Job Description P04993 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:32 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 336 % Identity 22% Template c2wjyA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:regulator of nonsense transcripts 1; PDBTitle: crystal structure of the complex between human nonsense2 mediated decay factors upf1 and upf2 orthorhombic form Resolution 2.50 Å

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		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.				.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.
Query Sequence		S	D	E	I	N	W	Q	K	V	A	A	A	V	A	L	T	R	R	I	S	V	I	S	G	G	P	G	T	G	K	T	T	T	V	A	K	L	L	A	A	L	I	Q	M	A	D	G	E	R	C	R	I	R	L	A	A	P	T	G	K	A	A	A	R	L	T	E	S	L	G	K	A	L	R	.	.	.	Q	L	P
Query Conservation																																																																												.	.	.
Alig confidence																																																		.	.	.																								.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.
Template Sequence		P	D	L	N	H	S	Q	V	Y	A	V	K	T	V	L	Q	R	P	L	S	L	I	Q	G	P	P	G	T	G	K	T	V	T	S	A	T	I	V	Y	H	L	A	R	Q	G	N	G	P	.	.	.	V	L	V	C	A	P	S	N	I	A	V	D	Q	L	T	E	K	I	H	Q	T	G	L	K	V	V	R	L	C
Template Known Secondary structure																	T	S	S								T	T	S															T	T		S	S		.	.	.						S	S													T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.
Template SS confidence
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.				.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.																																															.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	D	E	Q	K	K	R	I	P	E	D	A	S	T	L	H	R	L	L	G	A	Q	P	G	S	Q	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	H	H	A	G
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	S	R	E	A	I	D	S	P	V	S	F	L	A	L	H	N	Q	I	R	N	M	D	S	M	P	E	L	Q	K	L	Q	Q	L	K	D	E	T	G	E	L	S	S	A	D	E	K	R	Y	R	A	L	K	R	T	A	E	R	E	L	L	M	N	A	D	V	I	C	C	T	C	V	G	A	G	D	P	R	L
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G				T	T	G	G	G	B							T		T	T												T	T	T	S																										S						T	G	G	G	G		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		546	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.											.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	P	L	H	L	D	V	L	V	V	D	E	A	S	M	I	D	L	P	M	M	S	R	L	I	D	A	L	P	D	H	A	R	V	I	F	L	G	D	R	D	Q	L	A	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	G	A	V	L	G	D	I	C	A	Y	A	N	A	G	F	T	A	E	R	A	R	Q
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	K	M	Q	F	R	S	I	L	I	D	E	S	T	Q	A	T	E	P	E	C	.	.	M	V	P	V	V	L	G	A	K	Q	L	I	L	V	G	D	H	C	Q	L	G	P	V	V	M	C	K	K	A	A	K	A	G	L	S	Q	S	L	F	E	R	L	V	V	L	G	I	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T				S					T	T	G	G	G	S						.	.					T	T	T	B	S								T	T	S													T	T	T	T	S									T	T				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		626	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.			.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	R	L	T	G	T	H	V	P	A	G	T	G	T	E	A	A	S	L	R	D	S	L	C	L	L	Q	K	S	Y	R	F	G	S	D	S	G	I	G	Q	L	A	A	A	I	N	R	G	D	K	T	A	V	K	T	V	F	Q	Q	D	F	T	D	I	E	K	R	L	L	Q	S	G	E	D	Y	I	A	M	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	L	Q	V	Q	Y	R	M	H	P	A	.	.	L	S	A	F	P	S	N	I	F	Y	E	G	S	L	Q	N	G	V	T	A	A	D	R	V	K	K	G	F	D	F	Q	W	P	Q	P	D	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S				.	.										S	T	T					S	S		S	G	G	G	S		T	T						S	S	T	T	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																										696	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.			.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.												.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	E	A	L	A	G	Y	G	R	Y	L	D	L	L	Q	A	R	A	E	P	D	L	I	I	Q	A	F	N	E	Y	Q	L	L	C	A	L	R	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	G	V	A	G	L	N	E	R	I	E	Q	F	M	Q	Q	K	R	K	I	H	R	H	P	H	S	R	W	Y
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	M	F	F	Y	V	T	Q	G	Q	E	E	I	A	S	S	G	T	S	Y	L	N	R	T	E	A	A	N	V	E	K	I	T	T	K	L	L	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S															S	S	B	S																					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																													744	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	R	P	V	M	I	A	R	N	D	S	A	L	G	L	F	N	G	D	I	G	I	A	L	D	R	G	Q	G	T	R	V	W	F	A	M	P	D	G	N	I	K	S	V	Q	P	S	R	L	P	E	H	E	T	T	W	A	M	T	V	H	K	S	Q	G	S	E	F	D	H	A	A	L	I	L	P	S	Q	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																		.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	K	P	D	Q	I	G	I	I	T	P	Y	E	G	Q	R	S	Y	L	V	Q	Y	M	.	Q	F	S	G	S	L	H	T	K	L	Y	Q	E	V	E	I	A	.	.	.	S	V	D	A	F	Q	G	R	E	K	D	F	I	I	L	S	C	V	R	A	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			G	G	G						S													.					S	S							T	S				.	.	.		G	G	G	G	T	T														S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																		.	.	.
Template SS confidence
																784	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.		.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.				.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.
							558	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	T	P	V	V	T	R	E	L	V	Y	T	A	V	T	R	A	R	R	R	L	S	L	Y	A	D	E	R	I	L
Query Conservation		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	H	Q	G	I	G	F	L	N	D	P	R	R	L	N	V	A	L	T	R	A	R	Y	G	V	I	I	V	G	N	P	K	A	L
Template Known Secondary structure							G	G	G	T										T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		846	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.