Job Description P52647 Confidence 99.64% Date Thu Jan 5 12:05:59 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 510 % Identity 13% Template c2vbgB_ PDB info PDB header:lyase Chain: B: PDB Molecule:branched-chain alpha-ketoacid decarboxylase; PDBTitle: the complex structure of the branched-chain keto acid2 decarboxylase (kdca) from lactococcus lactis with 2r-1-3 hydroxyethyl-deazathdp Resolution 1.80 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.		.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.		80
Predicted Secondary structure															.																																																																	.
Query SS confidence															.																																																																	.
Query Sequence		T	I	D	G	N	G	A	V	A	S	V	A	F	.	R	T	S	E	V	I	A	I	Y	P	I	T	P	S	S	T	M	A	E	Q	A	D	A	W	A	G	N	G	L	K	N	V	W	G	D	T	P	R	V	V	E	M	Q	S	E	A	G	A	I	A	T	V	H	G	A	L	Q	T	G	A	L	S	T	S	.	F
Query Conservation															.																																																																	.
Alig confidence															.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	Y	T	V	G	D	Y	L	L	D	R	L	H	E	L	G	I	E	E	I	F	G	V	P	G	D	Y	N	L	Q	F	L	D	Q	I	I	S	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	M	K	W	I	G	N	A	N	E	L	N	A	S	Y	M	A	D	G	Y	A	R	T	K	K	A	A	A	F	L	T
Template Known Secondary structure				B												T	T										G	G	G											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S							S	S																S
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.											.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.						110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.			.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.																										.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.																										.	.
Query Sequence		T	S	S	Q	G	L	L	L	M	I	P	T	L	Y	K	L	A	G	E	L	T	P	F	V	L	H	V	A	A	.	.	.	.	.	R	T	V	A	T	H	A	L	S	I	F	G	D	H	S	D	V	M	A	V	R	Q	T	G	C	.	.	A	M	L	C	A	A	N	V	Q	E	A	Q	D	F	A	L	I	S	Q
Query Conservation																															.	.	.	.	.																										.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	F	G	V	G	E	L	S	A	I	N	G	L	A	G	S	Y	A	E	N	L	P	V	V	E	I	V	G	S	P	T	S	K	V	Q	N	D	G	K	F	V	H	H	T	L	A	D	G	D	F	K	H	F	M	K	M	H	E	P	V	T	A	A	R	T	L	L	T	A	E	N	A	T	Y	E	I	D	R	V	L
Template Known Secondary structure			T	T																T	T																	T	T				T	T	S		S	S	S									T	G	G	G		S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	T	L	K	S	R	V	P	F	I	H	F	F	D	G	F	R	T	S	H	E	I	N	K	I	V	P	L	A	D	D	T	I	L	D	L	M	P	Q	V	E	I	D	A	H	R	A	R	A	L	N	P	E	H	P	V	I	R	G	T	S	A	N	P	D	T	Y	F	Q	S	R	E	A	T	N	P	W	Y	N
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	Q	L	L	K	E	R	K	P	V	Y	I	N	L	P	V	D	V	A	A	A	K	A	E	K	P	A	L	S	L	E	N	T	T	E	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																					T	S	B					S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.																.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	V	Y	D	H	V	E	Q	A	M	N	D	F	S	A	A	T	G	R	Q	Y	Q	P	F	E	Y	Y	G	H	P	Q	A	E	R	V	I	I	L	M	G	S	A	I	G	T	C	E	E	V	V	D	E	L	L	T	R	G	E	K	V	G	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template Sequence		.	.	.	.	I	L	S	K	I	E	E	S	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	Q	K	P	V	V	I	A	G	H	E	V	I	S	F	G	L	E	K	T	V	T	Q	F	V	S	E	.	T	K	L	P	I	T	T	L	N	F	G	K	S	A	V	D	E	S	L	P	S	F	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S												T	T												.		T							S	T	T	T	T	S	S		T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template SS confidence
						194	.	.	.	.	.	200	.	.	.															.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.		.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
		299	300	.		.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.
Query SS confidence					.
Query Sequence		R	L	Y	.	R	P	F	S	A	K	H	L	L	Q	A	L	P	G	S	V	R	S	V	A	V	L	D	R	T	K	E	P	G	A	Q	A	E	P	L	Y	L	D	V	M	T	A	L	A	E	A	F	N	N	G	E	R	E	T	L	P	R	V	I	G	G	R	Y	G	L	S	S	K	E	F	G	P	D	C	V	L
Query Conservation					.
Alig confidence					.																.																					.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.																					.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	I	Y	N	G	K	L	S	E	I	S	L	K	N	F	V	E	S	A	.	D	F	I	L	M	L	G	V	K	L	T	D	S	S	T	G	A	F	T	H	.	.	.	.	.	.	H	L	D	E	N	K	M	I	S	L	N	I	D	E	G	I	I	F	N	K	V	V	E	D	F	.	.	.	.	.	.	D	F	R
Template Known Secondary structure						G	G	G	S												.	S						S					G	G	G	T	T	T	T			.	.	.	.	.	.				G	G	G						S	S					T	T					S	S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.																					.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.		.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.							.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.							.	320	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	F	A	E	L	N	A	A	K	P	K	A	R	F	T	V	G	I	Y	D	D	V	T	N	L	S	L	P	L	P	E	N	T	L	P	N	S	A	K	L	E	A	L	F	Y	G	L	G	S	D	G	S	V	S	A	T	K	N	N	I	K	I	I	G	N	S	T	P	W	Y	A	Q	G	Y	F	V	Y	D	S
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	V	V	S	S	L	S	E	L	K	G	I	E	Y	E	G	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	I	D	K	E	E	F	I	P	S	S	A	P	L	S	Q	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	W	Q	A	V	E	S	L	T	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E
Template Known Secondary structure					T	T	G	G	G			S					S	.	.	.	.	.	.	.												S	S	B						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.								.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.														.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.													.	.
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	K	A	G	G	L	T	V	S	H	L	R	V	S	E	Q	P	I	R	S	A	Y	L	I	S	Q	A	D	F	V	G	C	H	Q	L	Q	F	I	D	K	Y	Q	M	A	E	R	L	K	P	G	G	I	F	L	L	N	T	P	Y	S	A	D	E	V	W	S	R	L	P	Q	E	V	Q	A	V	L	N	Q	K	K
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.																						.
Template Conservation																																													.	.																						.
Template Sequence		T	I	V	A	E	Q	G	T	S	F	F	G	A	S	T	I	F	L	K	S	N	S	R	F	I	G	Q	P	L	W	G	S	I	G	Y	T	F	P	A	A	L	G	S	.	.	Q	I	A	D	K	E	S	R	H	L	L	F	I	G	D	G	S	L	Q	L	T	.	V	Q	E	L	G	L	S	I	R	E	K	L	N
Template Known Secondary structure							T	T							T	T	S				T	T							T	T	T			T	T	T									.	.					T	T	S															.	G	G	G							T	T
Template Predicted Secondary structure																																													.	.																						.
Template SS confidence
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.			.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.		.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.				.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.
Query SS confidence																.	.	.
Query Sequence		A	R	F	Y	V	I	N	A	A	K	I	A	R	E	.	.	.	C	G	L	A	A	R	I	N	T	V	M	Q	M	A	F	F	H	L	T	Q	I	L	P	G	D	S	A	L	A	E	L	Q	G	A	I	A	K	S	Y	S	S	K	G	Q	D	L	V	E	R	N	W	Q	A	L	A	L	A	R	E	S	V	E	E
Query Conservation																.	.	.
Alig confidence																.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	I	C	F	I	I	N	N	D	G	Y	T	V	E	R	E	I	H	G	P	T	Q	S	Y	N	D	I	P	M	W	N	Y	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	E	T	F	G	A	T	E	D	R	V	V	S	K	I	V	R	T	E	N	E	F	V	S	V	M	K	E
Template Known Secondary structure									S	S	S								S		T	T		G	G	G							G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T			T	T	T								B
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
		615	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	P	L	Q	P	V	N	P	H	S	A	N	R	P	P	V	V	S	D	A	A	P	D	F	V	K	T	V	T	A	A	M	L	A	G	L
Query Conservation
Alig confidence			.
Template Conservation			.
Template Sequence		A	.	Q	A	D	V	N	R	M	Y	W	I	E	L	V	L	E	K	E	D	A	P	K	L	L	K	K	M	G	K	L	F	A	E	Q	N
Template Known Secondary structure			.				T	T	S										T	T																	T
Template Predicted Secondary structure			.
Template SS confidence
		512		.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.