Job Description P0AD68 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:08 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 475 % Identity 24% Template c2wadB_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: B: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2b; PDBTitle: penicillin-binding protein 2b (pbp-2b) from streptococcus2 pneumoniae (strain 5204) Resolution 2.18 Å

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		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	Q	Q	V	S	T	S	R	G	M	I	T	D	R	S	G	R	P	L	A	V	S	V	P	V	K	A	I	W	A	D	P	K	E	V	H	D	A	G	G	I	S	V	G	D	R	W	K	A	L	A	N	A	L	N	I	P	L	D	Q	L	S	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.
Template Sequence		K	V	T	T	S	S	A	R	G	E	I	Y	D	A	S	G	K	P	L	V	E	N	T	L	K	Q	V	V	S	F	T	R	S	N	K	M	T	A	T	.	.	D	L	K	E	I	A	K	K	L	L	T	Y	V	S	I	S	S	P	N	L	T	E	R	Q	L	A	D	Y	Y	L	A	D	P	E	I	Y	K	K	T
Template Known Secondary structure															T	T	S		B	S															T	T					.	.											T	T																			T	S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.
Template SS confidence
		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.			.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
																																									128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.			.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	N	A	N	P	K	G	R	F	I	Y	L	A	R	Q	V	N	P	D	M	A	D	Y	I	K	K	.	.	L	K	L	P	G	I	H	L	R	E	E	S	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	E	A	L	P	S	E	S	E	L	Y	N	N	A	V	D	S	V	P	T	S	Q	L	N	Y	T	E	D	E	K	K	E	I	Y	L	F	S	Q	L	N	A	V	G	N	F	A	T	G	T	I	A	T	D	P	L	N	D	S	Q	V	A	V	I	A	S	I	S	K	E	M	P	G	I	S	I	S	T	S	W	D
Template Known Secondary structure			S	S	S					S								T	S	S		S						T	T													T	S		T	T								S				T	T									G	G	G	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Y	Y	P	S	G	E	V	T	A	H	L	I	G	F	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	S	Q	G	I	E	G	V	E	K	S	F	D	K	W	L	T	G	Q	P	G	E	R	I	V	R	K	D	R	Y	G	R	V	I	E	D	I	S	S	T	D
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.
Template Sequence		R	K	I	L	E	T	S	L	S	.	S	I	V	G	S	V	S	S	E	K	A	G	L	P	A	E	E	A	E	S	Y	L	K	K	G	Y	S	L	N	D	R	V	G	T	S	Y	L	E	K	Q	Y	E	E	V	L	Q	G	K	R	P	V	K	E	I	H	L	D	K	H	G	D	M	E	S	V	E	N	I	E	E
Template Known Secondary structure						S	S	T	T		.						B			T	T	T		S		G	G	G								T			S	S				B		S						T					S		B										S	S	S
Template Predicted Secondary structure											.
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.		.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.								.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Q	A	A	H	N	L	A	L	S	I	D	E	R	L	Q	A	L	V	Y	R	E	L	N	N	A	V	A	F	N	K	A	.	.	.	.	.	.	.	E	S	G	S	A	V	L	V	D	V	N	T	G	E	V	L	A	M	A	N	S	P	S	Y	N	P	N	N	L	S	G	T	P	K	E	A	M	R	N	R	T
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.
Template Sequence		G	S	K	G	K	N	I	K	L	T	I	D	L	A	F	Q	D	S	V	D	A	L	L	K	S	Y	F	N	S	E	L	G	N	G	G	A	K	Y	S	E	G	V	Y	A	V	A	L	N	P	Q	T	G	A	V	L	S	M	S	G	L	K	H	D	L	K	T	G	.	.	.	.	E	L	T	P	D	S	L	G	T
Template Known Secondary structure			B								S																								S	T	T	T	T											T	T	T		B											T	T	T		.	.	.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.					.	370	.	.	.	.	.	.	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.		.	340	.	.	.	.	.					.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure																																										.								.	.	.	.																												.
Query SS confidence																																										.								.	.	.	.																												.
Query Sequence		I	T	D	V	F	E	P	G	S	T	V	K	P	M	V	V	M	T	A	L	Q	R	G	V	V	R	E	N	S	V	L	N	T	I	P	Y	R	I	N	G	.	H	E	I	K	D	V	A	.	.	.	.	R	Y	S	E	L	T	L	T	G	V	L	Q	K	S	S	N	V	G	V	S	K	L	A	L	A	M	P	.
Query Conservation																																										.								.	.	.	.																												.
Alig confidence																																										.								.	.	.	.																												.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	N	V	F	V	P	G	S	V	V	K	A	A	T	I	S	S	G	W	E	N	G	V	L	S	G	N	Q	T	L	T	D	Q	P	I	V	F	Q	G	S	A	P	I	Y	S	W	Y	K	L	A	Y	G	S	F	P	I	T	A	V	E	A	L	E	Y	S	S	N	A	Y	V	V	Q	T	A	L	G	I	M	G
Template Known Secondary structure						B			G	G	G	G											T	T	S			S	S								B		B	T	T	S			B			T	T	T	T	T	T		S												T													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
																			373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	A	L	V	D	T	Y	S	R	F	G	L	G	K	A	T	N	L	G	L	V	G	E	R	S	G	L	Y	P	Q	K	Q	R	W	S	D	I	E	R	A	T	F	S	F	G	Y	G	L	M	V	T	P	L	Q	L	A	R	V	Y	A	T	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Template Conservation																																																	.	.
Template Sequence		Q	T	Y	Q	P	N	M	F	V	G	T	S	N	L	E	S	A	M	G	K	L	R	S	T	F	G	E	Y	G	L	G	S	A	T	G	I	D	L	P	D	E	S	T	G	L	V	P	.	.	K	E	Y	N	F	A	N	F	I	T	N	A	F	G	Q	F	D	N	Y	T	P	M	Q	L	A	Q	Y	V	A	T	I
Template Known Secondary structure						T	T	B					T	T														T	T	T	T	T	S					S	S	S						B			.	.	S	S										T	T	T	S	S	S	B	B
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.			.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
		436	.	.	.	440	.		.	.	.	.	.	.	.	.	450	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.				.	.	480	.	.	.		.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.							.
Query SS confidence								.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.							.
Query Sequence		G	S	Y	G	I	Y	.	R	P	L	S	I	T	K	V	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	P	G	E	R	V	F	P	E	S	I	V	R	T	V	V	H	M	M	E	S	V	A	L	P	.	.	.	G	G	G	G	V	K	.	A	A	I	K	G	Y	R	I	A	I	K
Query Conservation								.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.							.
Alig confidence								.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.							.
Template Conservation
Template Sequence		A	N	N	G	V	R	L	A	P	H	I	V	E	G	I	Y	D	N	N	D	K	G	G	L	G	E	L	I	Q	A	I	D	T	K	E	I	N	K	V	N	I	S	E	S	D	M	A	I	L	H	Q	G	F	Y	Q	V	S	H	G	T	S	P	L	T	T	G	R	A	F	S	D	G	A	T	V	S	I	S	G	K
Template Known Secondary structure			T	T	T						B	S									T	T	S	S																	S	S																				S	T	T				G	G	G	T	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	T	A	K	K	V	G	P	D	G	R	Y	I	N	K	Y	I	A	Y	T	A	G	V	A	P	A	S	Q	P	R	F	A	L	V	V	V	I	N	D	P	Q	A	G	K	Y	Y	G	G	A	V	S	A	P	V	F	G	A	I	M	G	G	V	L	R	T	M	N	I	E
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template Sequence		T	G	T	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	V	A	Y	A	P	T	E	N	P	Q	I	A	V	A	V	V	F	P	H	N	T	N	.	.	.	L	T	K	N	V	G	P	A	I	A	R	D	I	I	N	L	Y	N	Q	H	H	P	M	N
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	T	T	S										T	T				.	.	.	S	S																			S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template SS confidence
		616	.	.	.	620															.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.				.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.