Job Description P37677 Confidence 98.37% Date Thu Jan 5 11:56:51 GMT 2012 Rank 38 Aligned Residues 305 % Identity 18% Template c3cqyA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:anhydro-n-acetylmuramic acid kinase; PDBTitle: crystal structure of a functionally unknown protein (so_1313) from2 shewanella oneidensis mr-1 Resolution 2.30 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.			.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.				.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.								.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.						.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.													.	.	.												.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.													.	.	.												.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Q	Y	W	L	G	L	D	C	G	G	S	.	.	W	L	K	A	G	L	Y	D	R	E	G	R	.	.	.	E	A	G	V	Q	R	L	P	L	C	A	.	.	.	.	.	.	.	L	S	P	Q	P	G	W	A	E	R	D	.	.	.	.	.	M	A	E	L	W	Q	C	C	M	A	V	I	R	A	L	L	T
Query Conservation														.	.													.	.	.												.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.													.	.	.												.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	Y	Y	I	G	L	X	S	G	T	S	X	D	G	V	D	A	V	L	V	D	F	A	G	E	Q	P	Q	L	I	G	T	H	T	E	T	I	P	T	H	L	L	K	G	L	Q	R	L	C	L	P	G	T	D	E	I	N	R	L	G	R	L	D	R	S	V	G	K	L	F	A	L	A	V	N	N	L	L	A
Template Known Secondary structure												T	T												S	S	S	S																					G	G	G		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	S	G	V	S	G	E	Q	I	V	G	I	G	I	S	A	Q	G	K	G	L	F	L	L	D	K	N	D	K	P	L	G	N	A	I	L	S	S	D	R	R	A	M	E	I	V	R	R	W	Q	E	D	G	I	P	E	K	L	Y	P	L	T	R	Q	T	L	W	T	G	H	P	V	S	L	L	R	W	L	K	E
Query Conservation
Alig confidence																			.	.									.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.									.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	K	I	A	K	D	E	I	I	A	I	G	S	H	G	Q	.	.	T	V	R	H	X	P	N	L	.	.	.	.	E	V	G	F	T	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	D	P	N	T	I	A	T	E	T	G	I	D	V	I	A	D	F	R	R	K	D	I	A	L	G	G	Q
Template Known Secondary structure							G	G	G										.	.						T	T	S	.	.	.	.	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S										S	S													T	T	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.									.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.			100	.	.	.	.	.	.	.					.	.	110	.	.	.	.														.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	E	P	E	R	Y	A	Q	I	G	C	V	M	M	T	H	D	Y	L	R	W	C	L	T	G	V	K	G	C	E	E	S	N	I	S	E	S	N	L	Y	N	M	S	L	G	E	Y	D	P	C	L	T	D	W	L	G	I	A	E	I	N	H	A	L	P	P	V	V	G	S	A	E	I	C	G	E	I	T	A	Q
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	P	A	F	H	Q	Q	T	F	A	Q	V	G	K	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.													T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		144	.	.									.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	A	A	L	T	G	L	K	A	G	T	P	V	V	G	G	L	F	D	V	V	S	T	A	L	C	A	G	I	E	D	E	F	T	L	N	A	V	M	G	T	W	A	V	T	S	G	I	T	R	G	L	R	D	G	E	A	H	P	Y	V	Y	G	R	Y	V	N	D	G	E	F	I	V	H	E	A	S	P	T	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I	L	N	I	G	G	I	A	N	I	T	Y	L	P	G	N	S	.	.	E	E	V	L	G	F	D	T	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S									S	S	S	.	.	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																				164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.			.	.	.	.	.	.	.	.	190	.																.
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.				.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.									.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	G	N	L	E	W	F	T	A	Q	W	G	E	I	S	F	D	E	I	N	Q	A	V	A	S	L	P	K	A	G	.	.	.	G	D	L	F	F	L	P	F	L	Y	G	S	N	A	G	L	E	M	T	S	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	M	Q	A	I	H	T	R	A	H	L	L	Q	A	I	Y
Query Conservation																																.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	T	L	I	D	A	W	V	Q	Q	V	K	N	E	S	Y	D	K	N	G	A	W	A	A	S	G	K	T	D	P	Q	L	L	A	Q	L	L	S	H	P	Y	F	S	L	A	Y	P	K	S	T	G	R	E	L	F	N	Q	A	W	L	E	Q	Q	L	S	A	F	N	Q	L	N	E	E	D	I	Q	S	T	L	L
Template Known Secondary structure		S														S	S		G	G	G						S												T		G	G	G	G	S		S	S					S	S	S	S	S								T	T	T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.		.	.	420	.	.	.	.	.	.	.								.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure																																														.											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	G	V	V	F	S	H	M	T	H	L	N	R	M	R	E	R	F	T	D	V	H	T	L	R	V	T	G	G	P	A	H	S	D	V	W	M	Q	M	L	A	D	V	S	.	G	L	R	I	E	L	P	Q	V	E	.	.	.	.	.	.	.	E	T	G	C	F	G	A	A	L	A	A	R	V	G	T
Query Conservation																																														.											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.																											.											.	.	.	.	.	.	.						.	.
Template Conservation																.	.	.	.																																																		.	.
Template Sequence		D	L	T	C	H	S	I	A	Q	D	I	L	K	L	.	.	.	.	A	Q	E	G	E	L	F	V	C	G	G	G	A	F	N	A	E	L	X	Q	R	L	A	A	L	L	P	G	Y	R	I	D	T	T	S	A	L	G	V	D	P	K	W	A	E	G	I	A	F	.	.	A	W	L	A	X	R	Y	Q
Template Known Secondary structure																.	.	.	.		S	S							S	G	G	G	G													T	T						G	G	G	G	T			T	T	T							.	.
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.																																																		.	.
Template SS confidence
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.					.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.			.	.	.	.	340	.	.	.