Job Description P76577 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:24:46 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 510 % Identity 14% Template c2wadB_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: B: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2b; PDBTitle: penicillin-binding protein 2b (pbp-2b) from streptococcus2 pneumoniae (strain 5204) Resolution 2.18 Å

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		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.														.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	H	E	V	N	P	A	R	V	V	V	A	Q	D	G	T	P	L	W	R	F	A	D	A	D	G	I	W	R	Y	P	V	T	I	E	D	V	S	P	R	Y	L	E	A	L	I	N	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	W	F	W	K	H	P	G	V	N	P	F	S	V	A	R
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.
Template Sequence		K	V	T	T	S	S	A	R	G	E	I	Y	D	A	S	G	K	P	L	V	E	N	T	L	K	Q	.	.	.	V	V	S	F	T	R	S	N	K	M	T	A	T	D	L	K	E	I	A	K	K	L	L	T	Y	V	S	I	S	S	P	N	L	T	E	R	Q	L	A	D	Y	Y	L	A	D	P	E	I	Y	K	K
Template Known Secondary structure															T	T	S		B	S								.	.	.								T	T															T	T																			T	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.
Template SS confidence
		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.				.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.							.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	A	W	Q	D	L	T	S	G	R	V	I	S	G	G	S	T	L	T	M	Q	V	A	R	L	L	D	P	H	P	K	T	F	G	G	K	I	R	Q	L	W	R	.	.	.	.	.	.	A	L	Q	L	E	W	H	L	S	K	R	E	I	L	T	L	Y	L	N	R	A	P	F	G	G	T	L	Q	G	I	G	A
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation																																																																									.
Template Sequence		T	V	E	A	L	P	S	E	S	E	L	Y	N	N	A	V	D	S	V	P	T	S	Q	L	N	Y	T	E	D	E	K	K	E	I	Y	L	F	S	Q	L	N	A	V	G	N	F	A	T	G	T	I	A	T	D	P	L	N	D	S	Q	V	A	V	I	A	S	I	S	K	E	M	.	P	G	I	S	I	S	T	S
Template Known Secondary structure				S	S	S					S								T	S	S		S						T	T													T	S		T	T								S				T	T									G	G	G	S	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																									.
Template SS confidence
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200		.	.	.	.	.	.	.	.
		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	S	W	A	Y	L	G	K	S	P	A	N	L	S	Y	S	E	A	A	M	L	A	V	L	P	Q	A	P	S	R	L	R	P	D	R	W	P	E	R	A	E	A	A	R	N	K	V	L	E	R	M	A	V	Q	G	V	W	S	R	E	Q	V	K	E	S	R	E	E	P	I	W	L	A	P	R	Q	M	P	Q	L
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.
Template Sequence		W	D	R	K	I	L	E	T	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	I	V	G	S	V	S	S	E	K	A	G	L	P	A	E	E	A	E	S	Y	L	K	K	G	Y	S	L	N	D	R	V	G	T	S	Y	L	.	.	E	K	Q	Y	E	E	V	L	Q	G	K	R	P	V	K	E	I	H	L	D	K	H
Template Known Secondary structure								S	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.							B			T	T	T		S		G	G	G								T			S	S				B		S			.	.				T					S		B										S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.
Template SS confidence
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230									.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.			.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.		.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.							.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.																														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.																														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	L	F	S	R	M	M	L	G	K	.	S	K	S	D	K	I	T	T	T	L	D	A	G	L	Q	R	R	L	E	E	L	A	Q	N	W	K	G	R	L	.	.	.	.	.	.	P	P	R	S	S	L	A	M	I	V	V	D	H	T	D	M	R	V	R	G	W	V	G	S	V	D	L	N	D	D	S	R	F
Query Conservation													.																														.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.																														.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	M	E	S	V	E	N	I	E	E	G	S	K	G	K	N	I	K	L	T	I	D	L	A	F	Q	D	S	V	D	A	L	L	K	S	Y	F	N	S	E	L	G	N	G	G	A	K	Y	S	E	G	V	Y	A	V	A	L	N	P	Q	T	G	A	V	L	S	M	S	G	L	K	H	D	L	K	T	G	E	L
Template Known Secondary structure		S												B								S																								S	T	T	T	T											T	T	T		B											T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
		329			330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.				.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.																																																	.	.	.
Query SS confidence			.	.																																																	.	.	.
Query Sequence		G	.	.	H	V	D	M	V	N	S	I	R	S	P	G	S	V	L	K	P	F	V	Y	G	L	A	L	D	E	G	L	I	H	P	A	S	L	L	Q	D	V	P	R	R	T	G	D	Y	R	P	G	.	.	.	N	F	D	S	G	F	H	G	P	I	S	M	S	E	A	L	V	R	S	L	N	L	P	A	V	Q
Query Conservation			.	.																																																	.	.	.
Alig confidence			.	.																																																	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	P	D	S	L	G	T	V	T	N	V	F	V	P	G	S	V	V	K	A	A	T	I	S	S	G	W	E	N	G	V	L	S	G	N	Q	T	L	T	D	Q	P	I	V	F	Q	G	S	A	P	I	Y	S	W	Y	K	L	A	Y	G	S	F	P	I	T	A	V	E	A	L	E	Y	S	S	N	A	Y	V	V	Q
Template Known Secondary structure					T	T							B			G	G	G	G											T	T	S			S	S								B		B	T	T	S			B			T	T	T	T	T	T		S												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
		404	.	.	.	.	.																			410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.															.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.		440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query Sequence		V	L	E	A	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	K	R	F	A	A	K	L	R	N	V	G	L	P	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	N	G	A	A	P	N	L	S	L	I	L	G	.	G	A	G	A	K	L	E	D	M	A	A
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation
Template Sequence		T	A	L	G	I	M	G	Q	T	Y	Q	P	N	M	F	V	G	T	S	N	L	E	S	A	M	G	K	L	R	S	T	F	G	E	Y	G	L	G	S	A	T	G	I	D	L	P	D	E	S	T	G	L	V	P	K	E	Y	N	F	A	N	F	I	T	N	A	F	G	Q	F	D	N	Y	T	P	M	Q	L	A	Q
Template Known Secondary structure							T	T					T	T	B					T	T														T	T	T	T	T	S					S	S	S						B			S	S										T	T	T	S	S	S	B	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.					.	.	.	500	.	.			.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.							.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.							.	.
Query Sequence		A	Y	T	A	F	A	R	H	G	K	A	G	K	L	R	L	Q	P	D	D	P	L	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	L	M	S	S	G	A	A	W	I	I	R	R	I	M	A	D	E	A	Q	P	.	.	.	.	L	P	D	S	A	L	.	.	P	R	V	A
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.							.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.							.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	V	A	T	I	A	N	N	G	V	R	L	A	P	H	I	V	E	G	I	Y	D	N	N	D	K	G	G	L	G	E	L	I	Q	A	I	D	T	K	E	I	N	K	V	N	I	S	E	S	D	M	A	I	L	H	Q	G	F	Y	Q	V	S	H	G	T	S	P	L	T	T	G	R	A	F	S	D	G	A	T	V
Template Known Secondary structure								T	T	T						B	S									T	T	S	S																	S	S																				S	T	T				G	G	G	T	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
		507	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.					.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.
Query Sequence		P	L	A	W	K	T	G	T	S	Y	G	Y	R	D	A	W	A	I	G	V	N	A	.	.	.	.	R	Y	V	I	G	I	W	T	G	R	P	D	G	T	P	V	V	G	Q	F	G	F	A	S	A	V	P	L	L	N	Q	V	N	N	I	L	L	S	R	S	A
Query Conservation																								.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.									.	.	.	.												.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	I	S	G	K	T	G	T	N	.	.	.	.	.	T	N	A	V	A	Y	A	P	T	E	N	P	Q	I	A	V	A	V	V	F	P	H	N	.	.	.	.	.	.	T	N	L	T	K	N	V	G	P	A	I	A	R	D	I	I	N	L	Y	N	Q	H	H	P
Template Known Secondary structure											.	.	.	.	.								S	T	T	S										T	T		.	.	.	.	.	.			S	S																			S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.						620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.							.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.