Job Description P18775 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:41 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 527 % Identity 18% Template c2fugC_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: C: PDB Molecule:nadh-quinone oxidoreductase chain 3; PDBTitle: crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i2 from thermus thermophilus Resolution 3.30 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	F	S	R	I	A	H	A	V	D	S	A	I	P	T	K	S	D	E	K	V	I	W	S	A	C	T	V	N	C	G	S	R	C	P	L	R	M	H	V	V	D	G	E	I	K	Y	V	E	T	D	N	T	G	D	D	N	Y	D	G	L	H	Q	V	R	A	C	L	R	G	R	S	M	R	R	R	V	Y	N	P
Query Conservation
Alig confidence																														.																											.	.	.	.	.																.
Template Conservation																														.																											.	.	.	.	.																.
Template Sequence		P	V	G	A	L	L	D	L	T	A	R	F	R	A	R	N	W	E	M	E	E	T	P	T	T	C	A	L	.	C	P	V	G	C	G	I	T	A	D	T	R	S	G	E	L	L	R	I	R	A	R	E	V	P	E	.	.	.	.	.	V	N	E	I	W	I	C	D	A	G	R	F	G	H	E	.	W	A	D	Q
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	S	B		G	G	G	S	S	S			T	T	T	S									S	.	S	T	T										T	T											T	T	.	.	.	.	.	S	S		S									T	T		.				S
Template Predicted Secondary structure																														.																											.	.	.	.	.																.
Template SS confidence
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.		.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.						.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.	.	.
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	L	K	Y	P	M	K	R	V	G	A	R	G	E	G	K	F	E	R	I	S	W	E	E	A	Y	D	I	I	A	T	N	M	Q	R	L	I	K	E	Y	G	N	E	S	I	Y	L	N	Y	G	T	G	T	L	G	G	T	M	T	R	S	W	P	P	G	N	T	L	V	A	R	L	M	N	C	C	G	G	Y
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.																							.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.																							.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	R	L	K	T	P	L	V	R	K	E	.	.	.	.	G	R	L	V	E	A	T	W	E	E	A	F	L	A	L	K	E	G	L	K	E	A	.	.	.	.	R	G	E	E	V	G	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	H	D	A	T	L	E	E	G	L	L	A	S	E	L	A	K	A	L	K	T	P
Template Known Secondary structure		S				S						S	.	.	.	.	S	S																		T	T	S	.	.	.	.	S	S	S	S					.	.	.	.	.	.	.	.			T	T																S	S	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.																							.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.					.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.					.	.	.	340	.	.	.	.									.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		198	.		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		L	N	.	H	Y	G	D	Y	S	S	A	Q	I	A	E	G	L	N	Y	T	Y	G	G	W	A	D	G	N	S	P	S	D	I	E	N	S	K	L	V	V	L	F	G	N	N	P	G	E	T	R	M	S	G	G	G	V	T	Y	Y	L	E	Q	A	R	Q	K	S	N	A	R	M	I	I	I	D	P	R	Y	T	D
Query Conservation				.
Alig confidence				.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	L	D	F	Q	G	R	T	A	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	L	F	P	P	A	S	L	E	D	L	L	Q	A	D	F	A	L	V	L	G	.	D	P	T	E	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	P	I	L	H	L	R	L	S	E	F	V	R	D	L	K	P	P	H	R	Y	N	H
Template Known Secondary structure						T	T			S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S		B										S						S	.						S	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	T							B	T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.											.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400		.	.	.	.	.	.									.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	A	G	R	E	D	E	W	I	P	I	R	P	G	T	D	A	A	L	V	N	G	L	A	Y	V	M	I	T	E	N	L	V	D	Q	A	F	L	D	K	Y	C	V	G	Y	D	E	K	T	L	P	A	S	A	P	K	N	G	H	Y	K	A	Y	I	L	G	E	G	P	D	G	V	A	K	T	P	E	W	A
Query Conservation
Alig confidence			.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	.	T	P	F	A	D	L	Q	I	K	E	R	M	P	R	R	T	D	K	M	A	L	F	A	P	Y	R	A	P	L	M	K	W	A	A	I	H	E	V	H	R	P	G	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	I	L	L	A
Template Known Secondary structure		B	.	S		S			T	T			S	S					G	G	G						S	S			G	G	G	T	T		S							T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		429		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.																													.	.	.	.	.	.
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Q	I	T	G	V	P	A	D	K	I	I	K	L	A	R	E	I	G	S	T	K	P	A	F	I	S	Q	G	W	G	P	Q	R	H	A	N	G	E	I	A	T	R	A	I	S	M	L	A	I	L	T	G	N	V	G	I	N	G	G	N	S	G	A	R	E	G	S	Y	S	L	P	F	V	R	M	P	T	L	E
Query Conservation
Alig confidence																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	G	D	K	E	G	S	E	M	V	A	K	A	K	E	A	W	E	K	A	K	N	P	V	L	I	L	G	A	G	V	L	Q	D	T	V	A	A	E	R	A	R	L	L	A	E	R	A	K	V	L	A	M	T	P	A	A	N	A	R	G	L	E	A	M	G	V	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	S	S																	S	S							S	G	G	G																							S	S	T	T						T	T	T		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	I	Q	T	S	I	S	M	F	M	W	T	D	A	I	E	R	G	P	E	M	T	A	L	R	D	G	V	R	G	K	D	K	L	D	V	P	I	K	M	I	W	N	Y	A	G	N	C	L	I	N	Q	H	S	E	I	N	R	T	H	E	I	L	Q	D	D	K	K	C	E	L	I	V	V	I	D	C	H	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	K	G	A	S	W	D	E	P	G	A	L	Y	A	Y	Y	G	F	V	.	.	.	.	P	P	E	E	A	L	K	G	K	R	F	V	V	M	H	L	S	H	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S			S	S					S	S				S	S		.	.	.	.							T	T		S							S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template SS confidence
																																							552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.					.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
		517	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.
Query SS confidence						.
Query Sequence		T	S	S	A	.	K	Y	A	D	I	L	L	P	D	C	T	A	S	E	Q	M	D	F	A	L	D	A	S	C	G	N	M	S	Y	V	I	F	N	D	Q	V	I	K	P	R	F	E	C	K	T	I	Y	E	M	T	S	E	L	A	K	R	L	G	V	E	Q	Q	F	T	E	G	R	T	Q	E	E	W	M	R	H
Query Conservation						.
Alig confidence						.																									.	.	.	.																																				.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.																																				.	.	.
Template Sequence		H	P	L	A	E	R	Y	A	H	V	V	L	P	A	P	T	F	Y	E	K	R	G	H	L	V	N	L	E	G	.	.	.	.	R	V	L	P	L	S	P	A	P	I	E	N	G	E	A	E	G	A	L	Q	V	L	A	L	L	A	E	A	L	G	V	R	P	P	F	.	.	.	R	L	H	L	E	A	Q	K	A
Template Known Secondary structure			T	T						S								G	G	G								T	T	S	.	.	.	.	B																													S				S		.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.																																				.	.	.
Template SS confidence
		591	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.					620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.				.	.	.	.	.	660	.	.	.
		596	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Y	A	Q	S	R	E	A	I	P	E	L	P	T	F	E	E	F	R	K	Q	G	I	F	K	K	R	D	P	Q	G	H	H	V	A	Y	K	A	F	R	E	D	P	Q	A	N	P	L	T	T	P	S	G	K	I	E	I	Y	S	Q	A	L	A	D	I	A	A	T	W	E	L	P	E	G	D	V	I	D	P	L
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	K	A	R	K	V	P	E	A	M	G	R	L	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L
Template Known Secondary structure					T	T				S	S		B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		664	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																.	680
		676	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.		.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.
Query SS confidence																																																.
Query Sequence		P	I	Y	T	P	G	F	E	S	Y	Q	D	P	L	N	K	Q	Y	P	L	Q	L	T	G	F	H	Y	K	S	R	V	H	S	T	Y	G	N	V	D	V	L	K	A	A	C	R	.	Q	E	M	W	I	N	P	L	D	A	Q	K	R	G	I	H	N	G	D	K	V	R	I	F	N	D	R	G	E	V	H	I	E
Query Conservation																																																.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	L	R	P	K	E	R	K	G	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	R	P	T	M	W	K	A	H	Q	A	V	G	K	A	Q	E	A	A	R	A	W	A	H	P	E	T	A	R	A	E	A	L	P	E	G	A	Q	V	A	V	E	T	P	F	G	R	V	E	A	R
Template Known Secondary structure												S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S		G	G	G		S	T	T	S										S	S	S		S	T	T	T			T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		681	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.
		755	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	V	T	P	R	M	M	P	G	V	V	A	L	G	E	G	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	V	H	R	E	D	V	P	K	G	H	L	Y	L	S	A	L	G
Template Known Secondary structure		S		S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		747	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.