Job Description P0A6J5 Confidence 99.72% Date Thu Jan 5 11:03:18 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 385 % Identity 12% Template c2jb1B_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:l-amino acid oxidase; PDBTitle: the l-amino acid oxidase from rhodococcus opacus in complex2 with l-alanine Resolution 1.55 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	60	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	V	V	I	L	G	S	G	V	V	G	V	A	S	A	W	Y	L	N	Q	A	G	H	E	V	T	V	I	D	R	E	P	G	A	A	L	E	T	S	A	A	N	A	G	Q	I	S	P	G	Y	A	A	P	W	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	V	P	L	K
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	V	V	V	L	G	G	G	P	A	G	L	C	S	A	F	E	L	Q	K	A	G	Y	K	V	T	V	L	E	A	R	T	R	P	G	G	R	V	W	T	A	R	G	G	S	E	E	T	D	L	S	G	E	T	Q	K	C	T	F	S	E	G	H	F	Y	N	V	G	A	T	R	I	P	Q	S	H	I	T	L	D
Template Known Secondary structure									S													T	T								S	S	S	S	S		T	T						T	T						T	T	S									T	T					S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	I	K	W	M	F	Q	R	H	A	P	L	A	V	R	L	D	G	T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	L	K	W	M	W	Q	M	L	R	N	C	D	T	S	H	Y	M	E	N	K	G	R	M	V	R	L	A	E	Y	S	R	D	C	L	K	A	L	R
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	C	R	E	L	G	V	E	I	Q	G	F	G	N	Q	N	A	N	T	F	V	N	Y	Q	S	D	T	S	L	S	G	Q	S	V	T	Y	R	A	A	K	A	D	T	F	G	Y	M	S	E	L	L	K	K	A	T	D	Q	G	A	L	D	Q	V	L	S	R	E	D	K	D	A	L	S	E	F	L	S	D	F	G
Template Known Secondary structure							T											T	T	S							S	S	T	T	T	T																										T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	T	N	I	Q	Y	E	G	R	Q	G	G	T	L	Q	L	F	R	T	E	Q	Q	Y	E	N	A	T	R	D	I	A	V	L	E	D	A	G	V	P	Y	Q	L	L	E	S	S	R	L	A	E	V	E	P	A	L	A	E	V	A	H	K	L	T	G	G	L	Q	L	P	N	D	E	T	G	D	C	Q	L	F
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.
Template Sequence		D	L	S	D	D	G	R	Y	L	G	S	S	R	R	G	Y	D	S	E	P	G	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	L	N	F	G	T	E	K	K	P	F	A	M	Q	E	V	I	R	S	G	I	G	R	N	F	S	F	D	F	G	Y	D	Q	A	M	M	M	F	T	P	V	G	G	.	.	.	M	D	R	I
Template Known Secondary structure		T			T	T	S						G	G	G								S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	T																		T	T	T	T	T	G	G	G	G	G		T	T	T	S	S	S					T	T		.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.									.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.				.	240	.	.
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.													270	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Q	N	L	A	R	M	A	E	Q	A	G	V	K	F	R	F	N	T	P	V	D	Q	L	L	C	D	G	E	Q	I	Y	G	V	K	C	G	D	E	V	I	K	A	D	A	Y	V	M	A	F	G	S	Y	S	T	A	M	L	K	G	I	V	D	I	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.
Template Sequence		Y	Y	A	F	Q	D	R	I	G	T	.	.	D	N	I	V	F	G	A	E	V	T	S	M	K	N	V	S	E	G	V	T	V	E	Y	T	A	G	G	S	K	K	S	I	T	A	D	Y	A	I	C	T	I	P	P	H	L	V	G	R	L	Q	N	N	L	P	G	D	V	L	T	A	L	K	A	A	K	P	S	S
Template Known Secondary structure											G	.	.	G	G			S	S										T	T									T	T								S						S						T	T	S													T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.			.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.						.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.								.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	K	G	Y	S	L	T	I	P	I	.	.	.	.	.	A	Q	E	D	G	A	P	V	S	T	I	L	D	E	T	Y	K	I	A	I	T	R	F	D	N	R	.	.	.	.	.	.	.	I	R	V	G	G	M	A	E	I	V	G	F	N	T	E	L	L	Q	P	R	R	E	T	L	E	M	V	V	R	D	L	Y
Query Conservation												.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	K	L	G	I	E	Y	S	R	R	W	W	E	T	E	D	R	I	Y	G	G	A	S	N	T	D	K	D	I	S	Q	I	M	F	P	Y	D	H	Y	N	S	D	R	G	V	V	V	A	Y	Y	S	S	G	K	R	Q	E	A	F	E	S	L	T	H	R	Q	R	L	A	K	A	I	A	E	G	S	E	I	H
Template Known Secondary structure										S	S						T	T				S						S	S	T	T							S	S	S	T	T	S	S											T								T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.											.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.			.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.				.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.												.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.												.	.	.
Query Sequence		P	R	G	G	H	V	E	Q	A	T	F	W	T	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	M	T	P	D	G	T	P	V	V	G	.	.	R	T	R	F	K	N	L	W	L	N	T	.	.	.	G	H	G	T	L	G	W	T	M	A	C	G	S	G	Q	L	L	S	D	L	L	S
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.												.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	K	Y	T	R	D	I	S	S	S	F	S	G	S	W	R	R	T	K	Y	S	E	S	A	W	A	N	W	A	G	A	T	P	E	Y	E	K	L	L	E	P	V	D	K	I	Y	F	A	G	D	H	L	S	N	A	I	A	W	Q	H	G	A	L	T	S	A	R	D	V	V	T	H	I	H
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	S	S									G	G	G	S	T	T	T	S	S	S	S														T	S		B	T	T					S	G	G	G	S	S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.