Job Description P76577 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:24:46 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 558 % Identity 23% Template c3dwkC_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2; PDBTitle: identification of dynamic structural motifs involved in2 peptidoglycan glycosyltransfer Resolution 3.10 Å

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		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	V	N	P	A	R	V	V	V	A	Q	D	G	T	P	L	W	R	F	A	D	A	D	G	I	W	R	Y	P	V	T	I	E	D	V	S	P	R	Y	L	E	A	L	I	N	Y	E	D	R	W	F	W	K	H	P	G	V	N	P	F	S	V	A	R	A	A	W	Q	D	L	T	S	G	R	V	I	S	G	G	S
Query Conservation
Alig confidence																					.	.
Template Conservation																					.	.
Template Sequence		Q	D	P	I	P	A	K	I	Y	D	K	N	G	E	L	V	K	T	L	.	.	D	N	G	Q	R	H	E	H	V	N	L	K	D	V	P	K	S	M	K	D	A	V	L	A	T	E	D	N	R	F	Y	E	H	G	A	L	D	Y	K	R	L	F	G	A	I	G	K	N	L	T	G	G	F	G	S	E	G	A	S
Template Known Secondary structure					B							T	T	S							.	.		S	S		B						G	G	G	S														G	G	G	T	T												T	T	T	T	T	T	T	S		S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.
Template SS confidence
		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.			.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
		118	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.
Query SS confidence											.
Query Sequence		T	L	T	M	Q	V	A	R	L	.	L	D	P	H	P	K	T	F	G	G	K	I	R	Q	L	W	R	A	L	Q	L	E	W	H	L	S	K	R	E	I	L	T	L	Y	L	N	R	A	P	F	G	G	T	L	Q	G	I	G	A	A	S	W	A	Y	L	G	K	S	P	A	N	L	S	Y	S	E	A	A	M	L
Query Conservation											.
Alig confidence											.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	T	Q	Q	V	V	K	D	A	F	L	S	Q	H	K	S	I	G	R	K	A	Q	E	A	Y	L	S	Y	R	L	E	Q	E	Y	S	K	D	D	I	F	Q	V	Y	L	N	K	I	Y	Y	S	D	G	V	T	G	I	K	A	A	A	K	Y	Y	F	N	K	D	L	K	D	L	N	L	A	E	E	A	Y	L
Template Known Secondary structure																	S		S	S																S													S	B		S	T	T	B	B	S									T				S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250													.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	V	L	P	Q	A	P	S	R	L	R	P	D	R	W	P	E	R	A	E	A	A	R	N	K	V	L	E	R	M	A	V	Q	G	V	W	S	R	E	Q	V	K	E	S	R	E	E	P	I	W	L	A	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	M	P	Q	L	A	P	L	F	S	R	M	M	L
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	L	P	Q	V	P	N	N	Y	N	I	Y	D	H	P	K	A	A	E	D	R	K	N	T	V	L	Y	L	M	H	Y	H	K	R	I	T	D	K	Q	W	E	D	A	K	K	I	D	L	K	A	N	L	V	N	R	T	P	E	E	R	Q	N	I	D	T	N	Q	D	S	E	Y	N	S	Y	V	N	F	V	K
Template Known Secondary structure				G	G	G	S						T	T	T																			T	T	S	S									T	T	S		S	G	G	G						T	T	G	G	G						T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
		265	.																	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K	S	D	K	I	T	T	T	L	D	A	G	L	Q	R	R	L	E	E	L	A	Q	N	W	K	G	R	L	P	P	R	S	S	L	A	M	I	V	V	D	H	T	D	M	R	V	R	G	W	V	G	S	V	D	L	N	D	D	S	R	F
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																													.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		S	E	L	M	N	N	K	A	F	K	D	E	N	L	G	N	V	L	Q	S	G	I	K	I	Y	T	N	M	D	K	D	V	Q	K	T	L	Q	N	D	V	D	N	G	S	F	Y	K	N	K	D	Q	Q	V	G	A	T	I	L	D	S	K	T	G	G	L	V	A	I	S	G	G	R	D	F	K	D	V	V	.	.
Template Known Secondary structure					T	T	S	S	T	T	S	S	S						T	T	B	T																							S			S	S	T	T										T	T	T		B							S	T	T			T	T	T	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.																						.
Query SS confidence																						.																						.
Query Sequence		G	H	V	D	M	V	N	S	I	R	S	P	G	S	V	L	K	P	F	V	.	Y	G	L	A	L	D	E	G	L	I	H	P	A	S	L	L	Q	D	V	P	R	.	R	T	G	D	Y	R	P	G	N	F	D	S	G	F	H	G	P	I	S	M	S	E	A	L	V	R	S	L	N	L	P	A	V	Q	V	L	E
Query Conservation																						.																						.
Alig confidence		.																				.																						.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	N	R	N	Q	A	T	D	P	H	P	T	G	S	S	L	K	P	F	L	A	Y	G	P	A	I	E	N	M	K	W	A	T	N	H	A	I	Q	D	E	S	S	Y	Q	V	D	G	S	T	F	R	N	Y	D	T	K	S	H	G	T	V	S	I	Y	D	A	L	R	Q	S	F	N	I	P	A	L	K	A	W	Q
Template Known Secondary structure		.	S			T	T	T	S					G	G	G	G					T								S				T	T	B						S			B	S	S	S		B				T	T															T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.			440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.											470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	G	P	K	R	F	A	A	K	L	R	N	V	G	L	P	L	Y	L	P	N	G	A	A	P	N	L	S	L	I	L	G	.	.	G	A	G	A	K	L	E	D	M	A	A	A	Y	T	A	F	A	R	H	G	K	A	G	K	L	R	L	Q	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	L	L	E
Query Conservation																																			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	V	K	Q	N	A	G	N	D	A	P	K	K	F	A	A	K	L	G	L	N	Y	E	G	D	I	G	P	S	E	V	L	G	G	S	A	S	E	F	S	P	T	Q	L	A	S	A	F	A	A	I	A	N	G	G	T	Y	N	N	A	H	S	I	Q	K	V	V	T	R	D	G	E	T	I	E	Y	D	H	T	S
Template Known Secondary structure							S		T	T									T	T				S	S								T	T		T	T																T	T	T	S						B								S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		465	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.		.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.															.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.								.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.								.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	L	M	S	S	G	A	A	W	I	I	R	R	I	M	A	D	E	A	Q	P	.	L	P	D	S	A	L	P	.	R	V	A	P	L	A	W	K	T	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	G	Y	R	D	A	W	A	I	G	V	N	A	R	Y	V	I	G	I	W	T	G	R
Query Conservation																								.								.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.								.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	K	A	M	S	D	Y	T	A	Y	M	L	A	E	M	L	K	G	T	F	K	P	Y	G	S	A	Y	G	H	G	V	S	G	V	N	M	G	A	K	T	G	T	G	T	Y	G	A	E	T	Y	S	Q	Y	N	L	P	D	N	A	A	K	D	V	W	I	N	G	F	T	P	Q	Y	T	M	S	V	W	M	G	F
Template Known Secondary structure					S														T	T	S	S	T	T	S	T	T	T	T		S		S	S														T	T					T	T			T	T												S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.
		539	540	.	.	.	.	.	.						.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.		.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																																						.
Query SS confidence										.	.	.	.	.																																						.
Query Sequence		P	D	G	T	P	V	V	G	.	.	.	.	.	Q	F	G	F	A	S	A	V	P	L	L	N	Q	V	N	N	I	L	L	S	R	S	A	N	L	P	E	D	P	R	P	N	S	V	T	R	G	.	V	I	C	W	P	G	G	Q	S	L	P	E	G	D	G	N	C	R	R	R	L	A
Query Conservation										.	.	.	.	.																																						.
Alig confidence										.	.	.	.	.																			.	.																		.										.	.	.
Template Conservation																																	.	.																												.	.	.
Template Sequence		S	K	V	K	Q	Y	G	E	N	S	F	V	G	H	S	Q	Q	E	Y	P	Q	F	L	Y	E	N	V	M	S	K	I	.	.	S	S	R	D	G	E	D	F	K	R	P	S	S	V	S	G	S	I	P	S	I	N	V	S	G	S	Q	.	.	.	D	N	N	T	T	N	R	S	T	H
Template Known Secondary structure		S	S			G	G	G	T	T	S								T														.	.	S			S								T	T					T	T					T	T	B		.	.	.		S	S	B
Template Predicted Secondary structure																																	.	.																												.	.	.
Template SS confidence
		625	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.			.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.				.	.	.	.	.	.	.	690	.	.