Job Description P76577 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:24:46 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 404 % Identity 19% Template c2jciA_ PDB info PDB header:drug-binding protein Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 1b; PDBTitle: structural insights into the catalytic mechanism and the2 role of streptococcus pneumoniae pbp1b Resolution 2.5 Å

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		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	N	L	S	Y	S	E	A	A	M	L	A	V	L	P	Q	A	P	S	R	L	R	P	D	R	W	P	E	R	A	E	A	A	R	N	K	V	L	E	R	M	A	V	Q	G	V	W	S	R	E	Q	V	K	E	S	R	E	E	P	I	W	L	A	P	R	Q	M	P	Q	L	A	P	L	F	S	R	M	M	L
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	S	E	I	T	Y	S	D	G	T	V	I	A	S	I	D	Y	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	F	T	T	L	A	E	A	Q	E	R	M	Y	D	Y	L	A	Q	R	D	N	V	S	A	K	E	L	K	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	Q	K	F	Y	R	D	L	A	A
Template Known Secondary structure								T	T	S											.	.	.	.	.	.	.	.																			T	T			T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.									.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.														.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		265	.			.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.				300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.																																		.	.	.
Query SS confidence				.	.																																		.	.	.
Query Sequence		G	K	.	.	S	K	S	D	K	I	T	T	T	L	D	A	G	L	Q	R	R	L	E	E	L	A	Q	N	W	K	G	R	L	P	P	R	S	.	.	.	S	L	A	M	I	V	V	D	H	T	D	M	R	V	R	G	W	V	G	S	V	D	L	N	D	D	S	R	F	G	H	V	D	M	V	N	S	I	R	S
Query Conservation				.	.																																		.	.	.
Alig confidence				.	.																																		.	.	.																												.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.
Template Sequence		K	E	I	E	N	G	G	Y	K	I	T	T	T	I	D	Q	K	I	H	S	A	M	Q	S	A	V	A	D	Y	G	Y	L	L	D	D	G	T	G	R	V	E	V	G	N	V	L	M	D	N	Q	T	G	A	I	L	G	F	V	G	G	R	N	Y	Q	E	N	Q	.	.	.	N	N	H	A	F	D	T	K	R	S
Template Known Secondary structure							S							S																	G	G	G	G			S	S	S											T	T	T		B								S		T	T	T			.	.	.			T	T	T	T			B
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.				.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
		340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.		.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.			.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.																													.																																				.	.
Query SS confidence											.																													.																																				.	.
Query Sequence		P	G	S	V	L	K	P	F	V	.	Y	G	L	A	L	D	E	G	L	I	H	P	A	S	L	L	Q	D	V	P	R	R	T	G	D	Y	R	P	.	G	N	F	D	S	G	F	H	G	P	I	S	M	S	E	A	L	V	R	S	L	N	L	P	A	V	Q	V	L	E	A	Y	G	P	K	.	.	R	F	A	A
Query Conservation											.																													.																																				.	.
Alig confidence											.																													.																																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	A	S	T	T	K	P	L	L	A	Y	G	I	A	I	D	Q	G	L	M	G	S	E	T	I	L	S	N	Y	P	T	N	F	A	N	G	N	P	I	M	Y	A	N	S	K	G	T	G	M	M	T	L	G	E	A	L	N	Y	S	W	N	I	P	A	Y	W	T	Y	R	M	L	R	E	N	G	V	D	V	K	G
Template Known Secondary structure			G	G	G	G					T							T	T	S			T	T						S			B		T	T	S		B			B	T	T	B				S											T		S													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.		.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.												470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	R	N	V	G	L	P	L	Y	L	P	N	G	A	A	P	N	L	S	L	I	L	.	G	G	A	G	A	K	L	E	D	M	A	A	A	Y	T	A	F	A	R	H	G	K	A	G	K	L	R	L	Q	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	L	L	E	R	P	L	M	S	S	G	A	A
Query Conservation																									.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.						.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.
Template Sequence		Y	M	E	K	M	G	Y	E	I	P	E	Y	G	I	.	.	.	.	E	S	L	P	M	G	G	G	I	E	V	T	V	A	Q	H	T	N	G	Y	Q	T	L	A	N	N	G	V	Y	H	Q	K	H	V	I	S	K	I	E	A	A	D	G	R	V	V	Y	E	Y	Q	D	K	P	V	Q	V	Y	S	K	A	T	A
Template Known Secondary structure						T	T				S					.	.	.	.	T	T	G	G	G	T	T	T			B														T	T	T						B	S							T	T	S														S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.
Template SS confidence
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.					.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.											.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	I	I	R	R	I	M	A	D	E	A	Q	P	L	P	D	S	A	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	A	P	L	A	W	K	T	G	T	S	Y	G	Y	R	D	A	W	A	I	G	V	N	A	R	Y	V	I	G	I	W	T	G	R	P	D	G	T	P	V	V	G	Q	F	G	F	A	S	A
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	I	M	Q	G	L	L	R	E	V	L	S	S	R	V	T	T	T	F	K	S	N	L	T	S	L	N	P	T	L	A	N	A	D	W	I	G	K	T	G	T	T	N	Q	D	E	N	M	W	L	M	L	S	T	P	R	L	T	L	G	G	W	I	G	H	D	D	N	H	S	L	S	Q	Q	A	G	Y	S	N	N
Template Known Secondary structure														T	T	S	S																T	S										G	G	G										S	S										T	T						T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		614	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.
		554	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570				.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.										.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	P	L	L	N	Q	V	N	N	I	L	L	S	R	S	A	N	.	.	.	L	P	E	D	P	R	P	N	S	V	T	R	G	V	I	C	W	P	G	G	Q	S	L	P	E	G	D	G	N	C	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	A	T	W	L	L	D	G	S	Q	P	P	T	L	L	L
Query Conservation																			.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.																							.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.
Template Sequence		S	N	Y	M	A	H	L	V	N	A	I	Q	Q	A	S	P	S	I	W	G	N	E	R	F	A	L	D	P	S	V	V	K	S	E	V	L	K	S	T	G	Q	K	.	.	.	P	G	K	V	S	V	E	G	K	E	V	E	V	T	G	S	T	V	T	S	Y	W	A	N	K	S	G	A	P	A	T	S	Y
Template Known Secondary structure																S	T	T	S	S									T	T								T	T	T	S	S	B	.	.	.							S	S	S						S								S	S	S	S				B			T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.
Template SS confidence
		694	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.				.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.