Job Description P18775 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:41 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 716 % Identity 29% Template c1tmoA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:trimethylamine n-oxide reductase; PDBTitle: trimethylamine n-oxide reductase from shewanella massilia Resolution 2.50 Å

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		54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		S	D	E	K	V	I	W	S	A	C	T	V	N	C	G	S	R	C	P	L	R	M	H	V	V	D	G	E	I	K	Y	V	E	T	D	N	T	G	D	D	N	Y	D	G	L	H	Q	V	R	A	C	L	R	G	R	S	M	R	R	R	V	Y	N	P	D	R	L	K	Y	P	M	K	R	V	G	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	D	E	W	L	T	T	G	S	H	F	.	.	.	.	.	G	A	F	K	M	K	R	K	N	G	V	I	A	E	V	K	P	F	D	L	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	T	D	M	I	N	G	I	R	G	M	V	Y	N	P	S	R	V	R	Y	P	M	V	R	L	D	F	L	L	K	G
Template Known Secondary structure												T	T	.	.	.	.	.									T	T									T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			G	G	G	G	T						S		T	T	B			S											G
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.						.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.										.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
								129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	A	R	G	E	G	K	F	E	R	I	S	W	E	E	A	Y	D	I	I	A	T	N	M	Q	R	L	I	K	E	Y	G	N	E	S	I	Y	L	N	Y	G	T	G	T	L	G	G	T	M	T	R	S	W	P	P	G	N	T	L	V	A	R	L	M	N	C	C	G	G	Y	L	N	H	Y	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.
Template Sequence		H	K	S	N	T	H	Q	R	G	D	F	R	F	V	R	V	T	W	D	K	A	L	T	L	F	K	H	S	L	D	E	V	Q	T	Q	Y	G	P	S	G	L	H	A	G	Q	T	.	.	.	.	G	W	R	A	T	G	Q	L	H	S	S	T	S	H	M	Q	R	A	V	G	M	H	G	N	Y	V	K	K	I	G
Template Known Secondary structure		G	G	S		G	G	G	T	T	S																										T		G	G	G							.	.	.	.					S		T	T	T												T	T				B
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.					.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.					.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250									.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	Y	S	S	A	Q	I	A	E	G	L	N	Y	T	Y	G	.	.	.	.	G	W	A	D	G	N	S	P	S	D	I	E	N	S	K	L	V	V	L	F	G	N	N	P	G	E	T	R	M	S	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	T	Y	Y	L	E	Q	A	R	Q	K	S	N	A	R	M	I	I	I
Query Conservation																		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	Y	S	T	G	A	G	Q	T	I	L	P	Y	V	L	G	S	T	E	V	Y	A	Q	G	T	S	W	P	L	I	L	E	H	S	D	T	I	V	L	W	S	N	D	P	Y	K	N	L	Q	V	G	W	N	A	E	T	H	E	S	F	A	Y	L	A	Q	L	K	E	K	V	K	Q	G	K	I	R	V	I	S	I
Template Known Secondary structure			S	S	S	T	T									T	S	S			T	T	S													S						S							T	S			S	S	B				T															T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		147	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	P	R	Y	T	D	T	G	A	G	R	E	D	E	W	I	P	I	R	P	G	T	D	A	A	L	V	N	G	L	A	Y	V	M	I	T	E	N	L	V	D	Q	A	F	L	D	K	Y	C	V	G	Y	D	E	K	T	L	P	A	S	A	P	K	N	G	H	Y	K	A	Y	I	L	G	E	G	P	D	G	V	A
Query Conservation
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Sequence		D	P	V	V	T	K	T	Q	A	Y	L	G	C	E	Q	L	Y	V	N	P	Q	T	D	V	T	L	M	L	A	I	A	H	E	M	I	S	K	K	L	Y	D	D	K	F	I	Q	G	Y	S	L	G	F	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	V	P	Y	V	M	G	T	.	K	D	G	V	A
Template Known Secondary structure			S	S									T								T	T																T	T		S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T	.	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280													.	.	.	.	.	.	.	.		.	290	.	.	.
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	T	P	E	W	A	S	Q	I	T	G	V	P	A	D	K	I	I	K	L	A	R	E	I	G	S	T	K	P	A	F	I	S	Q	G	W	G	P	Q	R	H	A	N	G	E	I	A	T	R	A	I	S	M	L	A	I	L	T	G	N	V	G	I	N	G	G	N	S	G	A	R	E	G	S	Y	S	L	P	F	V
Query Conservation
Alig confidence																														.
Template Conservation																														.
Template Sequence		K	T	P	E	W	A	A	P	I	C	G	V	E	A	H	V	I	R	D	L	A	K	T	L	V	K	G	R	.	T	Q	F	M	M	G	W	C	I	Q	R	Q	Q	H	G	E	Q	P	Y	W	M	A	A	V	L	A	T	M	I	G	Q	I	G	L	P	G	G	G	I	S	Y	G	H	H	Y	S	S	I	G	V	P
Template Known Secondary structure												T																S		.							S	G	G	G	S	S	T	T	T															T		T	T	S	T	T					S		T	T	S	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																														.
Template SS confidence
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.		.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	M	P	T	L	E	N	P	I	Q	T	S	I	S	M	F	M	W	T	D	A	I	E	R	G	P	E	M	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	R	D	G	V	R	G	K	D	K	L	D	V	P	I	K	M	I	W	N	Y	A	G	N	C	L	I	N	Q	H	S	E	I
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		S	S	G	A	A	A	P	G	A	F	P	R	N	L	D	E	N	Q	K	P	L	F	D	S	S	D	F	K	G	A	S	S	T	I	P	V	A	R	W	I	D	A	I	L	E	P	G	K	T	I	D	A	N	G	S	K	V	V	Y	P	D	I	K	M	M	I	F	S	G	N	N	P	W	N	H	H	Q	D	.	.
Template Known Secondary structure													S	S			T	T				S	S						T	T	S		S				G	G	G							S	T	T						S	S	S														S							S	S		.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	R	T	H	E	I	L	Q	D	D	K	K	C	E	L	I	V	V	I	D	C	H	M	T	S	S	A	K	Y	A	D	I	L	L	P	D	C	T	A	S	E	Q	M	D	F	A	L	D	A	S	C	G	N	M	S	Y	V	I	F	N	D	Q	V	I	K	P	R	F	E	C	K	T	I	Y	E	M	T	S	E	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.																																																				.
Template Conservation		.	.																																																				.
Template Sequence		.	.	R	N	R	M	K	Q	A	F	H	K	L	E	C	V	V	T	V	D	V	N	W	T	A	T	C	R	F	S	D	I	V	L	P	A	C	T	T	Y	E	R	N	D	I	D	V	Y	G	A	Y	A	N	.	R	G	I	L	A	M	Q	K	M	V	E	P	L	F	D	S	L	S	D	F	E	I	F	T	R	F
Template Known Secondary structure		.	.									T	T		S							S	B							T		S					B			G	G	G	S								T	T	T		.										S				T	T		B
Template Predicted Secondary structure		.	.																																																				.
Template SS confidence
				451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.		.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.				.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
Predicted Secondary structure																																			.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.
Query Sequence		A	K	R	L	G	V	E	Q	Q	F	T	E	G	R	T	Q	E	E	W	M	R	H	L	Y	A	Q	S	R	E	A	I	P	E	.	.	.	L	P	T	F	E	E	F	R	K	Q	G	I	F	K	K	R	D	P	Q	G	H	H	V	A	Y	K	A	F	R	E	D	P	Q	A	N	P	L	T	T	P	S	G	K	I
Query Conservation																																			.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.																	.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		A	A	V	L	G	K	E	K	E	Y	T	R	N	M	G	E	M	E	W	L	E	T	L	Y	N	E	C	K	A	A	N	A	G	K	F	E	M	P	D	F	A	T	F	W	K	Q	G	Y	V	H	F	G	.	D	G	E	V	W	T	R	H	A	D	F	R	N	D	P	E	I	N	P	L	G	T	P	S	G	L	I
Template Known Secondary structure					T	T							T	T																			T	T	T																			.							T	T							T	T	T	S			S	S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.
		651	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.		.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.					720	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.																																	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.																																	.	.	.	.
Query Sequence		E	I	Y	S	Q	A	L	A	D	I	A	A	T	W	E	L	P	E	G	D	V	I	D	P	L	P	I	Y	T	P	G	F	E	S	Y	Q	D	.	P	L	N	K	Q	Y	P	L	Q	L	T	G	F	H	Y	K	S	R	V	H	S	T	Y	G	N	V	D	V	L	K	A	A	.	.	.	.	C	R	Q	E	M	W
Query Conservation																																							.																																	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.																				.																																	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	I	F	S	R	K	I	D	Q	F	G	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	D	C	K	G	H	P	T	W	M	E	K	T	E	R	S	H	G	G	P	G	S	D	K	H	P	I	W	L	Q	S	C	H	P	D	K	R	L	H	S	Q	M	C	E	S	R	E	Y	R	E	T	Y	A	V	N	G	R	E	P	V	Y
Template Known Secondary structure			S	S						T	T		.	.	.	.	.	.	.		T	T	S		S	S							S	S		S	S	S	S	T	T	T	T	T											S	S	S	B	T	T	B	T	T	T						T	T	T		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		607	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.								.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		726	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.												.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	N	P	L	D	A	Q	K	R	G	I	H	N	G	D	K	V	R	I	F	N	D	R	G	E	V	H	I	E	A	K	V	T	P	R	M	M	P	G	V	V	A	L	G	E	G	A	W	Y	D	P	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	V	D	K	G	G	C	I	N	V	L	T	T	Q	R
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	S	P	V	D	A	K	A	R	G	I	K	D	G	D	I	V	R	V	F	N	D	R	G	Q	L	L	A	G	A	V	V	S	D	N	F	P	K	G	I	V	R	I	H	E	G	A	W	Y	G	P	V	G	K	D	G	S	T	E	G	G	A	E	V	G	A	L	C	S	Y	G	D	P	N	T	L	T	L	D	I
Template Known Secondary structure										T	T			T	T								S	S											T	T	S		T	T						T	T								T	T	S		S	G	G	G	G	S	T	T				S	S			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.
			795	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	P	S	P	L	A	K	G	N	P	S	H	T	N	L	V	Q	V	E	K	V
Query Conservation		.
Alig confidence		.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	S	K	L	A	Q	A	C	S	A	Y	T	C	L	V	E	F	E	K	Y
Template Known Secondary structure		B	S		T	T	T			B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780