																	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.
Template Sequence		Q	V	I	S	P	E	V	A	S	T	V	Q	G	M	L	Q	Q	V	V	E	A	Q	G	G	V	F	R	A	Q	V	P	G	Y	H	A	A	G	K	S	G	T	A	R	K	N	A	Y	R	S	L	F	A	G	F	A	P	A	T	D	P	R	I	A	M	V	V	V	I	D	E	P	S	K	A	.	.	.	G	Y	F
Template Known Secondary structure				S																		S	T	T	S		G	G	G		B	T	T	B																							S	T	T	S														S	S	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.
Template SS confidence
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520				.	.	.
		549	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	F	A	S	A	V	P	L	L	N	Q	V	N	N	I	L	L	S	R	S	A	N	L	P	E	D	P	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	G	L	V	S	A	P	V	F	S	K	V	M	A	G	A	L	R	L	M	N	V	P	P	D	N	L	P
Template Known Secondary structure						T															T	T						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.