Job Description P76577 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:24:46 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 463 % Identity 15% Template c1pmdA_ PDB info PDB header:peptidoglycan synthesis Chain: A: PDB Molecule:peptidoglycan synthesis multifunctional enzyme; PDBTitle: penicillin-binding protein 2x (pbp-2x) Resolution 3.50 Å

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		45	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	A	Q	D	G	T	P	L	W	R	F	A	D	A	D	G	I	W	R	Y	P	V	T	I	E	D	V	S	P	R	Y	L	E	A	L	I	N	Y	E	D	R	W	F	W	K	H	P	G	V	N	P	F	S	V	A	R	A	A	W	Q	D	L	T	S	G	R	V	I	S	G	G	S	T	L	T	M	Q	V	A
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	Y	D	R	N	G	V	P	I	A	E	D	A	T	S	Y	.	.	.	N	V	Y	A	V	I	D	E	N	Y	K	S	A	T	G	K	I	L	Y	V	E	K	T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T	S					B						.	.	.						B		S	S				T	T	T			S	S			S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.				.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	L	D	P	H	P	K	T	F	G	G	K	I	R	Q	L	W	R	A	L	Q	L	E	W	H	L	S	K	R	E	I	L	T	L	Y	L	N	R	A	P	F	G	G	T	L	Q	G	I	G	A	A	S	W	A	Y	L	G	K	S	P	A	N	L	S	Y	S	E	A	A	M	L	A	V	L	P	Q	A	P	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	N	K	V	A	E	V	F	H	K	Y	L	D	M	E	E	S	Y	V	R	E	Q	L	S	Q	P	N	L	K	Q	V	S	F	G	A	K	G	N	G	I	T	Y	A	N	M	M	S	I	K	K	E	L	E	A	A	E	V	K	G	.	.	.	.	I	D	F	T	T	S	P	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								T	T	T	T												S	S			S	B						S	S	S	S	S	B		T	T	T	T	T	T					S	S	T	T	S				.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.	.
Template SS confidence
											119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.					.	.	180	.	.	.	.	.
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.										.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	R	P	D	R	W	P	E	R	A	E	A	A	R	N	K	V	L	E	R	M	A	V	Q	G	V	W	S	R	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	E	S	R	E	E	P	I	W	L	A	P	R	Q	M	P	Q	L	A	P	L	F	S	R	M	M	L	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	S	Y	P	N	G	Q	F	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	I	G	L	A	Q	L	H	E	N	E	D	G	S	K	S	L	L	G	T	S	G	M	E	S	S	L	N	S	I	L	A	G	T	D	G	I	I	T	Y	E	K	D	R	L	G	N	I	V	P	G	T	E	Q	V	S	Q
Template Known Secondary structure			B		S	S	S	S	S	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S					B				S	S	S	S			B			T	T	S	G	G	G	S	T	T	S	S					S	T	T	T	T	T	T	T	T	S	T	T				S				T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.													.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
				267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.								330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	S	K	S	D	K	I	T	T	T	L	D	A	G	L	Q	R	R	L	E	E	L	A	Q	N	W	K	G	R	L	P	P	R	S	S	L	A	M	I	V	V	D	H	T	D	M	R	V	R	G	W	V	G	S	V	D	L	N	D	D	S	R	F	G	.	.	.	.	.	.	.	H	V	D	M	V	N	S	I
Query Conservation		.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																		.																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.
Template Sequence		R	T	M	D	G	K	D	V	Y	T	T	I	S	S	P	L	Q	S	F	M	E	T	Q	M	D	A	F	Q	E	K	V	K	G	K	Y	.	M	T	A	T	L	V	S	A	K	T	G	E	I	L	A	T	T	Q	R	P	T	F	D	A	D	T	K	E	G	I	T	E	D	F	V	W	R	D	I	L	Y	Q	S	N
Template Known Secondary structure												S																				S					.								S	S	S		B							S	S				T	T	T	T		S	S	S	S							T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																					.
Template SS confidence
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.		.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.					.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.
Query Sequence		R	S	P	G	S	V	L	K	P	F	V	Y	G	L	A	L	D	E	G	L	I	H	P	A	S	L	L	Q	D	V	P	R	R	T	G	D	Y	R	P	G	N	F	D	S	.	.	.	.	G	F	H	G	P	I	S	M	S	E	A	L	V	R	S	L	N	L	P	A	V	Q	V	L	E	A	Y	G	P	K	R	F
Query Conservation																																														.	.	.	.
Alig confidence																																														.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	E	P	G	S	T	M	K	V	M	M	L	A	A	A	I	D	N	N	T	F	P	G	G	E	V	F	N	S	S	E	L	K	I	A	D	A	T	I	R	D	W	D	V	N	E	G	L	T	G	G	R	M	M	T	F	S	Q	G	F	A	H	S	S	N	V	G	M	T	L	L	E	Q	K	M	G	D	A	T	W
Template Known Secondary structure						S	T	T												T				S	S						S				T	T	T	S					G	G	G	G	T			S	S						S						T	T						T					T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
		414	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.											.	.	.	.	.		440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	A	K	L	R	N	V	G	L	.	.	.	P	L	Y	L	P	N	G	A	A	P	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	I	L	G	.	G	A	G	A	K	L	E	D	M	A	A	A	Y	T	A	F	A	R	H	G	K	A	G	K	L	R	L	Q	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation											.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	Y	L	N	R	F	K	F	G	V	P	T	R	F	G	L	T	D	E	Y	A	G	Q	L	P	A	D	N	I	V	N	I	A	Q	S	S	F	G	Q	G	I	S	V	T	Q	T	Q	M	I	R	A	F	T	A	I	A	N	D	G	V	M	L	E	P	K	F	I	S	A	I	Y	D	P	N	D	Q	T	A	R
Template Known Secondary structure								T	T	T	T	S					S	S	S										S									T	T	T	S	S																T	T	T	T						B								S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
				470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.										.	.	.	500			.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.														.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	D	P	L	L	E	R	P	L	M	S	S	G	A	A	W	I	I	R	R	I	M	A	D	E	A	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	D	S	.	.	A	L	P	R	V	A	P	L	A	W	K	T	G	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	Y	R	D	A	W	A
Query Conservation		.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	Q	K	E	I	V	G	N	P	V	S	K	D	A	A	S	L	T	R	T	N	M	V	L	V	G	T	D	P	V	Y	G	T	M	Y	N	H	S	T	G	K	P	T	V	T	V	P	G	Q	N	V	A	L	K	S	G	T	A	Q	I	A	D	E	K	N	G	G	Y	L	V	G	L	T	D	Y	I	F	S	A
Template Known Secondary structure												S														T	T	S	S		S	S	S		S	S			S	S	S	S	S		S	S		B	T	T	B															S	S	S	S	S			S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
		524	.	.					.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.
Query Sequence		I	G	V	.	.	.	.	N	A	R	Y	V	I	G	I	W	T	G	R	P	D	G	T	P	V	V	G	Q	F	G	F	A	S	A	V	P	L	L	N	Q	V	N	N	I	L	L	S	R	S	A	N	L	P	E	D	P	R	P	N	S
Query Conservation					.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	S	M	S	P	A	E	N	P	D	F	I	L	Y	V	T	V	Q	Q	P	E	H	.	.	.	.	.	.	Y	S	G	I	Q	L	G	E	F	A	N	P	I	L	E	R	A	S	A	M	K	D	S	L	N	L	Q	T	T	A	K	A
Template Known Secondary structure					S	S	S	S	S		S											S	S	.	.	.	.	.	.																				T	T	T	T	S	T	T	S	S	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.							.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.