Job Description P0AD68 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:08 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 294 % Identity 24% Template c3udiA_ PDB info PDB header:penicillin-binding protein/antibiotic Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 1a; PDBTitle: crystal structure of acinetobacter baumannii pbp1a in complex with2 penicillin g Resolution 2.60 Å

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		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	A	A	H	N	L	A	L	S	I	D	E	R	L	Q	A	L	V	Y	R	E	L	N	N	A	V	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	S	G	Y	K	V	Y	T	T	I	N	A	K	R	Q	A	I	A	E	K	A	V	Q	D	G	L	E	A	Y	D	R	R	H	G	W	R	G	A	E	A	H	D	K	P	L	S	E	F	R	A	Y	A	N	T	Y	P	A	Q	V	T	K	V	N	S	S	S	F	E	A	L	M	Q	D	G	S	T	V	T	V	Q
Template Known Secondary structure		T	T																																	B				S			S			G	G	G				B	T	T	B										S	S							T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
																																																		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	A	E	S	G	S	A	V	L	V	D	V	N	T	G	E	V	L	A	M	A	N	S	P	S	Y	N	P	N	N	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		W	S	G	M	S	W	A	R	P	Y	R	N	A	N	S	V	G	A	A	P	S	R	A	S	Q	I	V	K	V	K	D	I	V	R	L	R	P	N	E	A	K	T	A	W	S	L	V	Q	V	P	K	V	Q	G	Q	L	I	A	I	N	P	N	D	G	S	I	E	A	I	V	G	G	Y	N	F	Y	Q	S	K	.
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	T	T			B				T	T							S	S	G	G	G	T			T	T									S	S	S	S									S	S									T	T	T		B							S	S		T	T	T			.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.			.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.
Query SS confidence																																																														.	.
Query Sequence		S	G	T	P	K	E	A	M	R	N	R	T	I	T	D	V	F	E	P	G	S	T	V	K	P	M	V	V	M	T	A	L	Q	R	G	V	V	R	E	N	S	V	L	N	T	I	P	Y	R	I	N	G	H	E	I	K	D	V	A	R	.	.	Y	S	E	L	T	L	T	G	V	L	Q	K	S	S	N	V	G	V
Query Conservation																																																														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																												.																									.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																												.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	F	N	R	A	L	Q	G	W	R	Q	P	G	S	T	I	K	P	F	L	Y	A	L	A	L	E	R	G	.	M	T	P	Y	S	M	V	N	D	S	P	I	T	I	G	K	W	T	P	K	N	S	D	G	R	Y	L	G	M	I	P	L	R	R	A	L	Y	L	S	R	N	T	V	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.									B			G	G	G	G											T	T	.			T	T	S									T	T	T						T	T	S														T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																												.
Template SS confidence
										422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.		.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.		.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.
Query SS confidence																																																																															.
Query Sequence		S	K	L	A	L	A	M	P	S	S	A	L	V	D	T	Y	S	R	F	G	L	G	K	A	T	N	L	G	L	V	G	E	R	S	G	L	Y	P	Q	K	Q	R	W	S	D	I	E	R	A	T	F	S	F	G	Y	G	L	M	V	T	P	L	Q	L	A	R	V	Y	A	T	I	G	S	Y	G	I	Y	.	R	P
Query Conservation																																																																															.
Alig confidence																										.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																					.
Template Conservation																										.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.
Template Sequence		V	R	L	L	Q	T	V	G	I	E	R	T	R	Q	L	F	M	D	F	G	L	Q	E	D	.	.	.	Q	I	P	R	N	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	L	G	T	P	.	Q	V	L	P	I	Q	M	A	T	G	Y	A	T	F	A	N	G	G	Y	R	V	Q	P
Template Known Secondary structure																			T	T	T			G	G	.	.	.	G	S		S	S	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T		S	.		B															T	S	B
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.
Template SS confidence
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.				.	.	.	520	.	.	.																	.	.	.	.	.	.		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	I	T	K	V	D	P	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	G	E	R	V	F	P	E	S	I	V	R	T	V	V	H	M	M	E	S	V	A	L	P	G	G	G	G	V	K	A	A	I	K	G	Y	R	I	A	I	K	T	G	T	A	K	K	V	G
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.										.	.	.									.	.	.	.
Template Conservation																																																									.										.	.	.									.	.	.	.
Template Sequence		H	F	I	Q	R	I	E	D	A	Y	G	K	V	I	Y	E	A	K	P	E	Y	A	C	I	P	C	I	N	A	Y	R	Q	A	Q	R	I	L	K	S	S	S	A	Y	D	M	A	N	I	L	R	D	V	I	E	H	.	G	T	G	K	I	G	R	S	D	.	.	.	L	G	G	K	T	G	T	T	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B								S	S	S										B	S		S	G	G	G					B			B		S																		T	.	S					S		S	S	.	.	.									.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																									.										.	.	.									.	.	.	.
Template SS confidence
		553	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.		.	.	610	.	.	.	.	.	.				.	.	.	620	.	.	.	.
		503	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.					.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.
Query Sequence		P	D	G	R	Y	I	N	K	Y	I	A	Y	T	A	G	V	A	P	A	S	Q	P	R	F	A	L	V	V	V	I	N	D	P	Q	A	G	.	.	.	.	K	Y	Y	G	G	A	V	S	A	P	V	F	G	A	I	M	G	G	V	L	R	T	M	N	I	E	P	D	A	L	T
Query Conservation																																						.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.												.	.	.	.																	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.												.	.	.	.																																										.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	N	D	A	K	D	A	W	F	A	G	F	.	.	.	.	N	G	K	L	V	T	V	T	W	V	G	F	D	Q	P	T	T	L	G	R	R	E	Y	G	G	I	A	A	L	P	I	W	I	N	F	M	G	Q	A	L	Q	.	.	G	T	P	A	A	W	V	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	G	G	G									.	.	.	.		T	T										S	S						T	T							T													T	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.												.	.	.	.																																										.	.
Template SS confidence
							674	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.					.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.			.	.	.	.	730	.	.	.