Job Description P37677 Confidence 98.87% Date Thu Jan 5 11:56:51 GMT 2012 Rank 30 Aligned Residues 290 % Identity 19% Template c2ivoC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:up1; PDBTitle: structure of up1 protein Resolution 2.9 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	T	Q	Y	W	L	G	L	D	C	G	G	S	W	L	K	A	G	L	Y	D	R	E	G	R	E	A	G	V	Q	R	L	P	L	C	A	L	S	P	Q	P	G	W	A	E	R	D	M	A	E	L	W	Q	C	C	M	A	V	I	R	A	L	L	T	H	S	G	V	S	G	E	Q	I	V	G	I	G	I	S	A
Query Conservation
Alig confidence				.	.																		.																		.
Template Conservation				.	.																		.																		.
Template Sequence		M	L	.	.	A	L	G	I	E	G	T	A	H	T	L	G	I	G	I	V	S	.	E	D	K	V	L	A	N	V	F	D	T	L	T	T	E	K	G	.	G	I	H	P	K	E	A	A	E	H	H	A	R	L	M	K	P	L	L	R	K	A	L	S	E	A	G	V	S	L	D	D	I	D	V	I	A	F	S	Q
Template Known Secondary structure				.	.							S	S	S									.	S	S													S	S		.	S																										T			T	T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.																		.																		.
Template SS confidence
		1	.			.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.		.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	K	G	L	F	L	L	D	K	N	D	K	P	L	G	N	A	I	L	S	S	D	R	R	A	M	E	I	V	R	R	W	Q	E	D	G	I	P	E	K	L	Y	P	L	T	R	Q	T	L	W	T	G	H	P	V	S	L	L	R	W	L	K	E	H	E	P	E	R	Y	A	Q	I	G	C	V	M	M	T	H
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Y	L	R	W	C	L	T	G	V	K	G	C	E	E	S	N	I	S	E	S	N	L	Y	N	M	S	L	G	E	Y	D	P	C	L	T	D	W	L	G	I	A	E	I	N	H	A	L	P	P	V	V	G	S	A	E	I	C	G	E	I	T	A	Q	T	A	A	L	T	G	L	K	A	G	T	P	V	V	G	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	P	G	L	G	P	A	L	R	V	V	A	T	A	A	R	A	L	A	V	K	Y	R	K	P	I	V	G	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S																			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																					77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
		241	.	.			.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.
Query SS confidence					.	.
Query Sequence		L	F	D	.	.	V	V	S	T	A	L	C	A	G	I	E	D	E	F	T	L	N	A	V	M	G	T	W	A	V	T	S	G	I	T	R	G	L	R	D	G	E	A	H	P	Y	V	Y	G	R	Y	V	N	D	G	E	F	I	V	H	E	A	S	P	T	S	S	G	N	L	E	W	F	T	A	Q	W	G	E	I
Query Conservation					.	.
Alig confidence					.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Sequence		N	H	C	I	A	H	V	E	I	T	K	M	F	G	V	K	D	P	V	G	L	Y	V	S	G	G	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	L	A	L	E	G	G	R	Y	R	V	F	G	E	T	L	D	I	G	I	G	N	A	I	D	V	F	A	R	E	L	G	L	.
Template Known Secondary structure										G	G	G	G	G	T			S								S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T								B	S	S	S													T	T		.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template SS confidence
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.										360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	F	D	E	I	N	Q	A	V	A	S	L	P	K	A	G	G	D	L	F	F	L	P	F	L	Y	G	S	N	A	G	L	E	M	T	S	G	F	Y	G	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	I	H	T	R	A	H	L	L	Q	A	I	Y	E	G	V	V	F	S	H	M	T	H	L	N	R	M	R	E
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	F	P	G	G	P	K	V	E	K	L	A	E	K	G	E	.	.	.	.	.	.	K	Y	I	E	L	P	Y	A	V	K	G	M	D	L	S	F	S	G	L	L	T	E	A	I	R	K	Y	R	S	G	K	Y	R	V	E	D	L	A	Y	S	F	Q	E	T	A	F	A	A	L	V	E	V	T	E	R	A	V	A
Template Known Secondary structure			S	S											T			.	.	.	.	.	.	S										T	T																	T			S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.							.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.				.	.	420	.	.	.	.	.					.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure																														.	.	.									.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.									.	.	.	.
Query Sequence		R	F	T	D	V	H	T	L	R	V	T	G	G	P	A	H	S	D	V	W	M	Q	M	L	A	D	V	S	.	.	.	G	L	R	I	E	L	P	Q	.	.	.	.	V	E	E	T	G	C	F	G	A	A	L	A	A	R	V	G	T	G	V	Y	H	N	F	S	E
Query Conservation																														.	.	.									.	.	.	.
Alig confidence			.																											.	.	.									.	.	.	.
Template Conservation			.
Template Sequence		H	.	T	E	K	D	E	V	V	L	V	G	G	V	A	A	N	N	R	L	R	E	M	L	R	I	M	T	E	D	R	G	I	K	F	F	V	P	P	Y	D	L	C	R	D	N	G	A	M	I	A	Y	T	G	L	R	M	Y	K	A	G	I	S	F	R	L	E	E
Template Known Secondary structure			.				S						S	G	G	G	G																T								G	G	G	T	S	S		S													T	T					G	G	G
Template Predicted Secondary structure			.
Template SS confidence
		242		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.