Job Description P0A6J5 Confidence 99.64% Date Thu Jan 5 11:03:18 GMT 2012 Rank 48 Aligned Residues 398 % Identity 14% Template c2xagA_ PDB info PDB header:transcription Chain: A: PDB Molecule:lysine-specific histone demethylase 1; PDBTitle: crystal structure of lsd1-corest in complex with para-bromo-2 (-)-trans-2-phenylcyclopropyl-1-amine Resolution 3.10 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	V	V	I	L	G	S	G	V	V	G	V	A	S	A	W	Y	L	N	Q	A	G	H	E	V	T	V	I	D	R	E	P	G	A	A	L	E	T	S	A	A	N	A	G	Q	I	S	P	G	Y	A	A	P	W	A	A	P	G	V	P	L	K	A	I	K	W	M	F	Q	R	H	A	P	L	A	V	R	L	D	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	V	I	I	I	G	S	G	V	S	G	L	A	A	A	R	Q	L	Q	S	F	G	M	D	V	T	L	L	E	A	R	D	R	V	G	G	R	V	A	T	F	R	K	G	N	Y	V	A	D	L	G	A	M	V	V	T	G	L	G	G	N	P	M	A	V	V	S	K	Q	V	N	M	E	L	A	K	I	K	Q	K
Template Known Secondary structure									S													T	T								S	S	S	S	S		T	T							T	T					S	S							S	B	T										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		82																																																					.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	F	Q	L	K	W	M	W	Q	M	L	R	N	C	D	T	S	H	Y	M	E	N	K	G	R	M	V
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	P	L	Y	E	A	N	G	Q	A	V	P	K	E	K	D	E	M	V	E	Q	E	F	N	R	L	L	E	A	T	S	Y	L	S	H	Q	L	D	F	N	V	L	N	N	K	P	V	S	L	G	Q	A	L	E	V	V	I	Q	L	Q	E	K	H	V	K	D	E	Q	I	E	H	W	K	K	I	V	K	T	Q	E
Template Known Secondary structure							T	T	S		B																										T	S						T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	A	E	Y	S	R	D	C	L	K	A	L	R	A	E	T	N	I	Q	Y	E	G	R	Q	G	G	T	L	Q	L	F	R	T	E	Q	Q	Y	E	N	A	T	R	D	I	A	V	L	E	D	A	G	V	P	Y	Q	L	L	E	S	S	R	L	A	E	V	E	P	A	L	A	E	V	A	H	K	L	T	G	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	L	K	E	L	L	N	K	M	V	N	L	K	E	K	I	K	E	L	H	Q	Q	Y	K	E	A	S	E	V	K	P	P	R	D	I	T	A	E	F	L	V	K	S	K	H	R	D	L	T	A	L	C	K	E	Y	D	E	L	A	E	T	Q	G	K	L	E	E	K	L	Q	E	L	E	A	N	P	P	S	D	V
Template Known Secondary structure																														S		S	S																																				T	T						S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Q	L	P	N	D	E	T	G	D	C	Q	L	F	T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	A	R	M	A	E	Q	A	G	V	K	F	R	F	N	T	P	V	D	Q	L	L	C	D	G	E	Q
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	L	S	S	R	D	R	Q	I	L	D	W	H	F	A	N	L	E	F	A	N	A	T	P	L	S	T	L	S	L	K	H	W	D	Q	D	D	D	F	E	F	T	G	S	H	L	T	V	R	N	G	Y	S	C	V	P	V	A	L	A	E	G	L	D	I	K	L	N	T	A	V	R	Q	V	R	Y	T	A	S	G
Template Known Secondary structure		S	S		T	T																	T	S		T	T	T	B	B	T	T	T	T	T	G	G	G	G	G			B	S						T	T		T	T							T	T	T						S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		234	.	.	.							.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.																.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Y	G	V	.	.	.	.	.	.	K	C	G	D	E	V	I	K	A	D	A	Y	V	M	A	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	S	T	A	M	L	K	G	I	V	D	I	P	V	Y	P	L	K	G	Y	S	L	T	I	P	I	A	Q	E	D	G	A	P	V	S	T	I
Query Conservation						.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	E	V	I	A	V	N	T	R	S	T	S	Q	T	F	I	Y	K	C	D	A	V	L	C	T	L	P	L	G	V	L	K	Q	Q	P	P	A	V	Q	F	V	P	P	L	P	E	W	K	T	S	A	V	Q	R	M	G	F	G	N	L	N	K	V	V	L	C	F	D	R	V	F	W	D	P	S	V	N	L	F	G
Template Known Secondary structure									S	S	S	T	T								S														S	S		S	S				S													S													S	S			S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		293	.	.	.	.								.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.			.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.				.	.	.	.	.	.	.	360
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.																						.	.																																			.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.																						.	.																																			.	.	.
Query Sequence		L	D	E	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	K	I	A	I	T	R	F	D	N	R	I	R	V	G	G	M	A	E	I	V	G	.	.	F	N	T	E	L	L	Q	P	R	R	E	T	L	E	M	V	V	R	D	L	Y	P	R	G	G	H	V	E	Q	A	T	F	W	T	.	.	.	G	L	R	P	M	T	P	D
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.																						.	.																																			.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.																						.	.																																			.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	V	G	S	T	T	A	S	R	G	E	L	F	L	F	W	N	L	Y	K	A	P	I	L	L	A	L	V	A	G	E	A	A	G	I	M	E	N	I	S	D	D	V	I	V	G	R	C	L	A	I	L	K	G	I	F	G	S	S	A	V	P	Q	P	K	E	T	V	V	S	R	W	R	A	D	P	W	A	R	G
Template Known Secondary structure					S	S	S	T	T	T	T	T	T							S	S	S	S														G	G	G	S																			T	T	T					S							T	T	T		T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		361	.	.	.	.	.	.																									.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.					.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	P	V	V	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	F	K	N	L	W	L	N	T	G	H	G	T	L	G	.	.	.	.	W	T	M	A	C	G	S	G	Q	L	L	S	D	L	L	S
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	Y	S	Y	V	A	A	G	S	S	G	N	D	Y	D	L	M	A	Q	P	I	T	P	G	P	S	I	P	G	A	P	Q	P	I	P	R	L	F	F	A	G	E	H	T	I	R	N	Y	P	A	T	V	H	G	A	L	L	S	G	L	R	E	A	G	R	I	A
Template Known Secondary structure		S					B	T	T			T	T					T	T	S		B					S	S	T	T												S	G	G	G		T	T	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.