Job Description P0A6J5 Confidence 99.85% Date Thu Jan 5 11:03:18 GMT 2012 Rank 26 Aligned Residues 255 % Identity 20% Template d1c0pa1 SCOP info Nucleotide-binding domain Nucleotide-binding domain D-aminoacid oxidase, N-terminal domain Resolution 1.20

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	R	V	V	I	L	G	S	G	V	V	G	V	A	S	A	W	Y	L	N	Q	A	G	H	E	V	T	V	I	D	R	E	P	G	A	A	L	E	T	S	A	A	N	A	G	Q	I	S	P	G	Y	A	A	P	W	A	A	P	G	V	P	L	K	A	I	K	W	M	F	Q	R	H	A	P	L	A	V	R	L	D
Query Conservation
Alig confidence																																		.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	R	V	V	V	L	G	S	G	V	I	G	L	S	S	A	L	I	L	A	R	K	G	Y	S	V	H	I	L	A	R	D	.	L	P	E	D	V	S	S	Q	T	F	A	S	P	W	A	G	A	N	W	T	P	F	M	T	L	T	D	G	P	R	Q	A	K	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										S													T	T								S	S	.		T	T		T	T		T	T	S	S	G	G	G				B					S		T	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1005	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.		.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	Q	F	Q	L	K	W	M	W	Q	M	L	R	N	C	D	T	S	H	Y	M	E	N	K	G	R	M	V	R	L	A	E	Y	S	R	D	C	L	K	A	L	R	A	E	T	N	I	Q	Y	E	G	R	Q	G	G	T	L	Q	L	F	R	T	E	Q	Q	Y	E	N	A	T	R	D	I	A	V	L	E	D	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	S	T	F	K	K	W	V	E	L	V	P	T	G	H	A	M	W	L	K	G	T	R	R	F	A	Q	N	E	D	G	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	T	T	S	S											S	S	G	G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																	1071	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	P	Y	Q	L	L	E	S	S	R	L	A	E	V	E	P	A	L	A	E	V	A	H	K	L	T	G	G	L	Q	L	P	N	D	E	T	G	D	C	Q	L	F	T	Q	N	L	A	R	M	A	E	Q	A	G	V	K	F	R	F	N	T	P	V	D	Q	L	L	C	D	G	E	Q	I	Y	G	V	K	C	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	G	H	W	Y	K	D	I	T	P	N	Y	R	P	L	P	S	S	E	C	P	P	G	A	I	G	V	T	Y	D	T	L	S	V	H	A	P	K	Y	C	Q	Y	L	A	R	E	L	Q	K	L	G	A	T	F	E	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	T	S	L	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	G	G	T	T	T	T	T	S	T	T						G	G	G	S	S	T	T																											T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	B	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
							1105	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160														.	.	.	.	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	V	I	K	A	D	A	Y	V	M	A	F	G	S	Y	S	T	A	M	L	K	G	I	V	D	I	P	V	Y	P	L	K	G	Y	S	L	T	I	P	I	A	Q	E	D	G	A	P	V	S	T	I	L	D	E	T	Y	K	I	A	I	T	R	F	D	N	R	I	R	V	G	G	M	A	E	I	V	G	F	N
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	F	D	G	A	D	L	V	V	N	A	T	G	L	G	A	K	S	I	A	G	I	D	D	Q	A	R	G	G	P	R	V	E	A	E	R	I	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	T		S	S		S							G	G	G	G	G	T	S	B	T	T							S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1167	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	L	L	Q	P	R	R	E	T	L	E	M	V	V	R	D	L	Y	P	R	G	G	H	V	E	Q	A	T	F	W	T	G	L	R	P	M	T	P	D	G	T	P	V	V	G	R	T	R	F	K	N	L	W	L	N	T	G	H	G	T	L	G	W	T	M	A	C	G	S	G	Q	L	L	S	D	L	L	S	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	L	D	R	T	K	S	P	L	S	L	G	R	.	.	G	S	A	R	A	A	K	E	K	E	V	T	L	V	H	A	Y	G	F	S	S	A	G	Y	Q	Q	S	W	G	A	A	E	D	V	A	Q	L	V	D	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S			T	T	T		T	T		S	S		.	.	T	T				S														T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template SS confidence
																										1301	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.			.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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