Job Description P37677 Confidence 97.93% Date Thu Jan 5 11:56:51 GMT 2012 Rank 48 Aligned Residues 295 % Identity 18% Template c2ychA_ PDB info PDB header:cell cycle Chain: A: PDB Molecule:competence protein pilm; PDBTitle: pilm-piln type iv pilus biogenesis complex Resolution 2.20 Å

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		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	L	D	C	G	G	S	W	L	K	A	G	L	Y	D	R	E	G	R	E	A	G	V	Q	R	L	P	L	C	A	L	S	P	Q	P	G	W	A	E	R	D	M	A	E	L	W	Q	C	C	M	A	V	I	R	A	L	L	T	H	S	G	V	S	G	E	Q	I	V	G	I	G	I	S	A	Q	G	K	G	L
Query Conservation
Alig confidence																																																.	.	.	.																				.
Template Conservation																																																.	.	.	.																				.
Template Sequence		L	G	L	E	I	G	A	S	A	L	K	L	V	E	V	S	G	N	P	P	A	L	K	A	L	A	S	R	P	T	P	P	G	L	L	X	E	G	X	V	A	E	P	A	A	L	.	.	.	.	A	Q	E	I	K	E	L	L	L	E	A	R	T	R	K	R	Y	V	V	.	T	A	L	S	N	L	A	V	I	L
Template Known Secondary structure								S	S									T	T	T	T												T	T	S			T	T			S						.	.	.	.												T								.					G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.																				.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.					.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80		.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	L	L	D	K	N	D	K	P	L	G	N	A	I	L	S	S	D	R	R	A	M	E	I	V	R	R	W	Q	E	D	G	I	P	E	K	L	Y	P	L	T	R	Q	T	L	W	T	G	H	P	V	S	L	L	R	W	L	K	E	H	E	P	E	R	Y	A	Q	I	G	C	V	M	M	T	H	D	Y	L	R	W
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		C	L	T	G	V	K	G	C	E	E	S	N	I	S	E	S	N	L	Y	N	M	S	L	G	E	Y	D	P	C	L	T	D	W	L	G	I	A	E	I	N	H	A	L	P	P	V	V	G	S	A	E	I	C	G	E	I	T	A	Q	T	A	A	L	T	G	L	K	A	G	T	P	V	V	G	G	L	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	I	Q	V	P	K	X	P	L	K	E	X	E	E	A	V	R	W	E	A	E	R	Y	I	P	F	P	I	E	V	V	L	D	F	A	P	L	T	P	L	S	E	V	Q	E	G	E	Q	V	Q	V	X	V	A	A	A	R	Q	E	A	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						G	G	G		S	S											S	S		G	G	G	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.							280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	D	V	V	S	T	A	L	C	A	G	I	E	D	E	F	T	L	N	A	V	M	G	T	W	A	V	T	S	G	I	T	R	G	L	R	D	G	.	.	.	.	.	.	E	A	H	P	Y	V	Y	G	R	Y	V	N	D	G	E	F	I	V	H	E	A	S	P	T	S	S	G	N	L	E	W	F	T	A	Q	W
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	V	L	E	A	L	R	G	A	G	L	V	P	V	V	L	D	V	K	P	F	A	G	L	Y	P	L	E	A	R	L	A	E	E	P	D	R	V	F	L	V	L	D	I	G	A	E	S	T	S	L	V	L	L	R	G	D	K	P	L	A	V	R	V	L	T	L	S	G	K	D	F	T	E	A	I	A	R	S
Template Known Secondary structure											T	T													T	T	G	G	G						T	S	T	T										S	S									T	T									S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	I	S	F	D	E	I	N	Q	A	V	A	S	L	P	K	A	G	G	D	L	F	F	L	P	F	L	Y	G	S	N	A	G	L	E	M	T	S	G	F	Y	G	M	Q	A	I	H	T	R	A	H	L	L	Q	A	I	Y	E	G	V	V	F	S	H	M	T	H	L	N	R	M	R	E	R	F	T	D	V	H
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Sequence		F	N	L	D	L	L	A	A	E	E	V	K	R	T	Y	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	D	A	I	R	P	V	L	V	E	L	T	Q	E	L	R	R	S	L	E	F	F	R	I	Q	.	L	S	P	E
Template Known Secondary structure		T	T													T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.				S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.		.	.	.	280
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	R	V	T	G	G	P	A	H	S	D	V	W	M	Q	M	L	A	D	V	S	G	L	R	I	E	L	P	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	T	G	C	F	G	A	A	L
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	Y	L	L	G	G	G	S	K	L	R	G	L	A	S	L	L	T	D	T	L	G	V	N	L	E	P	V	N	P	W	E	A	V	A	V	D	P	K	R	F	E	S	E	Q	L	Q	E	I	G	P	E	F	A	V	A	L	G	L	A	L
Template Known Secondary structure							S	G	G	G	G	S	T	T										T	S							G	G	G	G	S	B			T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370