Job Description P52647 Confidence 99.82% Date Thu Jan 5 12:05:59 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 477 % Identity 10% Template c2w93A_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:pyruvate decarboxylase isozyme 1; PDBTitle: crystal structure of the saccharomyces cerevisiae pyruvate2 decarboxylase variant e477q in complex with the surrogate3 pyruvamide Resolution 1.60 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.		.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure														.																																																							.
Query SS confidence														.																																																							.
Query Sequence		I	D	G	N	G	A	V	A	S	V	A	F	.	R	T	S	E	V	I	A	I	Y	P	I	T	P	S	S	T	M	A	E	Q	A	D	A	W	A	G	N	G	L	K	N	V	W	G	D	T	P	R	V	V	E	M	Q	S	E	A	G	A	I	A	T	V	H	G	.	A	L	Q	T	G	A	L	S	T	S	F	T
Query Conservation														.																																																							.
Alig confidence														.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	T	L	G	K	Y	L	F	E	R	L	K	Q	V	N	V	N	T	V	F	G	L	P	G	D	F	N	L	S	L	L	D	K	I	Y	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	M	R	W	A	G	N	A	N	E	L	N	A	A	Y	A	A	D	G	Y	A	R	I	K	G	M	S	C	I	I	T	T
Template Known Secondary structure															T	T										G	G	G						G	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T							S																	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40											.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.									.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	S	Q	G	L	L	L	M	I	P	T	L	Y	K	L	A	G	E	L	T	P	F	V	L	H	V	A	A	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	T	H	A	L	S	I	F	G	D	H	S	D	V	M	A	V	R	Q	T	G	C	A	M	L	C	A	A	N	V	Q	E	A	Q	D	F	A	L	I	S	Q
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	G	V	G	E	L	S	A	L	N	G	I	A	G	S	Y	A	E	H	V	G	V	L	H	V	V	G	V	P	S	I	S	S	Q	A	K	Q	L	L	L	H	H	T	L	G	N	G	D	F	T	V	F	H	R	M	S	A	N	I	S	E	T	T	A	M	I	T	D	I	A	T	A	P	A	E	I	D	R	C	I
Template Known Secondary structure		T	T																T	T																	T	T				T	T	S		S	S	S		S	S								T	T		S								T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	T	L	K	S	R	V	P	F	I	H	F	F	D	G	F	R	T	S	H	E	I	N	K	I	V	P	L	A	D	D	T	I	L	D	L	M	P	Q	V	E	I	D	A	H	R	A	R	A	L	N	P	E	H	P	V	I	R	G	T	S	A	N	P	D	T	Y	F	Q	S	R	E	A	T	N	P	W	Y	N
Query Conservation
Alig confidence																	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	T	T	Y	V	T	Q	R	P	V	Y	L	G	L	P	.	A	N	L	V	D	L	N	V	P	A	K	L	L	Q	T	P	I	D	M	S	L	K	P	N	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E
Template Known Secondary structure								T	S								.	T	T	G	G	G	S				G	G	G	G	G	S					S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.		.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.																																						.
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.				.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	V	Y	D	H	V	E	Q	A	M	N	D	F	S	A	A	T	G	R	Q	Y	Q	P	F	E	Y	Y	G	H	P	Q	A	E	R	V	I	I	L	M	G	S	A	I	.	.	.	G	T	C	E	E	V	V	D	E	L	L	T	R	G	E	K	V	G	V	L	K	V	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																													.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	E	K	E	V	I	D	T	I	L	A	L	V	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	N	P	V	I	L	A	D	A	C	C	S	R	H	D	V	K	A	E	T	K	K	L	I	D	L	T	Q	F	P	A	F	V	T	P	M	G	K	G	S	I	D	E	Q	H	P	R	Y
Template Known Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S												T	T																				T	T	T	T	T	S	S		T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
					300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	L	Y	R	P	F	S	A	K	H	L	L	Q	A	L	P	G	S	V	R	S	V	A	V	L	D	R	T	K	E	P	G	A	Q	A	E	P	L	Y	L	D	V	M	T	A	L	A	E	A	F	N	N	G	E	R	E	T	L	P	R	V	I	G	G	R	Y	G	L	S	S	K	E	F	G	P	D	C	V
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																		.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	G	V	Y	V	G	T	L	S	K	P	E	V	K	E	A	V	E	S	A	.	D	L	I	L	S	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	T	K	N	I	V	E	F	H	S	D	H	M	K	I	R	N	A	T	F	P	G	V	Q	M	K	F	V	L
Template Known Secondary structure							G	G	G	S										T		.	S						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	S					T	T					T
Template Predicted Secondary structure																						.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.		280	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	V	F	A	E	L	N	A	A	K	P	K	A	R	F	T	V	G	I	Y	D	D	V	T	N	L	S	L	P	L	P	E	N	T	L	P	N	S	A	K	L	E	A	L	F	Y	G	L	G	S	D	G	S	V	S	A	T	K	N	N	I	K	I	I	G	N	S	T	P	W	Y	A	Q	G	Y	F	V	Y	D
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	K	L	L	T	N	I	A	D	A	A	K	G	Y	K	P	V	A	V	P	A	R	T	P	A	N	A	A	V	P	A	S	T	P	L	K	Q	E	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	W	N	Q	L	G	N	F	L	Q	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Known Secondary structure												T	T	T																		T	T		B						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					G	G	G	T			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380													.
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.			.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.
Query SS confidence																																																		.	.
Query Sequence		S	K	K	A	G	G	L	T	V	S	H	L	R	V	S	E	Q	P	I	R	S	A	Y	L	I	S	Q	A	D	F	V	G	C	H	Q	L	Q	F	I	D	K	Y	Q	M	A	E	R	L	.	.	K	P	G	G	I	F	L	L	N	T	P	Y	S	A	D	E	V	W	S	R	L	P	Q	E	V	Q	A	V	L	N
Query Conservation																																																		.	.
Alig confidence																																																		.	.																				.
Template Conservation																																																																							.
Template Sequence		D	V	V	I	A	E	T	G	T	S	A	F	G	I	N	Q	T	T	F	P	N	N	T	Y	G	I	S	Q	V	L	W	G	S	I	G	F	T	T	G	A	T	L	G	A	A	F	A	A	E	E	I	D	P	K	K	R	V	I	L	F	I	G	D	G	S	L	Q	L	T	.	V	Q	E	I	S	T	M	I	R	W
Template Known Secondary structure								T	T						G	G	G	S				S	S							T	T	T			T	T																		T	T																.	T	T								T
Template Predicted Secondary structure																																																																							.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450		.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		535	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600		.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure																																																																				.
Query SS confidence																																																																				.
Query Sequence		Q	K	K	A	R	F	Y	V	I	N	A	A	K	I	A	R	E	C	G	L	A	A	R	I	N	T	V	M	Q	M	A	F	F	H	L	T	Q	I	L	P	G	D	S	A	L	A	E	L	Q	G	A	I	A	K	S	Y	S	S	K	G	Q	D	L	V	E	R	.	N	W	Q	A	L	A	L	A	R	E	S
Query Conservation																																																																				.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	K	P	Y	L	F	V	L	N	N	D	G	Y	T	I	Q	K	L	I	H	G	P	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	N	E	I	Q	G	W	D	H	L	S	L	L	P	T	F	G	A	K	D	Y	E	T	H	R	V	A	T	T	G	E	W	D	K	L	T	Q	D
Template Known Secondary structure		T										S	S	S						T	T	S		T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G							G	G	G					T	T		S	S								B									T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.															.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.