Job Description P0A6J5 Confidence 99.58% Date Thu Jan 5 11:03:18 GMT 2012 Rank 53 Aligned Residues 380 % Identity 16% Template c3p1wA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:rabgdi protein; PDBTitle: crystal structure of rab gdi from plasmodium falciparum, pfl2060c Resolution 1.85 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	V	I	L	G	S	G	V	V	G	V	A	S	A	W	Y	L	N	Q	A	G	H	E	V	T	V	I	D	R	E	P	G	A	A	L	E	T	S	A	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	Q	I	S	P	G	Y	A	A	P
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	I	L	G	T	G	L	K	E	C	I	L	S	G	L	L	S	H	Y	G	K	K	I	L	V	L	D	R	N	P	Y	Y	G	G	E	T	A	S	L	N	L	T	N	L	Y	N	T	F	K	P	K	E	N	I	P	S	K	Y	G	E	N	R	H	W	N	V	D	L	I	P	K	F	I	L	V	G	G	N	L
Template Known Secondary structure								S													T	T								S	S	S	S	S		G	G	G														T	T	S				G	G	G			G	G	G					S	S			B			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		W	A	A	P	G	V	P	L	K	A	I	K	W	M	F	Q	R	H	A	P	L	A	V	R	L	D	G	T	Q	F	Q	L	K	W	M	W	Q	M	L	R	N	C	D	T	S	H	Y	M	E	N	K	G	R	M	V	R	L	A	E	Y	S	R	D	C	L	K	A	L	R	A	E	T	N	I	Q	Y	E	G	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence																																																																																.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	I	L	K	K	T	R	V	T	N	Y	L	E	W	L	V	V	E	G	S	Y	V	Y	Q	H	Q	K	K	G	F	L	T	S	E	K	F	I	H	K	V	P	A	T	D	M	E	A	L	V	S	P	L	L	S	L	M	E	K	N	R	C	K	N	F	Y	Q	Y	V	S	E	W	D	A	N	K	R	N	T	W
Template Known Secondary structure								T	T		G	G	G	S						S												S	S	S											S						T		T	T	S																				T	T		G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
										133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	G	G	T	L	Q	L	F	R	T	E	Q	Q	Y	E	N	A	T	R	D	I	A	V	L	E	D	A	G	V	P	Y	Q	L	L	E	S	S	R	L	A	E	V	E	P	A	L	A	E	V	A	H	K	L	T	G	G	L	Q	L	P	N	D	E	T	G	D	C	Q	L	F	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.
Template Sequence		D	N	L	D	P	Y	K	L	T	M	L	E	I	Y	K	H	F	N	L	C	Q	L	T	I	D	F	L	G	H	A	V	A	L	Y	L	N	D	D	Y	L	K	Q	P	A	Y	L	T	L	E	R	I	K	L	Y	M	Q	S	I	S	A	F	G	K	S	P	F	I	Y	P	L	Y	G	.	.	.	L	G	G	I	P
Template Known Secondary structure		T	T			T	T	T	S	B								T	T													T	S			S	S	S	G	G	G	G	S	B																			S	S		S					T	T		.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.				.	240	.	.	.
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.																.	.
Predicted Secondary structure																											.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	N	L	A	R	M	A	E	Q	A	G	V	K	F	R	F	N	T	P	V	D	Q	L	L	C	.	D	G	E	Q	I	Y	G	V	K	C	G	D	E	V	I	K	A	D	A	Y	V	M	A	F	G	S	Y	S	T	A	M	L	K	G	I	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P
Query Conservation																											.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.																.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.
Template Sequence		E	G	F	S	R	M	C	A	.	.	I	N	T	F	M	L	N	K	N	V	V	D	F	V	F	D	D	D	N	K	V	C	G	I	K	S	S	D	G	E	I	A	Y	C	D	K	V	I	C	D	P	S	Y	V	M	H	L	K	N	K	I	K	K	I	G	Q	V	I	R	C	I	C	I	L	S	N	P	I	P	E
Template Known Secondary structure										.	.						S	S										T	T	S								T	T	S												G	G	G		T	T	S	T	T	S															S	S			T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.			.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	Y	P	L	K	G	Y	S	L	T	I	P	I	A	Q	E	D	G	A	P	V	S	T	I	L	D	E	T	Y	K	I	A	I	T	R	F	D	N	R	I	R	V	G	G	M	A	E	I	V	G	F	N	T	E	L	L	Q	P	R	R	E	T	L	E	M	V	V	R	D	L	Y	P	R	G	G	H	V	E	Q	A
Query Conservation
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.						.	.															.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.						.	.															.	.	.
Template Sequence		T	N	Q	T	N	S	C	Q	I	I	I	P	Q	N	Q	L	N	R	K	S	D	I	Y	I	N	L	V	S	F	Q	H	G	V	T	L	K	G	K	Y	I	A	I	V	S	A	T	V	E	.	.	.	.	.	T	N	N	P	I	.	.	K	E	I	E	K	P	L	E	L	L	G	T	I	E	.	.	.	E	K	F
Template Known Secondary structure		S	T	T		S	S							G	G	G	G	T	S	S	S									G	G	G	T	S	S		T	T												.	.	.	.	.	S	S				.	.			T						T	T		S			.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.						.	.															.	.	.
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.						.	.	.	.	.			.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390				.	.	.
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.		.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.
Query SS confidence																																				.
Query Sequence		T	F	W	T	G	L	R	P	M	T	P	D	G	T	P	V	V	G	R	T	R	F	K	N	L	W	L	N	T	G	H	G	T	L	.	G	W	T	M	A	C	G	S	G	Q	L	L	S	D	L	L	S	G	R	T	P	A
Query Conservation																																				.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	K	I	S	D	L	Y	V	S	T	S	K	K	P	A	.	.	.	.	.	.	.	D	N	I	F	V	T	S	S	Y	D	A	T	S	H	F	E	T	A	T	N	D	L	L	Q	I	W	E	N	L	W	G	Q	K	L	N
Template Known Secondary structure											S		S	S		T	.	.	.	.	.	.	.	T										S		S	B	S																S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.								.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.